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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nxl | ||||||
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タイトル | Ubiquitin binding variants | ||||||
要素 | Polyubiquitin-B | ||||||
キーワード | LIGASE / APC / Ubv / Ubiquitin / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Polyubiquitin-B 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å | ||||||
データ登録者 | Miller, D.J. / Watson, E.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Protein engineering of a ubiquitin-variant inhibitor of APC/C identifies a cryptic K48 ubiquitin chain binding site. 著者: Edmond R Watson / Christy R R Grace / Wei Zhang / Darcie J Miller / Iain F Davidson / J Rajan Prabu / Shanshan Yu / Derek L Bolhuis / Elizaveta T Kulko / Ronnald Vollrath / David Haselbach / ...著者: Edmond R Watson / Christy R R Grace / Wei Zhang / Darcie J Miller / Iain F Davidson / J Rajan Prabu / Shanshan Yu / Derek L Bolhuis / Elizaveta T Kulko / Ronnald Vollrath / David Haselbach / Holger Stark / Jan-Michael Peters / Nicholas G Brown / Sachdev S Sidhu / Brenda A Schulman / 要旨: Ubiquitin (Ub)-mediated proteolysis is a fundamental mechanism used by eukaryotic cells to maintain homeostasis and protein quality, and to control timing in biological processes. Two essential ...Ubiquitin (Ub)-mediated proteolysis is a fundamental mechanism used by eukaryotic cells to maintain homeostasis and protein quality, and to control timing in biological processes. Two essential aspects of Ub regulation are conjugation through E1-E2-E3 enzymatic cascades and recognition by Ub-binding domains. An emerging theme in the Ub field is that these 2 properties are often amalgamated in conjugation enzymes. In addition to covalent thioester linkage to Ub's C terminus for Ub transfer reactions, conjugation enzymes often bind noncovalently and weakly to Ub at "exosites." However, identification of such sites is typically empirical and particularly challenging in large molecular machines. Here, studying the 1.2-MDa E3 ligase anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C), which controls cell division and many aspects of neurobiology, we discover a method for identifying unexpected Ub-binding sites. Using a panel of Ub variants (UbVs), we identify a protein-based inhibitor that blocks Ub ligation to APC/C substrates in vitro and ex vivo. Biochemistry, NMR, and cryo-electron microscopy (cryo-EM) structurally define the UbV interaction, explain its inhibitory activity through binding the surface on the APC2 subunit that recruits the E2 enzyme UBE2C, and ultimately reveal that this APC2 surface is also a Ub-binding exosite with preference for K48-linked chains. The results provide a tool for probing APC/C activity, have implications for the coordination of K48-linked Ub chain binding by APC/C with the multistep process of substrate polyubiquitylation, and demonstrate the power of UbV technology for identifying cryptic Ub-binding sites within large multiprotein complexes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nxl.cif.gz | 123 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6nxl.ent.gz | 95.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nxl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nxl_validation.pdf.gz | 467.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6nxl_full_validation.pdf.gz | 470.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6nxl_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nxl_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/6nxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/6nxl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8896.072 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB 発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他) 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: B4DV12 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 0.02 M Calcium Chloride, 30% MPD, 0.1M Potassium Sodium Tartrate Tetrahydrate and 56mg/mL protein co-sized Ubv and APC2 WHB (735-C) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 15140 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.084 / Net I/av σ(I): 14.8 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 529 / CC1/2: 0.935 / Rpim(I) all: 0.169 / Rrim(I) all: 0.293 / Rsym value: 0.237 / % possible all: 67 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4S1Z 解像度: 2.803→29.596 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.803→29.596 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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