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- PDB-6o7f: Mycobacterium tuberculosis L-alanine dehydrogenase x-ray structur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o7f
タイトルMycobacterium tuberculosis L-alanine dehydrogenase x-ray structure in complex with N6-isobutyl adenosine
要素Alanine dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Mycobacterium tuberculosis / Persistence tb target / L-alanine dehydrogenase / NAD dependent dehydrogenase / Structural Genomics / PSI-Biology / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine catabolic process / alanine dehydrogenase / alanine dehydrogenase activity / L-alanine catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / response to hypoxia / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine dehydrogenase / Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain ...Alanine dehydrogenase / Alanine dehydrogenase/NAD(P) transhydrogenase, conserved site-1 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 1. / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, conserved site-2 / Alanine dehydrogenase & pyridine nucleotide transhydrogenase signature 2. / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, N-terminal / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, C-terminal domain / Alanine dehydrogenase/PNT, N-terminal domain / Alanine dehydrogenase/pyridine nucleotide transhydrogenase, NAD(H)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(2-methylpropanoyl)adenosine / Alanine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Kim, H.-B. / Hung, L.-W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y. / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycobacterium tuberculosis L-alanine dehydrogenase x-ray structure in complex with N6-isobutyl adenosine
著者: Kim, H.-B. / Hung, L.-W. / Terwilliger, T.C. / Kim, C.-Y.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanine dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0902
ポリマ－38,7531
非ポリマー3371
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Alanine dehydrogenase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,54312
ポリマ－232,5196
非ポリマー2,0246
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_545y+1/3,x-1/3,-z+2/31
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
crystal symmetry operation18_655-x+4/3,-x+y+2/3,-z+2/31
Buried area20550 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area71210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.423, 88.423, 289.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Alanine dehydrogenase / 40 kDa antigen / TB43


分子量: 38753.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ald, Rv2780, MTV002.45 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WQB1, alanine dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NKV / N-(2-methylpropanoyl)adenosine


分子量: 337.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H19N5O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 / 詳細: 2M ammonium sulfate, 5% 2-propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 19578 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.989 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 17111 / CC1/2: 0.62 / Rpim(I) all: 0.46 / Χ2: 0.846 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev-2762_1694: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.303→48.332 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 1031 6.03 %
Rwork0.1897 --
obs0.1924 17111 86.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→48.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2719 0 24 106 2849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052803
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7733822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3171662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053452
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005496
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3028-2.42430.3099800.25021300X-RAY DIFFRACTION49
2.4243-2.57610.26661250.23931871X-RAY DIFFRACTION72
2.5761-2.7750.2761580.22652395X-RAY DIFFRACTION91
2.775-3.05420.27031660.2152584X-RAY DIFFRACTION98
3.0542-3.49610.24511630.20232627X-RAY DIFFRACTION99
3.4961-4.40420.19561670.16322639X-RAY DIFFRACTION98
4.4042-48.34250.21611720.16662664X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8316-0.2431-1.13321.76190.32632.20150.1274-0.19480.05570.264-0.11770.5288-0.6129-0.3105-0.03780.23650.17350.09460.2189-0.04520.29623.975643.1843115.7165
24.305-0.35230.82663.3722-0.93322.8674-0.0928-0.53280.78040.27470.07420.2738-1.0185-0.2726-0.05530.4990.05360.03580.3146-0.14340.351943.807550.7295108.8053
32.0957-0.0476-0.4812.9654-0.17783.44840.314-0.38740.01421.0674-0.41980.0569-0.20680.22020.14550.46010.0520.18190.3662-0.03050.176425.279539.5491129.7422
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 200 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 201 through 300 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 301 through 371 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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