PDB-6o09: Structure of AtPCNA in complex with the PIP motif of ATXR6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6o09

タイトル

Structure of AtPCNA in complex with the PIP motif of ATXR6

要素

Proliferating cellular nuclear antigen 1
Uncharacterized protein

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / histone / methylation / nucleosome / PCNA / PIP / DNA replication / atxr5 / atxr6

機能・相同性

機能・相同性情報

PCNA complex / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / transcription coregulator activity / histone binding / regulation of cell cycle / negative regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Couture, J.F. / Davarinejad, H.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: ATXR5/6 Forms Alternative Protein Complexes with PCNA and the Nucleosome Core Particle.
著者: Davarinejad, H. / Joshi, M. / Ait-Hamou, N. / Munro, K. / Couture, J.F.

履歴

登録	2019年2月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6o09.ent.gz	510.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6o09_validation.pdf.gz	524.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6o09_full_validation.pdf.gz	533.9 KB	表示
XML形式データ	6o09_validation.xml.gz	57.5 KB	表示
CIF形式データ	6o09_validation.cif.gz	81.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/6o09	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2zvvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6e49-d 3ggr-d 6j8y-d 6j0j-2 6k2m-2 3p91-1 6ap4-3 5fve-1 6j0j-1 4yhr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (9) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (8)

登録構造単位

C: Proliferating cellular nuclear antigen 1

I: Uncharacterized protein

A: Proliferating cellular nuclear antigen 1

B: Uncharacterized protein

D: Proliferating cellular nuclear antigen 1

E: Uncharacterized protein

F: Proliferating cellular nuclear antigen 1

G: Uncharacterized protein

H: Proliferating cellular nuclear antigen 1

J: Uncharacterized protein

K: Proliferating cellular nuclear antigen 1

L: Uncharacterized protein

222 kDa, 12 ポリマー
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1

C: Proliferating cellular nuclear antigen 1

I: Uncharacterized protein

D: Proliferating cellular nuclear antigen 1

E: Uncharacterized protein

H: Proliferating cellular nuclear antigen 1

J: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
111 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Proliferating cellular nuclear antigen 1

B: Uncharacterized protein

K: Proliferating cellular nuclear antigen 1

L: Uncharacterized protein

F: Proliferating cellular nuclear antigen 1

G: Uncharacterized protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.902, 90.549, 90.510
Angle α, β, γ (deg.)	60.05, 73.46, 73.59
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Proliferating cellular nuclear antigen 1 / PCNA 1 分子量: 34573.148 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PCNA, PCNA1, At1g07370, F22G5.29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9M7Q7
#2: タンパク質・ペプチド	Uncharacterized protein 分子量: 2424.814 Da / 分子数: 6 / Fragment: residues 77-96 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Glycine max (ダイズ) / 参照: UniProt: K7MRE7
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 402 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化	温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M sodium malonate 20% PEG3350 / Temp details: room temperature

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→29.652 Å / Num. obs: 219871 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 2.06→2.13 Å / Num. unique obs: 10607

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZVV

2zvv

解像度: 2.06→29.652 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.08 / 位相誤差: 26.97

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2343	2006	1.82 %
R_work	0.1965	-	-
obs	0.1972	110486	94.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→29.652 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11905	0	0	402	12307

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	12081
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.933	16386
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.291	7279
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	2024
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2057

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.1115	0.2925	136	0.2634	7429	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1115-2.1686	0.2953	136	0.2455	7462	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1686-2.2324	0.2896	141	0.2387	7572	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2324-2.3044	0.2979	137	0.2379	7666	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3044-2.3867	0.3005	145	0.239	7675	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3867-2.4822	0.3056	142	0.2365	7660	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4822-2.5952	0.2801	145	0.2384	7796	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5952-2.7319	0.281	148	0.2395	7769	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7319-2.9029	0.2982	144	0.2281	7890	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9029-3.1268	0.2794	146	0.2208	7848	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1268-3.4411	0.247	141	0.2015	7906	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4411-3.938	0.1961	150	0.1731	7913	X-RAY DIFFRACTION	96
3.938-4.9577	0.178	145	0.1469	7935	X-RAY DIFFRACTION	97
4.9577-29.6555	0.197	150	0.1817	7959	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2208	2.3666	-3.6749	2.603	-2.9985	4.2117	-0.0636	0.1245	0.5946	-0.2543	-0.1792	0.8224	-0.2702	-0.0019	0.1854	0.3904	0.0464	-0.0995	0.3394	-0.0168	0.5657	21.7391	-28.9111	-9.3086
2	4.4962	-3.1156	-4.5731	6.7848	4.0298	4.8289	-0.2557	-0.0484	0.2184	0.3802	-0.0261	0.3138	0.5664	0.3161	0.2721	0.3762	0.015	-0.0099	0.3591	0.0086	0.3398	19.8793	-50.9672	-11.3729
3	4.8361	-3.1814	-2.6564	6.2108	5.3229	6.1656	-0.1179	-0.0837	0.3151	-0.1391	0.0957	-0.0856	-0.3604	0.085	0.0453	0.3	0.004	-0.024	0.2732	0.0669	0.3208	21.8083	-41.8536	-18.0339
4	5.7931	-5.8569	-0.8514	6.0216	1.3365	2.3501	-0.4934	-0.5101	0.4191	0.0354	0.5972	0.6192	-0.5753	0.2572	-0.0827	0.4561	-0.0596	-0.051	0.3851	0.0186	0.6434	27.199	-34.6991	-14.0244
5	3.0094	-0.048	0.429	2.5976	0.5668	6.346	-0.0555	0.0575	0.1817	-0.1034	-0.0337	0.0806	-0.0074	0.02	0.0313	0.2798	0.0013	-0.0156	0.3374	0.0253	0.3279	24.5566	-41.8005	-4.1008
6	2.6001	1.4339	0.1968	2.1203	0.5349	2.2017	-0.0668	0.0866	0.1006	0.0173	0.1213	0.0707	-0.0273	-0.0584	-0.0565	0.2427	0.0241	-0.0167	0.24	0.0153	0.3133	13.9103	-60.1431	-28.385
7	6.5319	-4.2084	-0.9343	4.9901	1.0886	1.4297	-0.0515	-0.0725	0.1444	0.1912	0.0089	0.0004	0.2433	-0.0504	0.0521	0.2603	-0.0307	-0.0117	0.2815	0.0028	0.3089	6.3235	-67.7372	-28.6404
8	2.8229	1.1056	0.3792	3.0651	1.8385	3.549	0.0775	0.2315	0.0561	-0.199	-0.0216	0.1643	-0.1558	-0.0818	-0.0747	0.2412	0.0309	0.005	0.2598	0.0446	0.253	14.6144	-56.0242	-27.1612
9	4.9025	-0.4329	0.3684	2.62	-4.2183	6.8234	-0.246	1.3286	-1.1392	-0.2401	0.3229	-0.4505	0.9087	0.4539	-0.0946	0.3006	0.0301	0.0348	0.4554	-0.1735	0.5418	29.588	-62.7793	-34.4926
10	7.264	-0.3375	-0.0629	6.6089	-1.2994	5.5314	-0.2025	0.627	0.9725	-0.7342	0.0424	-0.6168	-0.3283	1.4328	0.139	0.4604	-0.1255	0.1003	0.5664	0.1443	0.3564	28.1971	-49.0651	-34.1974
11	5.2159	3.8933	5.6499	3.5958	4.412	6.1726	-0.4097	0.2703	0.0287	0.4867	-0.0054	-0.3562	-0.5858	0.3438	0.4002	0.5679	-0.0278	0.0279	0.5939	-0.0603	0.3744	-15.3581	-42.012	-24.7183
12	2.5634	-0.5142	0.9484	5.9201	1.5288	3.7924	-0.0901	0.0181	-0.0903	0.2668	0.2549	-0.0095	0.0981	-0.0001	-0.0918	0.2807	-0.0418	0.0476	0.3071	0.005	0.2991	-7.26	-31.8011	-2.6844
13	5.6596	-3.912	-3.504	3.5449	2.2017	3.4668	0.1254	0.5122	0.193	-0.3436	-0.154	-0.4933	0.0444	-0.188	0.087	0.3237	-0.0084	0.0356	0.3846	0.0002	0.2995	-7.109	-27.4059	-10.1006
14	4.852	-0.0496	-1.0137	7.1293	-0.9734	4.8933	-0.1327	0.1419	-0.0306	-0.1584	0.1565	0.0621	-0.1412	-0.2989	-0.0316	0.3034	-0.0576	0.0155	0.2943	-0.0064	0.3181	-11.4818	-37.9072	-4.0893
15	3.6678	-0.1305	0.2566	9.1413	-2.1771	3.6518	0.3193	-0.0229	-0.4426	-0.5907	-0.1805	0.2827	0.5835	-0.0061	-0.2362	0.3657	-0.0299	0.0278	0.4002	0.0043	0.2844	-11.3406	-41.7549	-2.7028
16	1.7656	0.4776	0.7957	3.0177	0.5119	1.2144	-0.0358	0.1075	0.1102	-0.0306	0.0476	-0.0159	0.0977	0.1967	-0.0017	0.2485	-0.0074	0.0292	0.3458	-0.0154	0.2629	-0.6887	-9.6304	2.4972
17	2.9231	0.0723	-1.2869	2.4242	1.2023	2.2413	-0.0982	0.0242	0.0668	0.096	0.188	-0.1134	0.0151	0.0522	-0.1071	0.2738	-0.0359	-0.0188	0.3367	-0.0075	0.335	7.778	-6.5878	6.7738
18	3.1651	0.8235	0.7712	4.9591	0.5964	1.9865	0.0407	0.08	0.2114	-0.1612	0.0076	0.1161	-0.1414	0.0649	-0.0286	0.197	0.0255	0.0207	0.2589	0.0249	0.2033	-3.4377	-13.1766	-0.4298
19	0.6885	-0.6404	-0.6583	2.7745	2.768	2.7577	-0.069	0.4292	0.5841	0.1309	0.1184	-0.3119	-0.673	0.2168	-0.1419	0.5364	-0.1851	-0.1007	0.4348	0.0212	0.6153	-14.1113	-27.9133	-45.2508
20	2.8531	0.8324	-2.8555	3.3266	-1.402	5.6793	-0.0629	0.1193	0.0373	-0.0526	0.0154	0.1013	-0.1643	-0.0774	0.0715	0.2048	0.0054	-0.0177	0.2538	0.0023	0.2364	-22.1158	-47.3135	-39.5544
21	2.3692	0.6357	-2.4088	5.4985	-1.7143	4.1846	-0.0386	-0.1126	0.3737	0.1338	-0.3961	-0.1471	-0.9454	0.6004	0.3759	0.4394	-0.0775	-0.0508	0.4475	-0.0002	0.3868	-12.8913	-39.3915	-42.4271
22	5.6689	1.0705	-0.21	2.7656	-1.2183	4.7497	0.0391	0.046	-0.1056	0.0063	-0.1716	-0.0496	-0.1557	0.1829	0.101	0.3311	-0.0134	-0.0059	0.3122	-0.023	0.2641	-21.8299	-42.9685	-51.0161
23	4.7012	-2.2218	-1.1162	4.729	0.4337	7.5032	0.1126	0.2246	0.078	0.0536	-0.16	-0.4527	0.0982	0.1202	-0.022	0.3084	-0.0326	-0.0217	0.2395	-0.0189	0.3314	-20.8483	-41.9322	-53.6265
24	1.351	0.5673	-0.3739	2.9115	-0.2022	1.7192	-0.1278	-0.1506	-0.166	0.0118	0.0194	-0.0213	0.1225	0.0018	0.1219	0.2613	0.0349	-0.0244	0.2671	0.0143	0.3239	-22.7996	-67.0407	-27.1748
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain H and resid 125:139)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain H and resid 140:169)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain H and resid 170:194)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain H and resid 195:256)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain I and resid 78:83)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain I and resid 84:91)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	(chain J and resid 78:83)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	(chain J and resid 84:91)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	(chain K and resid -4:5)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	(chain K and resid 6:24)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	(chain K and resid 25:50)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	(chain K and resid 51:70)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	(chain K and resid 71:101)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	(chain K and resid 102:124)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	(chain K and resid 125:140)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	(chain K and resid 141:256)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	(chain L and resid 78:83)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	(chain L and resid 84:90)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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