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万見
- PDB-6nyc: Munc13-1 C2B-domain, calcium free -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nyc
タイトルMunc13-1 C2B-domain, calcium free
要素Munc13-1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dense core granule priming / neuronal dense core vesicle exocytosis / diacylglycerol binding / synaptic vesicle maturation / positive regulation of synaptic plasticity / synaptic vesicle docking / regulation of synaptic vesicle priming / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity ...dense core granule priming / neuronal dense core vesicle exocytosis / diacylglycerol binding / synaptic vesicle maturation / positive regulation of synaptic plasticity / synaptic vesicle docking / regulation of synaptic vesicle priming / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / neurotransmitter secretion / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / innervation / syntaxin binding / presynaptic active zone / syntaxin-1 binding / Golgi-associated vesicle / positive regulation of neurotransmitter secretion / spectrin binding / synaptic vesicle priming / neuromuscular junction development / synaptic vesicle exocytosis / excitatory synapse / amyloid-beta metabolic process / calyx of Held / synaptic membrane / SNARE binding / synaptic transmission, glutamatergic / neuromuscular junction / phospholipid binding / long-term synaptic potentiation / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / presynapse / presynaptic membrane / cell differentiation / calmodulin binding / axon / protein domain specific binding / synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mammalian uncoordinated homology 13, domain 2 / Protein Unc-13 / Protein Unc-13, C2B domain / Munc13-homology domain 2 (MHD2) profile. / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / Domain of Unknown Function (DUF1041) / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) ...Mammalian uncoordinated homology 13, domain 2 / Protein Unc-13 / Protein Unc-13, C2B domain / Munc13-homology domain 2 (MHD2) profile. / MUN domain / Munc13 homology 1 / MUN domain / Munc13-homology domain 1 (MHD1) profile. / Domain of Unknown Function (DUF1041) / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / C2 domain / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein unc-13 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.893 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Machius, M. / Lu, J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS40944 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS051262 米国
引用
ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2010
タイトル: Munc13 C2B domain is an activity-dependent Ca2+ regulator of synaptic exocytosis.
著者: Shin, O.H. / Lu, J. / Rhee, J.S. / Tomchick, D.R. / Pang, Z.P. / Wojcik, S.M. / Camacho-Perez, M. / Brose, N. / Machius, M. / Rizo, J. / Rosenmund, C. / Sudhof, T.C.
#1: ジャーナル: Cell / 年: 2004
タイトル: Calmodulin and Munc13 form a Ca2+ sensor/effector complex that controls short-term synaptic plasticity.
著者: Junge, H.J. / Rhee, J.S. / Jahn, O. / Varoqueaux, F. / Speiss, J. / Waxham, M.N. / Rosenmund, C. / Brose, N.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Munc-13 is essential for fusion competence of glutamatergic synaptic vesicles.
著者: Augustin, I. / Rosenmund, C. / Sudhof, T.C. / Brose, N.
#3: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 1995
タイトル: Mammalian homologues of C. elegans unc-13 gene define novel family of C2-domain proteins.
著者: Brose, N. / Hofmann, K. / Hata, Y. / Sudhof, T.C.
履歴
登録2019年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年2月20日ID: 3KWT
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Munc13-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2904
ポリマ－16,9371
非ポリマー3533
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.572, 101.141, 68.038
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Munc13-1 / Protein unc-13 homolog A


分子量: 16937.131 Da / 分子数: 1 / 断片: C2B domain, residues 675-820 / 変異: L756W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Unc13a, Unc13h1 / プラスミド: pGEX-KT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q62768
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.11 % / Mosaicity: 0.635 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 30% PEG-MME 2000, 0.1 M bis-tris propane pH 6.8, 0.1 M NaCl, 0.5 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98066 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月23日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98066 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.893→50 Å / Num. obs: 10420 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 1.07 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.933.30.3792790.993147.5
1.93-1.974.10.2943291.041155
1.97-2.014.40.2933461.001160.2
2.01-2.054.90.2284010.943166.4
2.05-2.095.50.2253861.086167.4
2.09-2.145.70.2034531.021174.8
2.14-2.196.10.1844661.068179.5
2.19-2.256.20.1735161.099187.3
2.25-2.326.60.1565491.059192.6
2.32-2.397.10.1425871.092197.7
2.39-2.487.80.1496011.1199.8
2.48-2.588.30.1355901.0921100
2.58-2.78.50.1075991.0891100
2.7-2.848.60.0856111.0991100
2.84-3.028.70.0635991.0761100
3.02-3.258.60.056121.0731100
3.25-3.588.50.046001.075199.8
3.58-4.098.50.0426111.0271100
4.09-5.1680.0376271.066199.8
5.16-26.437.90.0376581.072197.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RSY

1rsy


解像度: 1.893→26.43 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 500 4.81 %
Rwork0.2091 --
obs0.211 10400 86.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.26 Å2 / Biso mean: 52.568 Å2 / Biso min: 20.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.893→26.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数942 0 47 20 1009
Biso mean--57.54 38.23 -
残基数----117
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8935-2.08390.2836810.22411649173059
2.0839-2.38530.26781260.21742434256086
2.3853-3.00460.28011320.25328662998100
3.0046-26.43230.23281610.192529513112100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3239-0.3539-0.27230.78140.62920.69370.0841-0.37060.19730.22160.02070.4442-0.2007-0.2616-0.00080.2920.0462-0.01680.2630.00440.345914.308943.436432.7927
20.62670.3684-0.50091.48050.73491.1664-0.05030.0472-0.2591-0.0950.1118-0.3680.08990.04990.00170.2263-0.0219-0.01790.2498-0.05440.25520.257133.487330.8271
32.025-0.29470.19841.7791-0.60951.0010.04650.2189-0.6933-0.27330.0730.39340.3472-0.45160.06280.2529-0.0215-0.01410.3287-0.0960.240215.06431.17127.8389
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 780 through 819 )A780 - 819
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 687 through 737 )A687 - 737
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 738 through 779 )A738 - 779

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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