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- PDB-6o39: Crystal structure of Frizzled 5 CRD in complex with F2.I Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o39
タイトルCrystal structure of Frizzled 5 CRD in complex with F2.I Fab
要素
  • (Antibody F2.I Fab, ...) x 2
  • Frizzled-5
キーワードSIGNALING PROTEIN / Receptor / Wnt / Frizzled (Frizzled) / CRD / Antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / Spemann organizer formation / cellular response to molecule of bacterial origin / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / chorionic trophoblast cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / glandular epithelial cell maturation / Signaling by RNF43 mutants / post-embryonic camera-type eye development / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 ...regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / Spemann organizer formation / cellular response to molecule of bacterial origin / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / chorionic trophoblast cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / glandular epithelial cell maturation / Signaling by RNF43 mutants / post-embryonic camera-type eye development / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / apoptotic process involved in morphogenesis / anterior/posterior axis specification, embryo / embryonic axis specification / Wnt receptor activity / regulation of mitophagy / non-canonical Wnt signaling pathway / intestinal epithelial cell maturation / Wnt-protein binding / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of bicellular tight junction assembly / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / labyrinthine layer blood vessel development / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / synapse assembly / Regulation of FZD by ubiquitination / positive regulation of interleukin-1 beta production / Asymmetric localization of PCP proteins / G protein-coupled receptor activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / neuron differentiation / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / Ca2+ pathway / T cell differentiation in thymus / amyloid-beta binding / early endosome membrane / perikaryon / 血管新生 / negative regulation of cell population proliferation / 神経繊維 / ゴルジ体 / lipid binding / シナプス / ubiquitin protein ligase binding / 樹状突起 / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Frizzled-5, CRD domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily ...Frizzled-5, CRD domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / Frizzled-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Raman, S. / Beilschmidt, M. / Fransson, J. / Julien, J.P.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Structure-guided design fine-tunes pharmacokinetics, tolerability, and antitumor profile of multispecific frizzled antibodies.
著者: Raman, S. / Beilschmidt, M. / To, M. / Lin, K. / Lui, F. / Jmeian, Y. / Ng, M. / Fernandez, M. / Fu, Y. / Mascall, K. / Duque, A. / Wang, X. / Pan, G. / Angers, S. / Moffat, J. / Sidhu, S.S. ...著者: Raman, S. / Beilschmidt, M. / To, M. / Lin, K. / Lui, F. / Jmeian, Y. / Ng, M. / Fernandez, M. / Fu, Y. / Mascall, K. / Duque, A. / Wang, X. / Pan, G. / Angers, S. / Moffat, J. / Sidhu, S.S. / Magram, J. / Sinclair, A.M. / Fransson, J. / Julien, J.P.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody F2.I Fab, Light chain
B: Antibody F2.I Fab, Heavy chain
C: Frizzled-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,75718
ポリマ－60,6703
非ポリマー1,08715
水6,954386
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7900 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.405, 101.405, 196.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-432-

HOH

21B-485-

HOH

31B-529-

HOH

41B-540-

HOH

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Antibody F2.I Fab, Light chain


分子量: 23218.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody F2.I Fab, Heavy chain


分子量: 23323.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質 Frizzled-5 / / hFz5 / FzE5


分子量: 14128.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD5, C2orf31 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13467
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 400分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→36.4798 Å / Num. obs: 56003 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 25.13
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XPREPデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F0A

4f0a


解像度: 1.8→36.472 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 2000 3.57 %
Rwork0.1963 --
obs0.1976 55999 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.472 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4198 0 70 386 4654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8816081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8412709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006779
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.8450.38511410.32393817X-RAY DIFFRACTION100
1.845-1.89490.35921400.29143756X-RAY DIFFRACTION100
1.8949-1.95070.34051400.26933803X-RAY DIFFRACTION100
1.9507-2.01360.29591400.24643762X-RAY DIFFRACTION100
2.0136-2.08560.27531410.22773806X-RAY DIFFRACTION100
2.0856-2.16910.23121400.22553794X-RAY DIFFRACTION100
2.1691-2.26780.27081420.21913820X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.38730.26221410.22063807X-RAY DIFFRACTION100
2.3873-2.53690.25351430.22043857X-RAY DIFFRACTION100
2.5369-2.73270.24991420.2143848X-RAY DIFFRACTION100
2.7327-3.00760.24281430.21613865X-RAY DIFFRACTION100
3.0076-3.44250.23751460.20013913X-RAY DIFFRACTION100
3.4425-4.3360.20791450.16643952X-RAY DIFFRACTION100
4.336-36.47980.18441560.15514199X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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