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万見
- PDB-6nug: hGRNA4-28_3s -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nug
タイトルhGRNA4-28_3s
要素Granulin-4
キーワードCYTOKINE / Wound healing agent
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of aspartic-type peptidase activity / positive regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of protein folding / microglial cell activation involved in immune response / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of microglial cell activation / positive regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / negative regulation of neutrophil activation / astrocyte activation involved in immune response ...positive regulation of aspartic-type peptidase activity / positive regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of protein folding / microglial cell activation involved in immune response / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of microglial cell activation / positive regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / negative regulation of neutrophil activation / astrocyte activation involved in immune response / lysosomal transport / lysosome organization / positive regulation of axon regeneration / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of epithelial cell proliferation / cytokine activity / growth factor activity / trans-Golgi network / positive regulation of angiogenesis / azurophil granule lumen / positive regulation of neuron apoptotic process / late endosome / protein-folding chaperone binding / regulation of inflammatory response / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / endosome / protein stabilization / positive regulation of cell migration / lysosomal membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Granulins signature. / Granulin family / Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Dastpeyman, M. / Bansal, P. / Wilson, D. / Loukas, A. / Smout, M. / Daly, N.
資金援助 オーストラリア, 米国, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)110100226 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1117504 オーストラリア
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA164719 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: hGRN4-28_3s
著者: Dastpeyman, M. / Bansal, P. / Wilson, D. / Sotillo, J. / Brindley, P. / Loukas, A. / Smout, M. / Daly, N.
履歴
登録2019年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granulin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5891
ポリマ－2,5891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2410 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Granulin-4 / Proepithelin / PEPI


分子量: 2588.959 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 284-307 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28799
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic12D 1H-1H TOCSY
121anisotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 0.5 mM hGRNA4-28_3s, 90% H2O/10% D2O / Label: 1H_Sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: hGRNA4-28_3s / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態Ionic strength units: Not defined / Label: Condition_1 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 290 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.5PL6Bruker Biospincollection
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CcpNMRCCPNchemical shift assignment
CcpNMRCCPNデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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