PDB-6o14: Crystal structure of the Aquifex aeolicus Wzt Carbohydrate Bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o14

タイトル

Crystal structure of the Aquifex aeolicus Wzt Carbohydrate Binding Domain

要素

ABC transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ABC transporter / Wzt / Wzm / O antigen / Carbohydrate Binding Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Bi, Y. / Zimmer, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Structure and Ligand-Binding Properties of the O Antigen ABC Transporter Carbohydrate-Binding Domain.
著者: Bi, Y. / Zimmer, J.

履歴

登録	2019年2月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o14.cif.gz	137.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o14.ent.gz	108.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6o14_validation.pdf.gz	450.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o14_full_validation.pdf.gz	457.8 KB	表示
XML形式データ	6o14_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	6o14_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o14	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2r5oS 5hno 6oih S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cfa-1 2y7l-d 1r19-1 5wta-2 5wta-3 4p91-d 4nv5-1 5cf3-d 4f1z-d 6nwm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (5) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (5)

登録構造単位

A: ABC transporter

B: ABC transporter

ヘテロ分子

35.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

2

A: ABC transporter

B: ABC transporter

ヘテロ分子

A: ABC transporter

B: ABC transporter

ヘテロ分子

A: ABC transporter

B: ABC transporter

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.345, 128.345, 45.158
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-603- HOH

#1: タンパク質	ABC transporter 分子量: 17701.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: abcT4, aq_1094 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67181
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.15 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MOPS pH 7, 1.5 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→28.65 Å / Num. obs: 12535 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.2 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.2 / R_pim(I) all: 0.06 / Net I/av σ(I): 6.9 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.65→2.78 Å / R_merge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2392 / CC_1/2: 0.731 / R_pim(I) all: 0.36

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2R5O

2r5o

解像度: 2.65→28.643 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.38

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2391	614	4.9 %
R_work	0.1798	-	-
obs	0.1828	12535	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→28.643 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2357	0	12	18	2387

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2423
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.138	3258
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.471	1440
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6503-2.9167	0.3415	162	0.2775	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9167-3.3382	0.2825	136	0.2204	2967	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3382-4.2037	0.2177	139	0.1716	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2037-28.645	0.2181	177	0.1501	3035	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4602	0.3058	-1.7093	2.2776	-1.6755	5.7777	-0.2259	0.7594	-0.6559	-0.0262	0.4001	0.067	0.5073	-0.3003	-0.1228	0.8151	-0.0324	-0.074	0.7446	0.0844	0.2798	47.2113	-38.9699	-16.6055
2	5.6566	-0.9457	1.7059	1.8616	3.2661	8.0594	-0.3697	0.6641	0.499	-0.2939	0.2896	-0.2314	0.127	0.7334	-0.1203	0.4125	-0.0364	-0.0549	0.6424	0.1099	0.2986	61.6901	-27.0574	-7.3884
3	8.669	1.5812	5.4755	1.6706	1.7416	7.5066	0.2214	1.0097	-0.3132	0.018	0.6361	-0.5209	0.2121	0.4712	-0.3294	0.5667	-0.0357	-0.0484	0.7449	0.0101	0.2268	51.5498	-31.6317	-16.051
4	3.6382	-1.0587	0.0792	5.7857	-0.1543	2.3743	0.6817	0.3402	-0.5845	-0.8826	0.1993	1.3298	-0.1866	-0.7233	-0.4032	0.7769	-0.1597	-0.269	1.0375	0.0947	0.5122	36.5177	-34.8865	-24.8272
5	3.1786	0.3295	2.5832	0.8643	1.6468	4.3763	0.2738	-0.2043	-0.2221	-0.7263	0.2995	-0.3532	0.5597	-1.0984	-0.9776	0.2137	-0.0991	-0.0404	0.6898	0.0726	0.3218	44.2275	-32.0055	-6.2519
6	1.9025	0.6472	-2.6876	5.4066	3.0098	7.4001	-0.6531	-0.4211	-0.5307	0.9803	0.4012	-0.1154	1.0947	-0.8505	0.2681	0.6195	0.0056	0.101	0.797	0.047	0.2173	46.1981	-31.5622	1.8725
7	0.748	0.7054	0.8417	4.5913	2.2828	4.6252	0.1795	0.3153	0.303	-0.8698	-0.2953	0.4134	-0.8262	-1.8076	0.481	0.7033	0.0026	-0.0664	1.1915	0.0214	0.2881	38.62	-26.5422	-19.4524
8	1.1941	-0.6766	2.4539	1.0384	0.2062	6.4203	0.0024	0.2201	0.0348	-0.1492	0.1824	0.0013	0.1411	-0.2018	-0.0698	0.6881	0.0254	0.0048	0.6237	-0.0324	0.2053	49.7429	-30.2213	-9.0447
9	6.0272	2.846	-6.5597	1.6705	-2.635	7.8025	-0.5177	-0.0378	2.2721	1.5241	0.7246	1.8792	1.3701	-1.5298	-0.1813	0.847	-0.128	0.1972	1.392	-0.0662	1.2322	29.6423	-33.9947	-12.6286
10	1.754	0.1673	1.4773	1.1839	0.2064	1.1119	0.0318	-0.0938	-0.2129	-0.6061	0.08	-0.3504	1.5696	-1.0733	-0.1745	0.8012	-0.2802	-0.2105	1.0664	-0.0134	-0.2884	47.729	-38.1534	-7.2703
11	5.6464	-2.5418	-3.5987	2.8159	4.1736	6.2219	0.4559	0.0061	0.8794	-0.0772	0.0384	-0.2063	-1.0386	0.3193	-0.4876	0.6549	0.0535	0.0274	0.534	0.0083	0.2848	60.2166	-20.4446	5.2226
12	0.6398	-0.5735	-0.2066	8.5427	4.6609	3.2778	0.0832	-0.0918	0.332	-1.0068	-0.0415	-0.2469	-1.2616	-0.0722	0.1794	1.0064	0.014	0.098	0.6136	-0.0148	0.4035	53.1745	-2.856	10.7959
13	2.8257	1.8906	-1.6606	4.6272	-0.4051	1.1263	-0.2631	-0.7847	0.1181	0.7297	0.0699	-0.4508	-1.7231	0.1487	-0.0693	1.1139	0.0864	0.0517	0.7636	-0.1339	0.4366	49.8646	-3.9408	23.3789
14	6.1109	2.4629	-0.0429	5.5115	1.1347	2.7674	0.1904	0.089	0.455	-0.1937	0.118	0.4435	-1.2368	-0.3989	-0.0672	0.9291	0.1751	0.0088	0.7745	0.0341	0.3145	42.4695	-5.2933	9.9611
15	2.4919	1.3709	0.0603	4.6593	1.4729	4.0094	0.2777	-0.4178	0.2043	0.1248	-0.0943	-0.2357	-0.8888	0.1213	-0.2178	0.7084	-0.1002	-0.0078	0.6079	-0.0599	0.2716	56.3219	-10.2346	16.4379
16	3.9147	3.6057	0.0966	7.9082	2.9057	5.2527	0.2282	-0.2945	0.5467	-0.1316	-0.2661	0.1884	-0.9587	-0.2056	-0.22	0.6715	0.0663	0.0566	0.703	-0.0102	0.3025	48.7671	-9.7988	13.4072
17	4.4548	0.6183	-0.3164	4.5775	1.7468	5.4271	-0.002	-0.6952	1.4738	1.1939	-0.4612	-0.2486	-0.9394	-0.43	-0.0499	1.0408	-0.0525	-0.0602	0.8131	0.0773	0.1962	47.2054	-15.1795	14.1579
18	2.4114	0.889	0.3843	4.1671	1.375	8.7761	-0.2558	0.4563	-0.0184	-0.3472	-0.0697	0.159	-0.127	0.4597	-0.005	0.4967	0.0555	-0.1007	0.6452	0.0203	0.2388	47.5619	-24.8628	-14.5421

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 253 through 265 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 266 through 278 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 279 through 288 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 289 through 295 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 296 through 302 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 303 through 313 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 314 through 325 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 326 through 350 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 351 through 358 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 359 through 371 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 372 through 381 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 382 through 397 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 253 through 265 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 266 through 288 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 289 through 325 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 326 through 351 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 352 through 381 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 382 through 395 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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