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万見
- PDB-6r96: The solution NMR structure of cis-dicarba-brevinin-1BYa in sodium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r96
タイトルThe solution NMR structure of cis-dicarba-brevinin-1BYa in sodium dodecyl sulphate micelles
要素Brevinin-1BYa
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / cationic / rana-box / antimicrobial peptide
機能・相同性Frog antimicrobial peptide, brevinin-1 type / Frog antimicrobial peptide / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Brevinin-1BYa
機能・相同性情報
生物種Rana boylii (カエル)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Timmons, P.B. / O'Flynn, D.P. / Conlon, J.M. / Hewage, C.M.
引用
ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2019
タイトル: Insights into conformation and membrane interactions of the acyclic and dicarba-bridged brevinin-1BYa antimicrobial peptides.
著者: Timmons, P.B. / O'Flynn, D. / Conlon, J.M. / Hewage, C.M.
#1: ジャーナル: J. Pept. Res. / 年: 2003
タイトル: Isolation of peptides of the brevinin-1 family with potent candidacidal activity from the skin secretions of the frog Rana boylii.
著者: Conlon, J.M. / Sonnevend, A. / Patel, M. / Davidson, C. / Nielsen, P.F. / Pal, T. / Rollins-Smith, L.A.
#2: ジャーナル: Eur. Biophys. J. / 年: 2011
タイトル: Synthesis, conformational analysis and biological properties of a dicarba derivative of the antimicrobial peptide, brevinin-1BYa.
著者: Hossain, M.A. / Guilhaudis, L. / Sonnevend, A. / Attoub, S. / van Lierop, B.J. / Robinson, A.J. / Wade, J.D. / Conlon, J.M.
履歴
登録2019年4月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Brevinin-1BYa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,5771
ポリマ－2,5771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2350 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Brevinin-1BYa


分子量: 2577.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: AGL = allylglycine An intramolecular vinylic bond exists between the residues AGL-18 and AGL-24.
由来: (合成) Rana boylii (カエル) / 参照: UniProt: P84111
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 1.5 mM NA- dicarba-brevinin-1BYa, 230 mM sodium dodecyl sulfphate, 90% H2O/10% D2O
詳細: Sodium dodecyl sulphate micelles / Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMdicarba-brevinin-1BYaNA-1
230 mMsodium dodecyl sulfphatenatural abundance1
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: conditions_1 / pH: 7.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NAMDUNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA-CHAMPAIGN精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRFAM-SPARKYNMRFAMchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYNMRFAMpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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