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- PDB-6ntw: Crystal structure of E. coli YcbB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ntw
タイトルCrystal structure of E. coli YcbB
要素Probable L,D-transpeptidase YcbB
キーワードtransferase/transferase inhibitor / l / d-transpeptidase / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type carboxypeptidase activity / 転移酵素 / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / glycosyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 ...cysteine-type carboxypeptidase activity / 転移酵素 / peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / glycosyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
Scaffold domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MXR / Probable L,D-transpeptidase YcbB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Caveney, N.A. / Strynadka, N.C.J. / Caballero, G. / Worrall, L.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insight into YcbB-mediated beta-lactam resistance in Escherichia coli.
著者: Caveney, N.A. / Caballero, G. / Voedts, H. / Niciforovic, A. / Worrall, L.J. / Vuckovic, M. / Fonvielle, M. / Hugonnet, J.E. / Arthur, M. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2019年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable L,D-transpeptidase YcbB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5317
ポリマ－64,6651
非ポリマー8666
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.499, 126.499, 88.801
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Probable L,D-transpeptidase YcbB


分子量: 64665.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Meropenem-acylated YcbB
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ycbB, b0925, JW0908 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22525, 転移酵素
#2: 化合物 ChemComp-MXR / (2S,3R,4S)-4-{[(3S,5R)-5-(dimethylcarbamoyl)pyrrolidin-3-yl]sulfanyl}-2-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-3-methyl-3,4-dihydro-2H-pyrrole-5-carboxylic acid / meropenem bound form (tautomerism)


分子量: 385.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O5S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 uL protein solution (30 mg/mL purified protein in 20 mM HEPES pH 8.0, 300 mM NaCl) and 1 uL of mother liquor (1.44 M lithium sulfate, 0.08 M HEPES pH 7.5, 0.02 M sodium acetate pH 4.6, 0. ...詳細: 0.2 uL protein solution (30 mg/mL purified protein in 20 mM HEPES pH 8.0, 300 mM NaCl) and 1 uL of mother liquor (1.44 M lithium sulfate, 0.08 M HEPES pH 7.5, 0.02 M sodium acetate pH 4.6, 0.015 M ammonium sulfate, 4% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 2000 monomethyl ether (MME)) with the addition of 1 mM meropenem and L-Ala-D-Glu-mDAP-D-Ala at 1 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→89.448 Å / Num. obs: 18943 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 65.64 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.415 / Rpim(I) all: 0.132 / Rrim(I) all: 0.437 / Net I/σ(I): 3.2 / Num. measured all: 619864 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. measured allNum. unique obs% possible allRmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
1.75-1.781.41887132033.6
9.09-47.5910.3631061599.50.0430.9990.0140.04546.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.76→89.448 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2981 953 5.03 %
Rwork0.2561 --
obs0.2583 18943 99.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→89.448 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3980 0 51 21 4052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.8785654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0591543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.90560.43021320.41792469X-RAY DIFFRACTION98
2.9056-3.08760.44051290.37752512X-RAY DIFFRACTION98
3.0876-3.3260.38331420.32262519X-RAY DIFFRACTION99
3.326-3.66070.37671380.28212544X-RAY DIFFRACTION100
3.6607-4.19040.28721270.24342593X-RAY DIFFRACTION100
4.1904-5.27940.24651270.21632617X-RAY DIFFRACTION100
5.2794-89.49530.23891580.2132736X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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