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- PDB-6o2k: Drosophila melanogaster CENP-C cupin domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o2k
タイトルDrosophila melanogaster CENP-C cupin domain
要素Centromeric protein-C, isoform A
キーワードCELL CYCLE / Cupin / Kinetochore / CENP-C / Drosophila / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of centromere complex assembly / female meiosis chromosome segregation / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / regulation of stem cell differentiation / protein localization to kinetochore / mitotic metaphase chromosome alignment / chromosome, centromeric region / chromosome segregation / kinetochore
類似検索 - 分子機能
Centromeric protein-C, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Chik, J.K. / Cho, U.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK111465 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM007315 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structures of CENP-C cupin domains at regional centromeres reveal unique patterns of dimerization and recruitment functions for the inner pocket.
著者: Chik, J.K. / Moiseeva, V. / Goel, P.K. / Meinen, B.A. / Koldewey, P. / An, S. / Mellone, B.G. / Subramanian, L. / Cho, U.S.
履歴
登録2019年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centromeric protein-C, isoform A
B: Centromeric protein-C, isoform A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1472
ポリマ－32,1472
非ポリマー00
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.930, 61.720, 87.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Centromeric protein-C, isoform A


分子量: 16073.384 Da / 分子数: 2 / 断片: Cupin Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Cenp-C, CENP-C, cenp-C, Cenp-C-RA, CenpC, CG11745, CG11746, CLD1, Dmel\CG31258, l(2)SH3 157, l(3)85Aa, l(3)SH157, L1, CG31258, Dmel_CG31258
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VHP9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細The construct used for crystallization was D. melanogaster CENP-C 1190-1411 with an additional Ser- ...The construct used for crystallization was D. melanogaster CENP-C 1190-1411 with an additional Ser-Asn-Ala sequence at the N-terminus from the expression tag. Tag and residues 1190-1269 were likely proteolytically cleaved during crystallization and are not visible in the structure.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.1943.87
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
298.151蒸気拡散法, ハンギングドロップ法Purified native D. Melanogaster CENPC 1244 to 1411 protein was mixed with 0.2 M NaCl, 0.1 M MES (pH 6.0), 15 % v/v Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) in a 1:1 ratio (v/v). SeMet substituted crystals were grown in the same condition by providing native crystals as microseeds
298.152蒸気拡散法, ハンギングドロップ法D. melanogaster CENP-C 1190-1411 crystals were grown by mixing purified proteins 0.1 M MOPS (pH 7.0) and 12% (w/v) PEG 4000 in a 1:1 ratio (v/v)

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11051N
21052N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-G10.9786
シンクロトロンAPS 21-ID-G20.9786
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2018年8月16日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2017年8月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97861
21
反射

Entry-ID: 6O2K

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rpim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.81-30.862638599.64.80.02221.6
2.63-40.251482399.921.80.056111.8
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsRpim(I) allDiffraction-ID
1.81-1.8619240.2572
2.63-2.710760.5021

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
MOSFLMデータ削減
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→30.86 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 1914 7.61 %
Rwork0.1955 --
obs0.1983 25138 95.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→30.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2186 0 0 128 2314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9023059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3591960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.81-1.85530.3161320.27621478X-RAY DIFFRACTION86
1.8553-1.90540.351200.23711501X-RAY DIFFRACTION89
1.9054-1.96150.24281250.21751553X-RAY DIFFRACTION90
1.9615-2.02480.26871290.21731587X-RAY DIFFRACTION92
2.0248-2.09710.27451310.20381601X-RAY DIFFRACTION94
2.0971-2.18110.24161320.19941647X-RAY DIFFRACTION95
2.1811-2.28030.27871380.19721652X-RAY DIFFRACTION96
2.2803-2.40050.24361380.20231670X-RAY DIFFRACTION97
2.4005-2.55080.26431420.21781699X-RAY DIFFRACTION98
2.5508-2.74770.2471400.2221711X-RAY DIFFRACTION98
2.7477-3.0240.26541440.22461730X-RAY DIFFRACTION99
3.024-3.4610.21251440.20551750X-RAY DIFFRACTION99
3.461-4.35860.19061460.16471777X-RAY DIFFRACTION100
4.3586-30.86450.19481530.16061868X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87621.4316-0.12682.0898-0.43641.1438-0.06520.0174-0.1755-0.2094-0.0457-0.12550.08880.11580.09550.17560.04090.01020.1801-0.0090.1347-13.98669.1922-16.595
21.85260.89580.10861.338-0.04030.83910.116-0.429-0.18070.1679-0.1481-0.0856-0.02750.04850.0240.18070.0112-0.01590.23960.02140.1507-20.90421.9441-2.139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1273 through 1411)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1270 through 1411)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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