PDB-2jyp: Coordinates for lowest energy structure of Aragonite protein-7, C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2jyp

タイトル

Coordinates for lowest energy structure of Aragonite protein-7, C-terminal domain

要素

Aragonite protein AP7

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Protein C-terminal fragment

機能・相同性

shell calcification / protein homooligomerization / calcium ion binding / protein-containing complex / zinc ion binding / metal ion binding / Aragonite protein AP7

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics

Model details

36 AA C-terminal domain, AP7

Model type details

minimized average

データ登録者

Collino, S. / Kim, I. / Evans, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Identification and Structural Characterization of an Unusual RING-Like Sequence within an Extracellular Biomineralization Protein, AP7.
著者: Collino, S. / Kim, I.W. / Evans, J.S.

履歴

登録	2007年12月16日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2jyp.cif.gz	20.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2jyp.ent.gz	12.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2jyp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/2jyp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/2jyp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2dco-d 2m9f-d 6b9w-d 1a0m-d 2fd7-d 1ccm-d 1zig-d 1ccn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aragonite protein AP7

4.36 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 1000	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	Aragonite protein AP7 分子量: 4364.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: Q9BP37
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細

内容: 450 uM AP7C, 50 uM DTT, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
450 uM	AP7C	1
50 uM	DTT	1

試料状態

pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, F. et al.	chemical shift assignment
NMRPipe	Delaglio, F. et al.	解析
NMRPipe	Delaglio, F. et al.	データ解析

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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