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万見
- PDB-6o1g: Full length human plasma kallikrein with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o1g
タイトルFull length human plasma kallikrein with inhibitor
要素Plasma kallikrein
キーワードBLOOD CLOTTING / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma kallikrein / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / positive regulation of fibrinolysis / zymogen activation / plasminogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / Activation of Matrix Metalloproteinases / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation ...plasma kallikrein / Factor XII activation / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / positive regulation of fibrinolysis / zymogen activation / plasminogen activation / Defective factor XII causes hereditary angioedema / Activation of Matrix Metalloproteinases / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7SD / Plasma kallikrein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Partridge, J.R. / Choy, R.M.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structures of full-length plasma kallikrein bound to highly specific inhibitors describe a new mode of targeted inhibition.
著者: Partridge, J.R. / Choy, R.M. / Silva-Garcia, A. / Yu, C. / Li, Z. / Sham, H. / Metcalf, B.
履歴
登録2019年2月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年3月6日ID: 6ESO
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasma kallikrein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3114
ポリマ－71,4531
非ポリマー8583
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.970, 121.920, 65.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Plasma kallikrein / Fletcher factor / Kininogenin / Plasma prekallikrein / PKK


分子量: 71452.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03952, plasma kallikrein
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-7SD / N-[(6-amino-2,4-dimethylpyridin-3-yl)methyl]-1-({4-[(1H-pyrazol-1-yl)methyl]phenyl}methyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 415.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N7O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5 0.1 M Sodium Citrate 25 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.127131 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127131 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 37739 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 30.93 Å2 / Net I/σ(I): 2.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.1 % / % possible all: 84.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→28.126 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2401 2000 5.3 %
Rwork0.2006 --
obs0.2027 37739 87.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.126 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4595 0 59 139 4793
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084783
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9036485
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1892869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055708
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005820
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2550.3241360.29292429X-RAY DIFFRACTION83
2.255-2.31590.34341350.2692410X-RAY DIFFRACTION83
2.3159-2.38410.33911370.26332450X-RAY DIFFRACTION84
2.3841-2.4610.28651370.24452438X-RAY DIFFRACTION84
2.461-2.54890.29941370.2472467X-RAY DIFFRACTION85
2.5489-2.65080.30851380.25152457X-RAY DIFFRACTION85
2.6508-2.77140.34671380.2422474X-RAY DIFFRACTION85
2.7714-2.91740.28621390.24242467X-RAY DIFFRACTION85
2.9174-3.09990.24981390.23032511X-RAY DIFFRACTION86
3.0999-3.33890.22781420.2062523X-RAY DIFFRACTION87
3.3389-3.67430.23031480.18712650X-RAY DIFFRACTION90
3.6743-4.20440.22881550.16672772X-RAY DIFFRACTION95
4.2044-5.29140.18121570.14932789X-RAY DIFFRACTION95
5.2914-28.12820.17661620.17312902X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -39.238 Å / Origin y: -10.2102 Å / Origin z: 24.6158 Å
111213212223313233
T0.2228 Å2-0.0047 Å20.0282 Å2-0.2408 Å2-0.0165 Å2--0.2645 Å2
L0.8571 °20.2088 °20.06 °2-1.8348 °20.0773 °2--0.4861 °2
S0.0247 Å °-0.0408 Å °0.2163 Å °0.066 Å °-0.0316 Å °0.2409 Å °-0.1998 Å °0.0183 Å °0.0097 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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