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- PDB-6nzn: Dimer-of-dimer amyloid fibril structure of glucagon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nzn
タイトルDimer-of-dimer amyloid fibril structure of glucagon
要素Glucagon
キーワードHORMONE / PROTEIN FIBRIL / amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon receptor binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A signaling / regulation of insulin secretion ...glucagon receptor binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A signaling / regulation of insulin secretion / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / gluconeogenesis / response to activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / glucose homeostasis / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / secretory granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor ligand activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Gelenter, M.D. / Smith, K.J. / Liao, S.Y. / Mandala, V.S. / Dregni, A.J. / Lamm, M.S. / Tian, Y. / Wei, X. / Pochan, D.J. / Tucker, T.J. ...Gelenter, M.D. / Smith, K.J. / Liao, S.Y. / Mandala, V.S. / Dregni, A.J. / Lamm, M.S. / Tian, Y. / Wei, X. / Pochan, D.J. / Tucker, T.J. / Su, Y. / Hong, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1F31AI133989 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: The peptide hormone glucagon forms amyloid fibrils with two coexisting beta-strand conformations.
著者: Gelenter, M.D. / Smith, K.J. / Liao, S.Y. / Mandala, V.S. / Dregni, A.J. / Lamm, M.S. / Tian, Y. / Xu, W. / Pochan, D.J. / Tucker, T.J. / Su, Y. / Hong, M.
履歴
登録2019年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation_author.name
改定 1.22019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Advisory / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_remark.text / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon
B: Glucagon
C: Glucagon
D: Glucagon
E: Glucagon
F: Glucagon
G: Glucagon
H: Glucagon
I: Glucagon
J: Glucagon
K: Glucagon
L: Glucagon
M: Glucagon
N: Glucagon
O: Glucagon
P: Glucagon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,78816
ポリマ－55,78816
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area44590 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area22610 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 700target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Glucagon


分子量: 3486.781 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01275

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実験情報

-
実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 13C-13C CORD
1101isotropic12D 15N-13C NCA
122isotropic22D 13C-13C CORD
1112isotropic12D 13C-13C CORD
162isotropic12D 15N-13C NCCX
174isotropic13D 15N-13C-13C NCCX
1134isotropic12D 13C-13C CORD
1144isotropic22D-13C-13C CORD
183isotropic33D 15N-13C-13C NCACX
193isotropic33D 15N-13C-13C NCOCX
1153isotropic12D 13C-13C CORD
1163isotropic22D 13C-13C PDSD
132isotropic22D 15N-13C PERSPIRATION-CP
142isotropic22D 13C-13C PAR
152isotropic12D CHHC
1124isotropic12D CHHC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
fibrous protein10.1 mg/uL {U-13C; U-15N]-G4,S8,L14,A19,V23 Glucagon, water1water
fibrous protein20.1 mg/uL {U-13C; U-15N]-S2,Q3,G4,T5,Q24,W25,L26,M27,N28 Glucagon, water7cwater
fibrous protein30.1 mg/uL {U-13C; U-15N]-T5,F6,T7,S8,D9,Y10,S11,A19,Q20,D21,F22,V23,Q24 Glucagon, water8cwater
fibrous protein40.1 mg/uL {U-13C; U-15N]-S11,K12,Y13,L14,D15,S16,R17,R18,A19 Glucagon, water9cwater
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 mg/uLGlucagon{U-13C; U-15N]-G4,S8,L14,A19,V231
0.1 mg/uLGlucagon{U-13C; U-15N]-S2,Q3,G4,T5,Q24,W25,L26,M27,N282
0.1 mg/uLGlucagon{U-13C; U-15N]-T5,F6,T7,S8,D9,Y10,S11,A19,Q20,D21,F22,V23,Q243
0.1 mg/uLGlucagon{U-13C; U-15N]-S11,K12,Y13,L14,D15,S16,R17,R18,A194
試料状態イオン強度: 0.01 M / Ionic strength err: 0.002 / Label: 1 / pH: 2 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 293 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
SparkyNMRFAM-SPARKY 1.412Goddardchemical shift assignment
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
SparkyNMRFAM-SPARKY 1.412Goddardpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 700 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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