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- PDB-6nu1: Crystal Structure of Human PKM2 in Complex with L-cysteine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nu1
タイトルCrystal Structure of Human PKM2 in Complex with L-cysteine
要素Pyruvate kinase PKM
キーワードTRANSFERASE / PYRUVATE KINASE M2 / CYSTEINE / INHIBITION / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / Pyruvate metabolism / positive regulation of cytoplasmic translation / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cellular response to insulin stimulus / MHC class II protein complex binding / extracellular vesicle / histone H3T11 kinase activity / protein tyrosine kinase activity / : / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cilium / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / : / OXALATE ION / Pyruvate kinase PKM
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Srivastava, D. / Nandi, S. / Dey, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CLP 1506181 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Mechanistic and Structural Insights into Cysteine-Mediated Inhibition of Pyruvate Kinase Muscle Isoform 2.
著者: Srivastava, D. / Nandi, S. / Dey, M.
履歴
登録2019年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase PKM
B: Pyruvate kinase PKM
C: Pyruvate kinase PKM
D: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,12622
ポリマ－240,7534
非ポリマー2,37318
水11,097616
1
D: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子

B: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子

C: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,12622
ポリマ－240,7534
非ポリマー2,37318
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1/2,-z+11
Buried area19640 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area67100 Å2
手法PISA
2
D: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,56311
ポリマ－120,3772
非ポリマー1,1869
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area36330 Å2
手法PISA
3
B: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子

A: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,56311
ポリマ－120,3772
非ポリマー1,1869
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area4410 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area37620 Å2
手法PISA
4
B: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子

C: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,56311
ポリマ－120,3772
非ポリマー1,1869
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area35090 Å2
手法PISA
5
D: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子

C: Pyruvate kinase PKM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,56311
ポリマ－120,3772
非ポリマー1,1869
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1/2,-z+11
Buried area4420 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area40280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.829, 155.918, 94.136
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Pyruvate kinase PKM / Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate ...Cytosolic thyroid hormone-binding protein / CTHBP / Opa-interacting protein 3 / OIP-3 / Pyruvate kinase 2/3 / Pyruvate kinase muscle isozyme / Thyroid hormone-binding protein 1 / THBP1 / Tumor M2-PK / p58


分子量: 60188.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase
#3: 糖
ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 630分子

#2: 化合物
ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン


分子量: 88.019 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2O4
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M SODIUM THIOCYANATE, 100 mM BIS-TRIS PROPANE, 16-20% PEG 3350, 0.2 M NDSB-221
PH範囲: 7.5-8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→24.7 Å / Num. obs: 106086 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 15672 / CC1/2: 0.768 / Rpim(I) all: 0.319 / Rrim(I) all: 0.619 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B2D, 3SRH

4b2d

3srh


解像度: 2.25→24.7 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.55
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2352 5285 4.98 %
Rwork0.1908 --
obs0.193 106046 97.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→24.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14322 0 138 616 15076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00314696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60219960
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7668925
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.27560.34211500.24933462X-RAY DIFFRACTION99
2.2756-2.30230.28981680.23293371X-RAY DIFFRACTION99
2.3023-2.33040.28661740.22783396X-RAY DIFFRACTION99
2.3304-2.35980.27781780.22983409X-RAY DIFFRACTION99
2.3598-2.39090.29841780.23083386X-RAY DIFFRACTION99
2.3909-2.42360.27541720.2263413X-RAY DIFFRACTION99
2.4236-2.45820.28151830.22253374X-RAY DIFFRACTION99
2.4582-2.49480.30441870.22523394X-RAY DIFFRACTION99
2.4948-2.53380.29121900.22443364X-RAY DIFFRACTION99
2.5338-2.57530.30211730.21823386X-RAY DIFFRACTION99
2.5753-2.61960.27851760.21843419X-RAY DIFFRACTION99
2.6196-2.66720.23881790.21013389X-RAY DIFFRACTION98
2.6672-2.71850.27571620.20663370X-RAY DIFFRACTION99
2.7185-2.77390.25821990.20173365X-RAY DIFFRACTION98
2.7739-2.83410.23751980.19663369X-RAY DIFFRACTION99
2.8341-2.89990.2641810.20133363X-RAY DIFFRACTION99
2.8999-2.97230.24971970.19643373X-RAY DIFFRACTION99
2.9723-3.05260.23961600.19093395X-RAY DIFFRACTION98
3.0526-3.14220.2371800.19233394X-RAY DIFFRACTION98
3.1422-3.24340.24271530.19173369X-RAY DIFFRACTION98
3.2434-3.35910.23641860.1983356X-RAY DIFFRACTION98
3.3591-3.49320.26171560.19013326X-RAY DIFFRACTION97
3.4932-3.65170.23491670.17873352X-RAY DIFFRACTION96
3.6517-3.84360.22571630.17243275X-RAY DIFFRACTION96
3.8436-4.08340.211800.17043303X-RAY DIFFRACTION95
4.0834-4.3970.19961730.16473274X-RAY DIFFRACTION96
4.397-4.83650.18781830.15223252X-RAY DIFFRACTION94
4.8365-5.52950.18581840.17543300X-RAY DIFFRACTION95
5.5295-6.94090.26031850.20353263X-RAY DIFFRACTION95
6.9409-24.70370.18521700.17983299X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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