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- PDB-6o3c: Crystal structure of active Smoothened bound to SAG21k, cholester... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o3c
タイトルCrystal structure of active Smoothened bound to SAG21k, cholesterol, and NbSmo8
要素
  • NbSmo8
  • Smoothened homolog
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / Signaling / Hedgehog / Smoothened / Cholesterol / SAG
機能・相同性
機能・相同性情報


BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / regulation of localization / ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / Activation of SMO / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / negative regulation of hepatocyte proliferation / central nervous system neuron differentiation ...BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / regulation of localization / ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / Activation of SMO / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / negative regulation of hepatocyte proliferation / central nervous system neuron differentiation / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / mesenchymal to epithelial transition / epithelial-mesenchymal cell signaling / myoblast migration / atrial septum morphogenesis / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / Hedgehog 'on' state / spinal cord dorsal/ventral patterning / axon extension involved in axon guidance / positive regulation of hepatic stellate cell activation / cell development / left/right axis specification / Hedgehog 'off' state / thalamus development / somite development / patched binding / forebrain morphogenesis / cellular response to cholesterol / type B pancreatic cell development / dorsal/ventral neural tube patterning / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of organ growth / smooth muscle tissue development / pattern specification process / cerebellar cortex morphogenesis / mammary gland epithelial cell differentiation / dentate gyrus development / positive regulation of multicellular organism growth / dopaminergic neuron differentiation / commissural neuron axon guidance / oxysterol binding / positive regulation of neural precursor cell proliferation / positive regulation of smoothened signaling pathway / digestive tract development / dorsal/ventral pattern formation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / determination of left/right symmetry / cell fate specification / neural crest cell migration / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / ciliary membrane / anterior/posterior pattern specification / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / midgut development / smoothened signaling pathway / hair follicle morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / heart looping / negative regulation of DNA binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / dendritic growth cone / protein kinase A catalytic subunit binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein localization to nucleus / hair follicle development / developmental growth / neuroblast proliferation / vasculogenesis / embryonic organ development / positive regulation of autophagy / skeletal muscle fiber development / axonal growth cone / heart morphogenesis / homeostasis of number of cells within a tissue / epithelial cell differentiation / protein sequestering activity / centriole / ossification / negative regulation of protein phosphorylation / epithelial cell proliferation / central nervous system development / caveola / positive regulation of epithelial cell proliferation / astrocyte activation / G protein-coupled receptor activity / multicellular organism growth / cerebral cortex development / cilium / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / protein import into nucleus / endocytic vesicle membrane / late endosome / gene expression / regulation of gene expression / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain ...Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-LKD / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Deshpande, I.S. / Liang, J. / Hedeen, D. / Roberts, K.J. / Zhang, Y. / Ha, B. / Latorraca, N.R. / Faust, B. / Dror, R.O. / Beachy, P.A. ...Deshpande, I.S. / Liang, J. / Hedeen, D. / Roberts, K.J. / Zhang, Y. / Ha, B. / Latorraca, N.R. / Faust, B. / Dror, R.O. / Beachy, P.A. / Myers, B.R. / Manglik, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP5-OD023048-01 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Smoothened stimulation by membrane sterols drives Hedgehog pathway activity.
著者: Deshpande, I. / Liang, J. / Hedeen, D. / Roberts, K.J. / Zhang, Y. / Ha, B. / Latorraca, N.R. / Faust, B. / Dror, R.O. / Beachy, P.A. / Myers, B.R. / Manglik, A.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Smoothened homolog
B: NbSmo8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,05115
ポリマ－73,0222
非ポリマー4,02913
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area27440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.010, 121.090, 157.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Space group name HallP2c2

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要素

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タンパク質 / 抗体 / 糖 , 3種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Smoothened homolog / SMO


分子量: 58788.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Smo, Smoh / プラスミド: pVLAD6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56726
#2: 抗体 NbSmo8


分子量: 14233.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lama glama (ラマ)
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 14分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-LKD / 3-chloro-4,7-difluoro-N-{[2-methoxy-5-(pyridin-4-yl)phenyl]methyl}-N-[trans-4-(methylamino)cyclohexyl]-1-benzothiophene-2-carboxamide


分子量: 556.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H28ClF2N3O2S
#8: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.88 % / 解説: Small 2x5x10 micron blades
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 0.1 M ammonium phosphate dibasic, 1.5% 1,2,3-Heptanetriol, 22% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 293.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 18464 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.63 % / Biso Wilson estimate: 81.36 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 5.48
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.87 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 1732 / CC1/2: 0.23 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PHENIX1.12_2829精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5L7D, 3P0G

5l7d

3p0g


解像度: 2.8→47.94 Å / SU ML: 0.526 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.336 / 位相誤差: 34.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2944 926 5 %
Rwork0.2454 --
obs0.248 18441 96.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 74.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4648 0 251 3 4902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00839569966065043
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5794431000516865
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0419250752502757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00247926809185848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.81319301421871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8001-2.94770.37251250.35852382X-RAY DIFFRACTION94.2481203008
2.9477-3.13230.37471280.332383X-RAY DIFFRACTION94.1154422789
3.1323-3.37410.38421340.28262499X-RAY DIFFRACTION97.7720014853
3.3741-3.71350.32571320.26722514X-RAY DIFFRACTION97.9274611399
3.7135-4.25060.3241340.22622542X-RAY DIFFRACTION97.4508375819
4.2506-5.35420.27381340.21292538X-RAY DIFFRACTION96.7765302427
5.3542-47.95020.23911390.23522657X-RAY DIFFRACTION95.3615279673

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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