[日本語] English
万見
- PDB-6o76: Human cytosolic Histidyl-tRNA synthetase (HisRS) with WHEP domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o76
タイトルHuman cytosolic Histidyl-tRNA synthetase (HisRS) with WHEP domain
要素Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / tRNA / CMT / WHEP domain / alpha beta domain
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding ...histidine-tRNA ligase / histidine-tRNA ligase activity / histidyl-tRNA aminoacylation / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / mitochondrial translation / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Histidyl-anticodon-binding / Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS ...Histidyl-anticodon-binding / Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain / WHEP-TRS domain signature. / WHEP-TRS domain profile. / WHEP-TRS / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / S15/NS1, RNA-binding / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.787 Å
データ登録者Kuhle, B. / Yang, X.L.
引用
ジャーナル: Biodesign / 年: 2014
タイトル: Structural characteristics of human histidyl-tRNA synthetase
著者: Kim, Y.K. / Chang, J.E. / Kim, S. / Jeon, Y.H.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Neurodegenerative Charcot-Marie-Tooth disease as a case study to decipher novel functions of aminoacyl-tRNA synthetases.
著者: Wei, N. / Zhang, Q. / Yang, X.L.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
B: Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0504
ポリマ－114,9792
非ポリマー712
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area40030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.669, 97.669, 254.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Histidine--tRNA ligase, cytoplasmic / Histidyl-tRNA synthetase / HisRS


分子量: 57489.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HARS, HRS / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12081, histidine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.29 mM potassium sodium tartrate tetrahydrate, 18% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.787→30 Å / Num. obs: 31689 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 65.07 Å2 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.787→2.87 Å / Num. unique obs: 1954

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4X5O

4x5o


解像度: 2.787→29.021 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 30.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2952 1555 5.07 %
Rwork0.2358 --
obs0.2388 30685 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.787→29.021 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6940 0 2 62 7004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4249658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5064409
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751111
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7865-2.87640.38291090.34872300X-RAY DIFFRACTION85
2.8764-2.97910.38391370.3232532X-RAY DIFFRACTION95
2.9791-3.09820.34411210.29622619X-RAY DIFFRACTION97
3.0982-3.23910.3441370.28422649X-RAY DIFFRACTION98
3.2391-3.40960.32071450.26132638X-RAY DIFFRACTION98
3.4096-3.62280.29361590.24372650X-RAY DIFFRACTION98
3.6228-3.90190.26631510.22172677X-RAY DIFFRACTION99
3.9019-4.29350.2581480.20762689X-RAY DIFFRACTION99
4.2935-4.91220.2321410.1822737X-RAY DIFFRACTION99
4.9122-6.1790.29371650.23272750X-RAY DIFFRACTION99
6.179-29.02240.31461420.22712889X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.05120.8979-1.30411.9516-1.18934.9120.1519-0.35570.16880.2105-0.1217-0.1622-0.31150.6323-0.02490.36440.1230.03040.5394-0.10580.4233130.0159-36.1987264.5685
26.2812-1.5581-1.25221.33880.16891.1985-0.2988-0.3713-0.21770.08450.1899-0.36640.15840.53670.0870.60950.09430.0980.6641-0.05180.4665143.1485-56.8509277.8648
34.6167-1.2891-0.47923.4994-3.04924.33690.0416-0.262-0.3586-0.1972-0.06920.05170.30720.7409-0.03220.30730.0786-0.02010.5279-0.08880.5187131.8254-45.5199267.5682
44.63141.7724-0.57755.97840.46697.52870.14230.3371-0.0924-0.6053-0.16920.66410.2052-0.41940.05020.64890.1163-0.1720.3995-0.18950.4992101.4203-39.9484234.6204
52.48170.74490.73478.2613-0.79260.36550.68350.3475-0.6404-0.86-0.7403-1.41331.87580.3452-0.29971.68980.53880.01081.74350.43721.1788107.8708-8.5363269.5961
64.04860.89920.32413.14781.26755.2436-0.0138-0.20680.3918-0.39920.0509-0.185-0.87510.2350.02450.5229-0.00530.08060.3143-0.09110.4325121.9456-24.0255251.7036
71.1262-0.58951.05281.59111.60754.6365-1.37650.17581.9759-1.45560.19630.5172-4.07091.30840.43093.5163-0.0376-1.38280.80310.03761.8758112.75691.8726241.3898
81.510.16510.47470.46530.63140.8866-1.00080.56951.6914-2.133-0.06690.8995-1.93540.4040.51132.43470.3326-1.14320.94490.03681.4557102.8019-8.7536232.0506
92.5655-1.41042.23313.62720.12385.0177-0.60970.07620.958-0.9784-0.38180.1116-2.0512-0.05020.55841.31160.0402-0.2850.4340.00780.7978113.2479-16.4788247.2719
104.5722-0.7186-0.99684.0762-0.54525.11570.1028-0.299-0.23240.069-0.02640.30190.3244-0.5415-0.10960.3523-0.03330.08580.6914-0.08830.4021106.3569-48.6474281.6785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 54 through 206 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 207 through 333 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 334 through 400 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 401 through 503 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 44 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 45 through 209 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 210 through 271 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 272 through 312 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 313 through 400 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 401 through 502 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る