PDB-6o0e: Saxiphilin:STX complex, soaking

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o0e

タイトル

Saxiphilin:STX complex, soaking

要素

Saxiphilin

キーワード

ANTITOXIN / saxitoxin / paralytic shellfish poisoning

機能・相同性

機能・相同性情報

recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / early endosome / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lithobates catesbeiana (カエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Yen, T.J. / Lolicato, M. / Minor, D.L.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	R01-HL080050	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117263-01A1	米国

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structure of the saxiphilin:saxitoxin (STX) complex reveals a convergent molecular recognition strategy for paralytic toxins.
著者: Yen, T.J. / Lolicato, M. / Thomas-Tran, R. / Du Bois, J. / Minor Jr., D.L.

履歴

登録	2019年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6o0e.cif.gz	637 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6o0e.ent.gz	544.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6o0e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o0e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6o0dC 6o0fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o0d-1 6o0f-2 6o0f-1 3uor-d 5oob-2 3wbf-d 6o0d-2 6fur-d 1pjs-d 1y8r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (5) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Saxiphilin

B: Saxiphilin

ヘテロ分子

189 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Saxiphilin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
94.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Saxiphilin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.379, 110.759, 254.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Saxiphilin / SAX 分子量: 94228.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lithobates catesbeiana (カエル) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P31226
#2: 化合物	ChemComp-9SL / [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate / Saxitoxin / サキシトキシン分子量: 299.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₇O₄ / コメント: 神経毒*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.88 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 5% PEG 8000, and 40% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD). 1mM final concentration of STX was added during soaking

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.19 Å / Num. obs: 95005 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 94650 / CC_1/2: 0.248

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→48.19 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2615	4684	4.97 %
R_work	0.237	-	-
obs	0.2382	94222	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12458	0	42	41	12541

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12790
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.763	17289
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.979	7928
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1875
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2233

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5284	0.507	128	0.5269	2673	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5284-2.5582	0.4625	153	0.5034	2760	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5582-2.5894	0.4824	117	0.4875	2891	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5894-2.6221	0.4567	163	0.4571	2954	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6221-2.6566	0.428	145	0.4191	2923	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6566-2.693	0.4485	154	0.4085	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
2.693-2.7315	0.3991	143	0.3739	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7315-2.7723	0.3782	142	0.366	3046	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7723-2.8156	0.4123	161	0.3556	2948	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8156-2.8617	0.3782	166	0.353	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8617-2.9111	0.4395	158	0.3477	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9111-2.964	0.3908	165	0.3516	2966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.964-3.021	0.3807	162	0.2965	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
3.021-3.0827	0.2903	169	0.2834	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0827-3.1497	0.304	139	0.2716	2982	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1497-3.2229	0.2692	173	0.2484	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2229-3.3035	0.274	171	0.2455	2951	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3035-3.3928	0.2724	154	0.2397	3013	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3928-3.4926	0.2819	172	0.2442	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4926-3.6053	0.3375	158	0.241	2997	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6053-3.7341	0.2409	169	0.2284	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7341-3.8836	0.2607	153	0.2104	3012	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8836-4.0602	0.2444	147	0.1903	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0602-4.2742	0.2044	146	0.1944	3056	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2742-4.5418	0.1826	145	0.1797	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5418-4.8921	0.2026	148	0.1876	3057	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8921-5.3839	0.2087	159	0.195	3048	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3839-6.1616	0.2648	175	0.2406	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1616-7.7577	0.2549	180	0.2326	3076	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7577-48.1984	0.1825	169	0.1787	3255	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 46.8214 Å / Origin y: 25.0792 Å / Origin z: 32.4365 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.4265 Å²	-0.0229 Å²	0.0477 Å²	-	0.5415 Å²	0.0405 Å²	-	-	0.4539 Å²
L	0.6918 °²	-0.0728 °²	0.3005 °²	-	0.2425 °²	-0.147 °²	-	-	1.1987 °²
S	-0.0666 Å °	-0.1141 Å °	-0.0414 Å °	0.0658 Å °	0.0219 Å °	0.008 Å °	-0.1538 Å °	0.0318 Å °	0.0539 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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