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- PDB-6nvw: Crystal structure of penicillin G acylase from Bacillus megaterium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nvw
タイトルCrystal structure of penicillin G acylase from Bacillus megaterium
要素(Penicillin G acylase) x 2
キーワードHYDROLASE / penicillin / acylase
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin amidase / penicillin amidase activity / antibiotic biosynthetic process / response to antibiotic / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Penicillin G acylase, C-terminal / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain ...Penicillin G acylase, C-terminal / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin G acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.203 Å
データ登録者Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP1934 ドイツ
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures and protein engineering of three different penicillin G acylases from Gram-positive bacteria with different thermostability.
著者: Mayer, J. / Pippel, J. / Gunther, G. / Muller, C. / Lauermann, A. / Knuuti, T. / Blankenfeldt, W. / Jahn, D. / Biedendieck, R.
履歴
登録2019年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年11月20日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.32024年5月15日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin G acylase
B: Penicillin G acylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0094
ポリマ－85,9282
非ポリマー802
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11800 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area27970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.238, 77.961, 84.086
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Penicillin G acylase / Penicillin G amidase / Penicillin G amidohydrolase


分子量: 24452.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: pac, pga / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア) / 参照: UniProt: Q60136, penicillin amidase
#2: タンパク質 Penicillin G acylase / Penicillin G amidase / Penicillin G amidohydrolase


分子量: 61475.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
遺伝子: pac, pga / 発現宿主: Bacillus megaterium (バクテリア) / 参照: UniProt: Q60136, penicillin amidase
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 309 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM MgCl2, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.032 Å / Num. obs: 25584 / % possible obs: 68.4 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.2→2.38 Å

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIXdev_3386精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.203→46.032 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2747 1210 4.79 %
Rwork0.2146 --
obs0.2175 25271 67.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137.03 Å2 / Biso mean: 42.0979 Å2 / Biso min: 4.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.203→46.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5791 0 2 256 6049
Biso mean--40.08 23.63 -
残基数----719
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2034-2.29160.854590.40021531624
2.2916-2.39590.312640.28681218128231
2.3959-2.52220.37291060.29211928203449
2.5222-2.68020.29141350.28162526266164
2.6802-2.88710.34931680.27023037320577
2.8871-3.17760.32351780.25333510368889
3.1776-3.63720.26191690.22313775394495
3.6372-4.58190.26891800.18373869404997
4.5819-46.04170.20332010.161640454246100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.38472.27640.76963.71221.49373.4562-0.2773-0.22090.4076-0.2272-0.2389-0.193-0.58580.46360.30080.2934-0.0126-0.10340.26890.03710.42229.880324.4189-34.8126
21.0871-0.319-0.75770.946-0.36051.4487-0.26710.02640.1681-0.0847-0.03440.02520.0603-0.09050.0327-0.0438-0.0393-0.25590.1072-0.05640.2802-10.026223.1509-22.4397
33.74340.8359-0.4860.97070.6631.6770.0631-0.3716-0.01420.0396-0.05580.0045-0.120.629-0.00590.4257-0.0121-0.16820.2866-0.00970.2775-2.922826.9541-7.4878
42.70580.3750.24682.8680.01462.3076-0.2733-0.15780.77090.1261-0.1462-0.1599-0.48320.34970.29790.1812-0.1155-0.20930.17930.00130.40031.730531.4719-24.3822
57.291-3.84172.50834.4086-0.3354.95340.23570.70430.1947-0.1571-0.1457-0.03610.07960.30270.1480.3130.0408-0.19870.1111-0.00510.3962-14.021629.0335-37.0525
61.2101-1.60170.36143.3603-1.01060.8953-0.1075-0.11290.24560.24-0.02890.3431-0.1192-0.1770.02670.23910.0491-0.09050.14420.0360.531-13.164230.4368-26.1474
71.05251.3017-0.89252.7559-1.46070.95330.0422-0.0496-0.1263-0.19390.03770.34810.03130.01770.02070.1610.0061-0.09840.1268-0.12940.2236-6.815716.3816-14.1001
81.55070.18690.13161.44370.32240.259-0.1162-0.30360.03030.52160.01130.3888-0.1315-0.3437-0.04270.26050.0032-0.02730.23730.02670.2458-20.0505-8.1180.524
92.0279-1.1332-1.67086.00670.2046.2549-0.4905-0.3893-0.3663-0.3875-0.33970.15390.35710.34170.37370.10610.0523-0.05150.19020.03210.20530.6153-10.3104-7.3094
100.5116-0.1333-0.3020.67330.1550.9727-0.0705-0.10110.08920.1068-0.0391-0.1543-0.14950.03360.08720.1501-0.0193-0.14470.1632-0.0190.2835-3.514213.3096-11.6238
110.33730.036-0.15890.84760.08330.4239-0.0217-0.01-0.02150.0376-0.0593-0.12050.11710.11470.06920.1870.0464-0.10960.16680.05150.2973-1.4977-9.439-17.289
121.5793-1.2283-0.50511.57461.35251.7206-0.0708-0.1477-0.34060.096-0.08090.22620.1156-0.28150.13320.3108-0.0523-0.10590.11270.01760.2918-17.0646-17.1919-13.3434
130.9830.4885-0.06991.55190.09760.34680.2335-0.0958-0.00320.0332-0.20760.11150.11890.06790.02380.2005-0.0193-0.06210.05650.01520.2265-13.4687-7.993-30.2365
140.9192-0.19820.15771.46330.37581.0143-0.03180.24230.2418-0.5845-0.0091-0.2827-0.11220.16760.03420.2359-0.0385-0.02050.11620.06520.2641.768111.4008-38.7143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 24 )A3 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 72 )A25 - 72
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 73 through 88 )A73 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 89 through 111 )A89 - 111
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 112 through 123 )A112 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 124 through 132 )A124 - 132
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 133 through 151 )A133 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 152 through 179 )A152 - 179
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 180 through 194 )A180 - 194
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 187 )B1 - 187
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 188 through 345 )B188 - 345
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 346 through 404 )B346 - 404
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 405 through 473 )B405 - 473
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 474 through 527 )B474 - 527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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