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- PDB-6o2w: Crystal structure of the SARAF luminal domain Cys-lock mutant dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o2w
タイトルCrystal structure of the SARAF luminal domain Cys-lock mutant dimer
要素Store-operated calcium entry-associated regulatory factor
キーワードSIGNALING PROTEIN / SOCE / Store Operated Calcium Entry / SARAF / ER / Endoplasmic reticulum / Calcium signaling / Domain swap
機能・相同性Store-operated calcium entry-associated regulatory factor / SOCE-associated regulatory factor of calcium homoeostasis / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / regulation of store-operated calcium entry / calcium ion transport / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Store-operated calcium entry-associated regulatory factor
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Kimberlin, C.R. / Minor, D.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01-HL080050 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R01-DC007664 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)T32HL007731 米国
American Heart Association14POST18740062 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: SARAF Luminal Domain Structure Reveals a Novel Domain-Swapped beta-Sandwich Fold Important for SOCE Modulation.
著者: Kimberlin, C.R. / Meshcheriakova, A. / Palty, R. / Raveh, A. / Karbat, I. / Reuveny, E. / Minor Jr., D.L.
履歴
登録2019年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Store-operated calcium entry-associated regulatory factor
B: Store-operated calcium entry-associated regulatory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,1393
ポリマ－31,0472
非ポリマー921
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.910, 30.790, 76.140
Angle α, β, γ (deg.)88.580, 86.030, 89.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Store-operated calcium entry-associated regulatory factor / SOCE-associated regulatory factor / HBV X-transactivated gene 3 protein / HBV XAg-transactivated ...SOCE-associated regulatory factor / HBV X-transactivated gene 3 protein / HBV XAg-transactivated protein 3 / Protein FOAP-7 / Transmembrane protein 66


分子量: 15523.334 Da / 分子数: 2 / 変異: K98C, A156C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: SARAF, TMEM66, XTP3, HSPC035, NPD003, PSEC0019, UNQ1967/PRO4499
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96BY9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 3-5% glycerol or ethylene glycol / Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37.93 Å / Num. obs: 11188 / % possible obs: 85.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 41899 / Scaling rejects: 46
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.939 / Num. unique obs: 461 / CC1/2: 0.609 / Rpim(I) all: 0.561 / Rrim(I) all: 1.095 / % possible all: 43.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6O2U

6o2u


解像度: 2.101→37.93 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2335 534 4.79 %
Rwork0.1746 --
obs0.1775 11159 84.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.69 Å2 / Biso mean: 45.2208 Å2 / Biso min: 21.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.101→37.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1994 0 6 89 2089
Biso mean--58.88 44.09 -
残基数----258
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072047
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9342770
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055298
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.43759
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1005-2.31190.3759890.25941716180555
2.3119-2.64630.32451300.23462945307594
2.6463-3.33380.25061700.18782970314096
3.3338-37.97340.1911450.14392994313995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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