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- PDB-6o6d: N-terminal domain of translation initiation factor IF-3 from Heli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o6d
タイトルN-terminal domain of translation initiation factor IF-3 from Helicobacter pylori
要素Translation initiation factor IF-3
キーワードLIGASE / translation initiation factor / IF-3 / structural genomics / IDP06157 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain / Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain ...Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain / Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-3
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori J99 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: N-terminal domain of translation initiation factor IF-3 from Helicobacter pylori
著者: Osipiuk, J. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor IF-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9311
ポリマ－8,9311
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.468, 56.468, 55.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor IF-3


分子量: 8931.118 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori J99 (ピロリ菌)
株: J99 / ATCC 700824 / 遺伝子: infC, jhp_0114 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q9ZMV2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.09 M HEPES-NaOH buffer, 1.26 M sodium citrate, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→39.48 Å / Num. obs: 8462 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.731 / Net I/av σ(I): 44 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.82-1.857.70.9341.753970.8190.3390.9980.91299.5
1.85-1.898.10.8274210.8290.2930.880.906100
1.89-1.928.50.5883990.9240.2070.6250.96100
1.92-1.968.60.5034180.9390.1750.5340.957100
1.96-28.60.3854130.9790.1350.4091.046100
2-2.058.70.3214050.9780.1110.341.058100
2.05-2.18.50.2414300.9870.0840.2561.086100
2.1-2.168.60.2184030.9860.0760.2321.167100
2.16-2.228.60.1954160.990.0680.2071.254100
2.22-2.298.70.144160.9950.0490.1491.288100
2.29-2.378.40.1354210.9960.0480.1441.534100
2.37-2.478.60.1084260.9970.0380.1151.634100
2.47-2.588.50.0964090.9970.0330.1021.673100
2.58-2.728.50.0824260.9970.0290.0881.818100
2.72-2.898.50.0654220.9990.0220.0691.986100
2.89-3.118.40.0634300.9980.0220.0661.971100
3.11-3.438.40.0494350.9990.0170.0522.249100
3.43-3.928.20.0434370.9990.0150.0462.665100
3.92-4.9480.0374490.9990.0130.043.46899.8
4.94-39.487.10.054890.9970.0190.0544.94597.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.82→39.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.906 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.105
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2145 427 5.1 %RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.1769 7996 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 120.1 Å2 / Biso mean: 43.994 Å2 / Biso min: 28.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20 Å2-0 Å2
2--1.19 Å2-0 Å2
3----2.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→39.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数511 0 0 32 543
Biso mean---50.44 -
残基数----66
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.013536
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6911.632727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4141.5841201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.782571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.54424.61526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.3531597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.324152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02102
LS精密化 シェル解像度: 1.819→1.866 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 33 -
Rwork0.268 555 -
all-588 -
obs--98.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.2839 Å / Origin y: 19.7046 Å / Origin z: 7.2069 Å
111213212223313233
T0.0716 Å20.0004 Å2-0.0026 Å2-0.0084 Å20.0062 Å2--0.0097 Å2
L3.7117 °2-0.1779 °20.481 °2-3.5579 °21.0237 °2--4.6145 °2
S0.0856 Å °-0.1452 Å °-0.1832 Å °0.2794 Å °-0.0531 Å °0.0516 Å °0.5091 Å °0.0279 Å °-0.0325 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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