PDB-6o5d: PYOCHELIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o5d

タイトル

PYOCHELIN

要素

Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / BETA-BARREL / SIDEROCALIN / ANTIMICROBIAL PROTEIN / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / response to blue light ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Rupert, P.B. / Strong, R.K. / Clifton, M.C. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2019
タイトル: Parsing the functional specificity of Siderocalin/Lipocalin 2/NGAL for siderophores and related small-molecule ligands.
著者: Clifton, M.C. / Rupert, P.B. / Hoette, T.M. / Raymond, K.N. / Abergel, R.J. / Strong, R.K.

履歴

登録	2019年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2019年9月11日	ID: 3U03
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o5d.cif.gz	217.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o5d.ent.gz	176.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6o5d_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o5d_full_validation.pdf.gz	474.3 KB	表示
XML形式データ	6o5d_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	6o5d_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/6o5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o5/6o5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t1dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tf6-2 3dtq-1 3ped-2 3u0d-3 5kic-2 5kid-3 1l6m-3 6gr0-3 3tzs-2 3t1d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (9) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

61 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.803, 114.803, 119.238
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ASP	ASP	A	A	6 - 177	2 - 173
2	1	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	6 - 177	2 - 173
1	2	SER	SER	ILE	ILE	A	A	5 - 176	1 - 172
2	2	SER	SER	ILE	ILE	C	C	5 - 176	1 - 172
1	3	ASP	ASP	ASP	ASP	B	B	6 - 177	2 - 173
2	3	ASP	ASP	ASP	ASP	C	C	6 - 177	2 - 173

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin / p25 分子量: 20125.037 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 25-198 / 変異: C87S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / プラスミド: pGex-4T / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P80188
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: HosaA.18070.a at 10 mg/ml. 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.5. Cryoprotection 15% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月10日
放射	モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 30489 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 8.4 % / Net I/σ(I): 29.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

解像度: 2.4→40.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 12.824 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.359 / ESU R Free: 0.248
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2543	2900	9.5 %	RANDOM
R_work	0.2326	-	-	-
obs	0.2347	27564	95.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 201.09 Å² / B_iso mean: 57.875 Å² / B_iso min: 20.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.22 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→40.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4004	0	37	72	4113
B_iso mean	-	-	83.01	39.06	-
残基数	-	-	-	-	514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	4172
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.376	1.649	5692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.221	1.571	8570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.123	5	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.401	23.333	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.747	15	634
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.345	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	883

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	4817	0.07
1	2	B	4817	0.07
2	1	A	5232	0.08
2	2	C	5232	0.08
3	1	B	4782	0.06
3	2	C	4782	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.398→2.461 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	216	-
R_work	0.251	1968	-
all	-	2184	-
obs	-	-	96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8223	-0.6319	0.2679	4.9392	1.1186	2.1525	0.198	0.2272	-0.0069	-0.1961	-0.2463	-0.1181	-0.1534	-0.2649	0.0482	0.0932	0.0977	0.0397	0.1542	0.0063	0.0485	28.843	77.21	54.587
2	2.8214	-1.4161	0.8032	2.4609	-0.0432	3.4344	-0.0715	-0.1523	-0.062	0.2619	-0.0705	0.0897	0.0168	-0.4001	0.142	0.089	0.0127	0.0348	0.0683	-0.0157	0.1127	30.113	68.146	63.731
3	2.0219	-1.3454	-0.2207	3.1211	0.5956	1.5252	0.2723	0.2728	0.1484	-0.1606	-0.2792	-0.1281	-0.263	-0.1744	0.0069	0.1066	0.0887	0.0369	0.1114	0.0096	0.0706	30.918	76.95	56.124
4	5.4551	-2.4368	-3.3454	2.1328	-1.1577	9.8016	-0.0018	0.2721	-0.3898	-0.2235	0.232	0.3011	1.7152	-0.8234	-0.2302	1.3965	-0.3337	-0.4173	0.5088	0.0299	0.5518	53.381	95.309	36.779
5	4.9633	-1.9966	-0.8406	6.4359	0.5903	8.27	0.6095	0.7947	0.4376	0.3901	-0.0108	-0.4033	0.1813	-0.2798	-0.5987	0.4625	-0.0689	-0.2144	0.5335	0.0786	0.3128	53.606	104.727	27.683
6	4.5991	-3.3865	-0.3546	4.2487	0.5177	5.5564	0.8523	0.542	-0.172	1.0572	-0.2029	0.2822	1.7827	-0.9233	-0.6494	2.1863	-0.3736	-0.3848	0.8817	0.235	0.7466	51.07	98.519	36.745
7	3.5189	-1.7202	-0.6278	2.5958	0.4482	2.9178	-0.1032	0.1077	-0.0512	-0.0156	0.0244	-0.0672	0.1219	0.0379	0.0788	0.0214	-0.007	0.0209	0.0117	0.0002	0.0394	50.123	49.38	43.469
8	1.1247	0.1497	0.2802	1.5321	0.9557	5.9493	-0.0645	0.0742	-0.2578	0.0731	0.082	0.0839	0.4824	-0.3024	-0.0175	0.0693	-0.0594	0.0087	0.0847	-0.0353	0.1579	40.08	41.571	42.42
9	2.014	-0.0953	0.1923	1.3908	-0.8394	2.3131	0.0164	0.1693	-0.051	-0.1552	-0.071	-0.0457	0.137	0.0396	0.0546	0.0316	-0.0108	0.0263	0.0454	-0.027	0.0522	49.498	47.927	41.564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 46
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	47 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	92 - 178
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	6 - 42
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	48 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	92 - 177
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	5 - 46
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	47 - 91
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	92 - 177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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