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- PDB-6nyi: Crystal structure of computationally designed protein XXA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nyi
タイトルCrystal structure of computationally designed protein XXA
要素Design construct XXA
キーワードDE NOVO PROTEIN / homotrimer / helix
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wei, K.Y. / Bick, M.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124169 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM124149 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Computational design of closely related proteins that adopt two well-defined but structurally divergent folds.
著者: Wei, K.Y. / Moschidi, D. / Bick, M.J. / Nerli, S. / McShan, A.C. / Carter, L.P. / Huang, P.S. / Fletcher, D.A. / Sgourakis, N.G. / Boyken, S.E. / Baker, D.
履歴
登録2019年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Design construct XXA
B: Design construct XXA
C: Design construct XXA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2333
ポリマ－33,2333
非ポリマー00
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8580 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.403, 51.213, 48.838
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Design construct XXA


分子量: 11077.787 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16 M magnesium acetate, 0.08 M sodium cacodylate pH 6.5, 20% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1111 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1111 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→63.181 Å / Num. obs: 16412 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 2.228 / Num. unique obs: 1457 / CC1/2: 0.526 / Rpim(I) all: 0.973 / Rrim(I) all: 2.439 / % possible all: 88.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3026精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→63.181 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 1312 10.13 %
Rwork0.2588 --
obs0.2611 12952 92.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.53 Å2 / Biso mean: 56.5233 Å2 / Biso min: 31.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→63.181 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2077 0 0 30 2107
Biso mean---49.08 -
残基数----286
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3001-2.39210.4411250.4291139126482
2.3921-2.5010.44781370.3521211134887
2.501-2.63290.33151380.32511239137788
2.6329-2.79780.33971480.30691238138690
2.7978-3.01390.28811440.2731303144792
3.0139-3.31710.29471510.26981335148696
3.3171-3.79710.25681510.23671358150997
3.7971-4.78370.22041570.19531398155598
4.7837-63.20460.26111610.24121419158098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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