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万見
- PDB-6nxl: Ubiquitin binding variants -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nxl
タイトルUbiquitin binding variants
要素Polyubiquitin-B
キーワードLIGASE / APC / Ubv / Ubiquitin / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.803 Å
データ登録者Miller, D.J. / Watson, E.R.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Protein engineering of a ubiquitin-variant inhibitor of APC/C identifies a cryptic K48 ubiquitin chain binding site.
著者: Edmond R Watson / Christy R R Grace / Wei Zhang / Darcie J Miller / Iain F Davidson / J Rajan Prabu / Shanshan Yu / Derek L Bolhuis / Elizaveta T Kulko / Ronnald Vollrath / David Haselbach / ...著者: Edmond R Watson / Christy R R Grace / Wei Zhang / Darcie J Miller / Iain F Davidson / J Rajan Prabu / Shanshan Yu / Derek L Bolhuis / Elizaveta T Kulko / Ronnald Vollrath / David Haselbach / Holger Stark / Jan-Michael Peters / Nicholas G Brown / Sachdev S Sidhu / Brenda A Schulman /
要旨: Ubiquitin (Ub)-mediated proteolysis is a fundamental mechanism used by eukaryotic cells to maintain homeostasis and protein quality, and to control timing in biological processes. Two essential ...Ubiquitin (Ub)-mediated proteolysis is a fundamental mechanism used by eukaryotic cells to maintain homeostasis and protein quality, and to control timing in biological processes. Two essential aspects of Ub regulation are conjugation through E1-E2-E3 enzymatic cascades and recognition by Ub-binding domains. An emerging theme in the Ub field is that these 2 properties are often amalgamated in conjugation enzymes. In addition to covalent thioester linkage to Ub's C terminus for Ub transfer reactions, conjugation enzymes often bind noncovalently and weakly to Ub at "exosites." However, identification of such sites is typically empirical and particularly challenging in large molecular machines. Here, studying the 1.2-MDa E3 ligase anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C), which controls cell division and many aspects of neurobiology, we discover a method for identifying unexpected Ub-binding sites. Using a panel of Ub variants (UbVs), we identify a protein-based inhibitor that blocks Ub ligation to APC/C substrates in vitro and ex vivo. Biochemistry, NMR, and cryo-electron microscopy (cryo-EM) structurally define the UbV interaction, explain its inhibitory activity through binding the surface on the APC2 subunit that recruits the E2 enzyme UBE2C, and ultimately reveal that this APC2 surface is also a Ub-binding exosite with preference for K48-linked chains. The results provide a tool for probing APC/C activity, have implications for the coordination of K48-linked Ub chain binding by APC/C with the multistep process of substrate polyubiquitylation, and demonstrate the power of UbV technology for identifying cryptic Ub-binding sites within large multiprotein complexes.
履歴
登録2019年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyubiquitin-B
B: Polyubiquitin-B
C: Polyubiquitin-B
D: Polyubiquitin-B
E: Polyubiquitin-B
F: Polyubiquitin-B
G: Polyubiquitin-B
H: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1698
ポリマ－71,1698
非ポリマー00
水00
1
A: Polyubiquitin-B
E: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7922
ポリマ－17,7922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
2
B: Polyubiquitin-B
F: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7922
ポリマ－17,7922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8320 Å2
手法PISA
3
C: Polyubiquitin-B
D: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7922
ポリマ－17,7922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8400 Å2
手法PISA
4
G: Polyubiquitin-B
H: Polyubiquitin-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7922
ポリマ－17,7922
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.359, 62.359, 168.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Polyubiquitin-B


分子量: 8896.072 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: B4DV12

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Sodium Acetate pH 4.6, 0.02 M Calcium Chloride, 30% MPD, 0.1M Potassium Sodium Tartrate Tetrahydrate and 56mg/mL protein co-sized Ubv and APC2 WHB (735-C)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 15140 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.084 / Net I/av σ(I): 14.8 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.237 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 529 / CC1/2: 0.935 / Rpim(I) all: 0.169 / Rrim(I) all: 0.293 / Rsym value: 0.237 / % possible all: 67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S1Z

4s1z


解像度: 2.803→29.596 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 777 5.15 %
Rwork0.2134 --
obs0.216 15083 95.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.803→29.596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4490 0 0 0 4490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0836186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5422788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061775
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009785
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8031-2.97850.38321330.30861933X-RAY DIFFRACTION79
2.9785-3.20830.33531330.27542381X-RAY DIFFRACTION97
3.2083-3.53060.34431230.25752502X-RAY DIFFRACTION100
3.5306-4.04040.30271490.21092457X-RAY DIFFRACTION100
4.0404-5.08630.17061040.1782515X-RAY DIFFRACTION100
5.0863-29.59760.23471350.19362518X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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