PDB-6o6b: Rotavirus A-VP3 (RVA-VP3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o6b

タイトル

Rotavirus A-VP3 (RVA-VP3)

要素

Protein VP3

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Rotavirus / Capping enzyme / Methyl transferase / RTPase / PDE

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素 / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / viral nucleocapsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / hydrolase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / GTP binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rotavirus A (ロタウイルス A)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kumar, D. / Yu, X. / Prasad, V. / Wang, Z.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI36040	米国
Welch Foundation	Q-1967-20180324	米国
Robert A. Welch Foundation	Q1279	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A sub-atomic resolution cryo-EM of full-length Rotavirus A-VP3 (RVA-VP3)
著者: Kumar, D. / Yu, X. / Prasad, V. / Wang, Z.

履歴

登録	2019年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-0632 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o6b.cif.gz	592.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o6b.ent.gz	466 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6o6b_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o6b_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6o6b_validation.xml.gz	94.8 KB	表示
CIF形式データ	6o6b_validation.cif.gz	138.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/6o6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/6o6b	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	0632MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o3v-1 6o3v-2 20159 3ja8-d 7076 8746 6o72-d 3gtl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (2) #103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (2)
#103 - 2008年7月
デングウイルス (Dengue Virus)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (1)
#197 - 2016年5月
ジカウイルス (Zika Virus)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein VP3

B: Protein VP3

C: Protein VP3

D: Protein VP3

ヘテロ分子

392 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Gel filtration profile indicates a tetrameric assembly in solution, equilibrium centrifugation, Analytical Ultracentrifugation confirms tetrameric state is preferred ...根拠: gel filtration, Gel filtration profile indicates a tetrameric assembly in solution, equilibrium centrifugation, Analytical Ultracentrifugation confirms tetrameric state is preferred oligomeric assembly in solution

#1: タンパク質	Protein VP3 分子量: 97703.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A) / 遺伝子: VP3 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q1WK45, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素, mRNA guanylyltransferase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P

#1: タンパク質

Protein VP3

分子量: 97703.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rotavirus A (ロタウイルス A) / 遺伝子: VP3
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q1WK45, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素, mRNA guanylyltransferase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase

#2: 化合物

ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP

分子量: 363.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: VP3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Rotavirus A (ロタウイルス A)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
ウイルスについての詳細	中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: PRION
緩衝液	pH: 7
試料	濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: JEOL 3200FSC
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 40000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 4.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影	平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1
画像スキャン	横: 7420 / 縦: 7676 / 動画フレーム数/画像: 50

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
1	EMAN2	2.2	粒子像選択	EMAN2 e2boxer.py was uesed to automatically select particle images
2	SerialEM	3.6	画像取得
4	Gctf	1.06	CTF補正
10	RELION	2.1.0	初期オイラー角割当
11	RELION	2.1.0	最終オイラー角割当
12	RELION	2.1.0	分類
13	RELION	2.1.0	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING ONLY

粒子像の選択

選択した粒子像数: 133712

対称性

点対称性: D₂ (2回x2回 2面回転対称)

3次元再構成

解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70892 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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