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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o7i | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Csm-crRNA-target RNA ternary bigger complex in complex with cA4 in type III-A CRISPR-Cas system | ||||||
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![]() | immune system/rna / cryo-EM structure / Csm-crRNA-target RNA ternary bigger complex in complex with CA4 / Type III CRISPR-Cas systerm / IMMUNE SYSTEM / immune system-rna-dna complex / immune system-rna complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() exonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
![]() | Jia, N. / Patel, D.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Second Messenger cA Formation within the Composite Csm1 Palm Pocket of Type III-A CRISPR-Cas Csm Complex and Its Release Path. 著者: Ning Jia / Roger Jones / George Sukenick / Dinshaw J Patel / ![]() 要旨: Target RNA binding to crRNA-bound type III-A CRISPR-Cas multi-subunit Csm surveillance complexes activates cyclic-oligoadenylate (cA) formation from ATP subunits positioned within the composite pair ...Target RNA binding to crRNA-bound type III-A CRISPR-Cas multi-subunit Csm surveillance complexes activates cyclic-oligoadenylate (cA) formation from ATP subunits positioned within the composite pair of Palm domain pockets of the Csm1 subunit. The generated cA second messenger in turn targets the CARF domain of trans-acting RNase Csm6, triggering its HEPN domain-based RNase activity. We have undertaken cryo-EM studies on multi-subunit Thermococcus onnurineus Csm effector ternary complexes, as well as X-ray studies on Csm1-Csm4 cassette, both bound to substrate (AMPPNP), intermediates (pppA), and products (cA), to decipher mechanistic aspects of cA formation and release. A network of intermolecular hydrogen bond alignments accounts for the observed adenosine specificity, with ligand positioning dictating formation of linear pppA intermediates and subsequent cA formation by cyclization. We combine our structural results with published functional studies to highlight mechanistic insights into the role of the Csm effector complex in mediating the cA signaling pathway. | ||||||
履歴 |
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ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 462.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 366.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 826.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 853.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 111.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0642MC ![]() 0640C ![]() 0641C ![]() 6o73C ![]() 6o74C ![]() 6o75C ![]() 6o78C ![]() 6o79C ![]() 6o7bC ![]() 6o7dC ![]() 6o7eC ![]() 6o7hC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 8分子 ABJCDKEF
#1: タンパク質 | 分子量: 89706.594 Da / 分子数: 1 / 変異: D589A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NA1 / 遺伝子: csm1, cas10, TON_0893 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B6YWB8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 21210.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NA1 / 遺伝子: TON_0894 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 32809.012 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NA1 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 32345.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NA1 / 遺伝子: TON_0896 / 発現宿主: ![]() ![]() #8: タンパク質 | | 分子量: 40588.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: NA1 / 遺伝子: TON_0897 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 3種, 3分子 GHI
#5: RNA鎖 | 分子量: 12463.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#6: RNA鎖 | 分子量: 12750.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
#7: RNA鎖 | 分子量: 1271.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 1種, 4分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Csm-crRNA-target RNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.3 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8.8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 8.8, 250 mM NaCl, 2 mM DTT |
緩衝液成分 | 式: Tris |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 1.35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41472 / 対称性のタイプ: POINT |