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万見
- PDB-6o0a: Crystal structure of flavohemoglobin from Malassezia yamatoensis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6o0a
タイトルCrystal structure of flavohemoglobin from Malassezia yamatoensis with bound FAD and heme determined by iron SAD phasing
要素Flavohemoglobin
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / FAD / heme / flavohemoglobin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide dioxygenase / nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Globin/Protoglobin / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Globins ...Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase-like, FAD-binding domain / Oxidoreductase FAD-binding domain / Globin/Protoglobin / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / nitric oxide dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Malassezia yamatoensis (菌類)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: HGT in the human and skin commensal Malassezia : A bacterially derived flavohemoglobin is required for NO resistance and host interaction.
著者: Ianiri, G. / Coelho, M.A. / Ruchti, F. / Sparber, F. / McMahon, T.J. / Fu, C. / Bolejack, M. / Donovan, O. / Smutney, H. / Myler, P. / Dietrich, F. / Fox 3rd, D. / LeibundGut-Landmann, S. / Heitman, J.
履歴
登録2019年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavohemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7644
ポリマ－46,2441
非ポリマー1,5203
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area17570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.010, 110.600, 39.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-746-

HOH

21A-920-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Flavohemoglobin


分子量: 46243.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Malassezia yamatoensis (菌類) / プラスミド: MayaA.00765.a.TH11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8H045*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 19.93 mg/mL MayaA.00765.a.TH11.PD38344, 1:1 with Morpheus(b12) (12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M ...詳細: 19.93 mg/mL MayaA.00765.a.TH11.PD38344, 1:1 with Morpheus(b12) (12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% MPD, 0.03 M sodium fluoride, 0.03 M sodium bromide, 0.03 M sodium iodide, 0.1 M bicine/Trizma base, pH 8.5), tray: 306177b12, puck: swh5-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→47.26 Å / Num. obs: 44250 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.509 % / Biso Wilson estimate: 26.385 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 1.084 / Net I/σ(I): 24.66 / Num. measured all: 795009 / Scaling rejects: 103
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.7-1.744.4050.5462.4626757614660740.8250.61898.8
1.74-1.795.7670.5083.2134992607060680.8940.56100
1.79-1.846.0370.4194.0635505588458810.9240.4699.9
1.84-1.96.3360.3155.6336143570457040.9540.344100
1.9-1.966.590.2617.0336340551655140.9680.284100
1.96-2.036.9290.2079.3737174536553650.980.224100
2.03-2.117.2970.16412.3637173509450940.9880.177100
2.11-2.198.7740.13517.2443644497449740.9940.143100
2.19-2.299.7490.11421.3146784479947990.9960.12100
2.29-2.410.190.09924.0546356454945490.9970.105100
2.4-2.5310.8640.08527.9946726430143010.9980.089100
2.53-2.6911.8890.07233.8348663409340930.9990.075100
2.69-2.8713.9230.06340.1553393383538350.9990.065100
2.87-3.115.2080.05248.5754702359735970.9990.054100
3.1-3.415.2810.04355.9850106327932790.9990.044100
3.4-3.815.3410.03566.54461153006300610.037100
3.8-4.3915.3690.03272.31400822608260810.034100
4.39-5.3815.4290.03275.73339892203220310.033100
5.38-7.615.380.03769.87265761728172810.038100
7.6-47.2614.7790.03879.981378993593310.0499.8

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→47.26 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1977 2028 4.59 %
Rwork0.1674 --
obs0.1688 44179 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 81.56 Å2 / Biso mean: 25.3577 Å2 / Biso min: 8.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2942 0 104 428 3474
Biso mean--18.3 34.22 -
残基数----383
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7001-1.74260.27051320.24042901303398
1.7426-1.78970.27241480.221129853133100
1.7897-1.84240.24031490.201329463095100
1.8424-1.90180.21241490.188329793128100
1.9018-1.96980.21191590.182229433102100
1.9698-2.04870.22021440.182129863130100
2.0487-2.14190.20441380.171329863124100
2.1419-2.25480.20321330.168530023135100
2.2548-2.39610.19841450.16630133158100
2.3961-2.58110.19671520.171430003152100
2.5811-2.84080.21071430.170230263169100
2.8408-3.25180.19461550.163630513206100
3.2518-4.09650.19381310.140730853216100
4.0965-47.27790.15481500.157132483398100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3766-0.8088-0.62212.25471.00071.02860.0904-0.04340.1385-0.01880.0126-0.2833-0.12940.143-0.08480.1316-0.0113-0.02590.13110.00790.183614.454-2.490431.9909
21.79640.14630.64180.73380.09061.30110.02130.13840.0298-0.0673-0.0322-0.0697-0.06390.12250.00610.09240.01590.01510.1024-0.00220.076431.4251-24.726123.1526
31.387-0.27620.53173.9552-0.86732.2914-0.2166-0.03870.26540.25050.11270.0087-0.4722-0.03020.10550.1861-0.0226-0.02360.1607-0.01960.187843.9165-16.460936.3399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 146 )A0 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 147 through 315 )A147 - 315
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 316 through 382 )A316 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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