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- PDB-6o29: Crystal structure of 4493 Fab in complex with circumsporozoite pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o29
タイトルCrystal structure of 4493 Fab in complex with circumsporozoite protein NPDP and anti-kappa VHH domain
要素
  • 4493 Fab heavy chain
  • 4493 Kappa light chain
  • Anti-kappa VHH domain
  • Circumsporozoite protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Scally, S.W. / Bosch, A. / Prieto, K. / Murugan, R. / Wardemann, H. / Julien, J.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation
引用ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2020
タイトル: Evolution of protective human antibodies against Plasmodium falciparum circumsporozoite protein repeat motifs.
著者: Murugan, R. / Scally, S.W. / Costa, G. / Mustafa, G. / Thai, E. / Decker, T. / Bosch, A. / Prieto, K. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H.
履歴
登録2019年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 4493 Fab heavy chain
B: 4493 Kappa light chain
H: 4493 Fab heavy chain
L: 4493 Kappa light chain
C: Circumsporozoite protein
D: Circumsporozoite protein
K: Anti-kappa VHH domain
E: Anti-kappa VHH domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,66511
ポリマ－120,4798
非ポリマー1863
水2,144119
1
A: 4493 Fab heavy chain
B: 4493 Kappa light chain
C: Circumsporozoite protein
K: Anti-kappa VHH domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4267
ポリマ－60,2404
非ポリマー1863
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: 4493 Fab heavy chain
L: 4493 Kappa light chain
D: Circumsporozoite protein
E: Anti-kappa VHH domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2404
ポリマ－60,2404
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.537, 79.761, 281.795
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 1 through 214)
21(chain H and (resid 1 through 127 or resid 134...
12(chain B and resid 1 through 213)
22(chain L and (resid 1 through 23 or (resid 24...
13(chain C and resid 2 through 15)
23(chain D and resid 2 through 15)
14chain E
24(chain K and resid 1 through 113)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLUGLULYSLYS(chain A and resid 1 through 214)AA1 - 2141 - 223
211GLUGLUSERSER(chain H and (resid 1 through 127 or resid 134...HC1 - 1271 - 136
221GLYGLYPROPRO(chain H and (resid 1 through 127 or resid 134...HC134 - 213143 - 222
231LYSLYSLYSLYS(chain H and (resid 1 through 127 or resid 134...HC214223
241GLUGLULYSLYS(chain H and (resid 1 through 127 or resid 134...HC1 - 2141 - 223
251GLUGLULYSLYS(chain H and (resid 1 through 127 or resid 134...HC1 - 2141 - 223
261GLUGLULYSLYS(chain H and (resid 1 through 127 or resid 134...HC1 - 2141 - 223
271GLUGLULYSLYS(chain H and (resid 1 through 127 or resid 134...HC1 - 2141 - 223
112GLUGLUGLUGLU(chain B and resid 1 through 213)BB1 - 2131 - 214
212GLUGLUCYSCYS(chain L and (resid 1 through 23 or (resid 24...LD1 - 231 - 23
222ARGARGALAALA(chain L and (resid 1 through 23 or (resid 24...LD24 - 2524 - 25
232GLUGLUGLUGLU(chain L and (resid 1 through 23 or (resid 24...LD1 - 2131 - 214
242GLUGLUGLUGLU(chain L and (resid 1 through 23 or (resid 24...LD1 - 2131 - 214
252GLUGLUGLUGLU(chain L and (resid 1 through 23 or (resid 24...LD1 - 2131 - 214
262GLUGLUGLUGLU(chain L and (resid 1 through 23 or (resid 24...LD1 - 2131 - 214
113PROPROASNASN(chain C and resid 2 through 15)CE2 - 152 - 15
213PROPROASNASN(chain D and resid 2 through 15)DF2 - 152 - 15
114UNKUNKSERSERchain EEH1 - 1131 - 121
214UNKUNKSERSER(chain K and resid 1 through 113)KG1 - 1131 - 121

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質・ペプチド Circumsporozoite protein / CS


分子量: 1659.668 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 120-135 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893

-
抗体 , 3種, 6分子 AHBLKE

#1: 抗体 4493 Fab heavy chain


分子量: 23792.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 4493 Kappa light chain


分子量: 23460.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Anti-kappa VHH domain


分子量: 11326.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 2種, 122分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % (w/v) PEG3350, 0.2 M sodium nitrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033167 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033167 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 49310 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2353 / CC1/2: 0.761 / Rpim(I) all: 0.23 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: In house model

解像度: 2.4→29.589 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2396 1549 3.15 %
Rwork0.2011 47617 -
obs0.2024 49166 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 163.53 Å2 / Biso mean: 60.1224 Å2 / Biso min: 30.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→29.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8213 0 12 119 8344
Biso mean--62.47 52.32 -
残基数----1140
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1974X-RAY DIFFRACTION6.148TORSIONAL
12H1974X-RAY DIFFRACTION6.148TORSIONAL
21B2010X-RAY DIFFRACTION6.148TORSIONAL
22L2010X-RAY DIFFRACTION6.148TORSIONAL
31C128X-RAY DIFFRACTION6.148TORSIONAL
32D128X-RAY DIFFRACTION6.148TORSIONAL
41E1123X-RAY DIFFRACTION6.148TORSIONAL
42K1123X-RAY DIFFRACTION6.148TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.4-2.47740.37211400.30814300
2.4774-2.56590.30021380.29774221
2.5659-2.66860.36041380.2914243
2.6686-2.790.37161380.27924251
2.79-2.93690.30991400.26814308
2.9369-3.12080.32441390.24884278
3.1208-3.36140.28091410.24634332
3.3614-3.69910.24871400.20454296
3.6991-4.2330.23271430.17584389
4.233-5.32810.14431430.1374396
5.3281-29.5890.18311490.15534603
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5705-0.6247-2.16220.15690.14252.6427-0.04490.2966-0.0196-0.23250.04660.16560.2807-0.52570.01830.7331-0.1668-0.08730.75930.07850.47468.22241.498667.1835
23.26960.88820.1893.18422.37534.1265-0.11310.10250.6737-0.2231-0.00840.2516-0.5232-0.05460.1230.39010.0499-0.07880.51270.05530.7199-4.754515.788998.5858
32.26720.26560.13153.52591.19785.3266-0.10270.0703-0.0432-0.42140.2393-0.08250.08340.0754-0.15650.4538-0.06430.00420.53170.0810.44122.9117-4.757582.9209
47.78630.67680.25580.34720.61371.2689-0.0207-0.04850.4198-0.0341-0.06240.10790.0232-0.05710.08040.33040.0495-0.03670.47620.01250.4875-3.0550.9482106.1163
53.88331.4209-1.8081.0156-0.68064.5310.0768-0.3795-0.14720.382-0.1687-0.19620.29770.57650.08870.64850.023-0.060.5311-0.00010.395642.181.642447.9057
64.9421-1.37111.20283.8085-2.3726.17720.00570.13780.3243-0.1453-0.0507-0.5-0.42260.48380.05280.3004-0.11620.01870.436-0.04780.497554.626515.887915.4827
72.19070.1420.91672.4056-1.87778.54010.06910.0248-0.14460.27630.0450.1490.526-0.1725-0.14130.4481-0.00730.03120.3018-0.03160.403827.4913-4.670132.1763
85.038-0.4602-0.52130.88340.36881.65190.09690.43750.1237-0.1064-0.0966-0.11380.04030.33050.00210.36250.0087-0.0010.48930.02910.42153.54611.39199.0796
98.9853-4.2936-5.47297.5245.21194.5689-0.16880.1411-1.3290.061-0.37831.01990.26031.03010.71051.0947-0.1882-0.11810.83570.09090.601718.4431-13.477558.7092
105.0052-0.60180.23948.89842.14457.84020.3058-1.4734-1.27650.5383-0.0856-0.87930.0588-0.6185-0.11651.0418-0.0815-0.14430.83970.19570.670932.208-12.898857.4987
112.5710.0929-0.02442.67340.04543.2756-0.0981-0.19710.16860.20160.0644-0.1053-0.02530.15250.02580.32630.07370.00030.48920.02440.428420.9432-11.6077115.9352
123.6524-1.13771.21763.08970.24276.17980.15730.4668-0.3171-0.0801-0.05450.12030.32390.2686-0.06680.33830.02120.01270.3606-0.07420.471929.9831-12.1115-0.6341
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 113 )A1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 214 )A114 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 107 )B1 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 108 through 213 )B108 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 1 through 113 )H1 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 114 through 214 )H114 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 1 through 107 )L1 - 107
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 108 through 213 )L108 - 213
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 15 )C1 - 15
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 2 through 16 )D2 - 16
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'K' and (resid 1 through 113 )K1 - 113
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 1 through 113 )E1 - 113

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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