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万見
- PDB-6o7y: Trypanosoma cruzi EIF4E5 translation initiation factor in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o7y
タイトルTrypanosoma cruzi EIF4E5 translation initiation factor in complex with cap-4
要素Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Translation Initiation Factor / trypanosomatids / cap-4
機能・相同性Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / RNA 7-methylguanosine cap binding / translation initiation factor activity / Chem-LRM / Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 5
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Guimaraes, B.G. / Reolon, L.W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the Trypanosoma cruzi EIF4E5 translation factor homologue in complex with mRNA cap-4.
著者: Reolon, L.W. / Vichier-Guerre, S. / de Matos, B.M. / Dugue, L. / Assuncao, T.R.D.S. / Zanchin, N.I.T. / Pochet, S. / Guimaraes, B.G.
履歴
登録2019年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2874
ポリマ－25,2691
非ポリマー2,0183
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.590, 102.590, 41.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Putative Eukaryotic translation initiation factor 4E type 5


分子量: 25268.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
遺伝子: C4B63_13g194 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2V2VRR6
#2: 化合物 ChemComp-LRM / 2-amino-9-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(S)-({(2R,3R,4R,5R)-3-{[(R)-{[(2R,3R,4R,5R)-3-{[(S)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-3-{[(S)-hydroxy{[(2R,3R,4R,5R)-3-hydroxy-4-methoxy-5-(3-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)tetrahydrofuran-2-yl]methoxy}phosphoryl]oxy}-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-[6-(dimethylamino)-9H-purin-9-yl]-4-methoxytetrahydrofuran-2-yl}methoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]-7-methyl-6-oxo-6,9-dihydro-3H-purin-7-ium


分子量: 1826.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H79N20O38P6
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M BisTris pH 6.5, 30% PEG3350, 0.2M Lithium Sulfate, 20% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9586 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 12900 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.3 % / Biso Wilson estimate: 81.08 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Num. unique obs: 2040 / CC1/2: 0.587

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→18.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU R Cruickshank DPI: 0.233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.237 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.177
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 643 4.99 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.208 12873 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 93.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9141 Å20 Å20 Å2
2---0.9141 Å20 Å2
3---1.8283 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→18.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1452 0 130 68 1650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011628HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.152241HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d560SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes318HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1628HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.45
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion209SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1895SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.41 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 151 4.98 %
Rwork0.2196 2884 -
all0.22 3035 -
obs--99.64 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.0662 Å / Origin y: -24.1599 Å / Origin z: 2.0946 Å
111213212223313233
T-0.2341 Å20.0286 Å20.0062 Å2--0.212 Å20.0681 Å2---0.1562 Å2
L5.1479 °2-3.3565 °2-1.0434 °2-3.8932 °21.4868 °2--2.5559 °2
S-0.032 Å °-0.0696 Å °0.4861 Å °0.2074 Å °0.1146 Å °-0.3478 Å °-0.1162 Å °0.3106 Å °-0.0827 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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