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- PDB-6o4m: Racemic melittin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o4m
タイトルRacemic melittin
要素
  • D-Melittin
  • Melittin
キーワードTOXIN / racemic / cytotoxic / antimicrobial
機能・相同性
機能・相同性情報


other organism cell membrane / molecular function inhibitor activity / porin activity / pore complex / protein kinase inhibitor activity / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / lipid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Melittin/ Api allergen / Melittin
類似検索 - ドメイン・相同性
polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Melittin
類似検索 - 構成要素
生物種Apis mellifera (セイヨウミツバチ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Kurgan, K.W. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H. / Forest, K.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM061238 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Retention of Native Quaternary Structure in Racemic Melittin Crystals.
著者: Kurgan, K.W. / Kleman, A.F. / Bingman, C.A. / Kreitler, D.F. / Weisblum, B. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2019年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: D-Melittin
A: Melittin
B: Melittin
C: D-Melittin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,26113
ポリマ－11,3964
非ポリマー8659
水2,864159
1
D: D-Melittin
ヘテロ分子

D: D-Melittin
ヘテロ分子

C: D-Melittin
ヘテロ分子

C: D-Melittin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,15812
ポリマ－11,3904
非ポリマー7698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation3_445x-1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_647-x+3/2,y-1/2,-z+21
Buried area5850 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area6620 Å2
手法PISA
2
A: Melittin
B: Melittin
ヘテロ分子

A: Melittin
B: Melittin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,36314
ポリマ－11,4024
非ポリマー96110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area6030 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area6840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.380, 58.990, 44.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: Polypeptide(D) D-Melittin / MLT / Allergen Api m 3 / Allergen Api m III


分子量: 2847.474 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 44-69 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: P01501
#2: タンパク質・ペプチド Melittin / MLT / Allergen Api m 3 / Allergen Api m III


分子量: 2850.495 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 44-69 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: P01501
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細D-form of Melittin is comprised of D-amino acids

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
解説: A FEW ADDITIONAL MINOR CONFORMATIONS OF SIDE CHAINS AND SOLVENT MOLECULES WERE OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY MAP BUT OMITTED FROM THE MODEL.
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS pH = 6.5, 30% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.68877 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月31日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.68877 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→41.2 Å / Num. obs: 24139 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.076 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.27→1.3 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2371 / CC1/2: 0.887 / Rrim(I) all: 1.153 / Rsym value: 1.069 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2MLT

2mlt


解像度: 1.27→23.98 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 2369 9.8 %Random selection
Rwork0.201 ---
obs-24108 99.45 %-
原子変位パラメータBiso mean: 17.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.27→23.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数804 0 45 159 1008
LS精密化 シェル解像度: 1.27→1.2855 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 135 9 %
Rwork0.325 1505 -
obs--97.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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