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- PDB-6o2d: Schizosaccharomyces pombe Cnp3 Cupin Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o2d
タイトルSchizosaccharomyces pombe Cnp3 Cupin Domain
要素Inner kinetochore subunit cnp3
キーワードCELL CYCLE / CENP-C / Kinetochore / Cupin / Dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


kinetochore adaptor activity / spindle attachment to meiosis I kinetochore / centromeric DNA binding / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / kinetochore / nucleolus ...kinetochore adaptor activity / spindle attachment to meiosis I kinetochore / centromeric DNA binding / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / kinetochore / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Inner kinetochore subunit cnp3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Chik, J.K. / Cho, U.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01-DK111465 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM007315 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structures of CENP-C cupin domains at regional centromeres reveal unique patterns of dimerization and recruitment functions for the inner pocket.
著者: Chik, J.K. / Moiseeva, V. / Goel, P.K. / Meinen, B.A. / Koldewey, P. / An, S. / Mellone, B.G. / Subramanian, L. / Cho, U.S.
履歴
登録2019年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inner kinetochore subunit cnp3
B: Inner kinetochore subunit cnp3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0982
ポリマ－36,0982
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area14460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.160, 55.160, 206.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Inner kinetochore subunit cnp3 / CENP-C homolog / Centromere protein 3 / Constitutive centromere-associated network protein cnp3


分子量: 18048.834 Da / 分子数: 2 / 断片: Cupin Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: cnp3, SPBC1861.01c, SPBC56F2.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9USR9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein was mixed with 0.1 M HEPES (pH 7.0), 20% PEG 3350, and 6% w/v Trimethylamine N-oxide dihydrate in a 1:1 ratio (v/v). The reservoir solution was made up of 0.25 M potassium fluoride, 0. ...詳細: Protein was mixed with 0.1 M HEPES (pH 7.0), 20% PEG 3350, and 6% w/v Trimethylamine N-oxide dihydrate in a 1:1 ratio (v/v). The reservoir solution was made up of 0.25 M potassium fluoride, 0.125 M HEPES pH 7, and 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→34.44 Å / Num. obs: 11544 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.2 % / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 32.9
反射 シェル解像度: 2.52→2.59 Å / Num. unique obs: 804 / Rpim(I) all: 0.156

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
Cootモデル構築
AutoSol位相決定
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.52→33.074 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 552 4.81 %
Rwork0.2171 --
obs0.2188 11475 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.52→33.074 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2246 0 0 5 2251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082293
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2483089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8111396
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5202-2.77370.40331300.29422642X-RAY DIFFRACTION100
2.7737-3.17480.31271340.26972659X-RAY DIFFRACTION100
3.1748-3.99880.28651410.22092727X-RAY DIFFRACTION100
3.9988-33.07730.19171470.192895X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.2362 Å / Origin y: 22.9454 Å / Origin z: -16.1351 Å
111213212223313233
T0.7092 Å20.1396 Å20.0534 Å2-0.3369 Å2-0.0002 Å2--0.3453 Å2
L2.8254 °20.7625 °2-0.0267 °2-2.5637 °2-0.0535 °2--4.0062 °2
S0.1922 Å °0.0507 Å °-0.0338 Å °-0.4155 Å °-0.0698 Å °-0.086 Å °-0.8164 Å °-0.0205 Å °-0.0865 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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