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- PDB-6ntr: Crystal Structure of Beta-barrel-like Protein of Domain of Unknow... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ntr
タイトルCrystal Structure of Beta-barrel-like Protein of Domain of Unknown Function DUF1849 from Brucella abortus
要素ATP/GTP-binding site-containing protein A
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta barrel-like fold / beta-structure / cell envelope integrity / Chicago Center for Functional Annotation / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性EipB-like / EipB-like / ATP/GTP-binding site-containing protein A
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Kim, Y. / Bigelow, L. / Endres, M. / Babnigg, G. / Crosson, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2019
タイトル: BrucellaPeriplasmic Protein EipB Is a Molecular Determinant of Cell Envelope Integrity and Virulence.
著者: Herrou, J. / Willett, J.W. / Fiebig, A. / Czyz, D.M. / Cheng, J.X. / Ultee, E. / Briegel, A. / Bigelow, L. / Babnigg, G. / Kim, Y. / Crosson, S.
履歴
登録2019年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2019年2月13日ID: 5UC2
改定 1.02019年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP/GTP-binding site-containing protein A
B: ATP/GTP-binding site-containing protein A
C: ATP/GTP-binding site-containing protein A
D: ATP/GTP-binding site-containing protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,93315
ポリマ－116,1904
非ポリマー74311
水2,324129
1
A: ATP/GTP-binding site-containing protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3886
ポリマ－29,0471
非ポリマー3405
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ATP/GTP-binding site-containing protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2644
ポリマ－29,0471
非ポリマー2163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ATP/GTP-binding site-containing protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1102
ポリマ－29,0471
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ATP/GTP-binding site-containing protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1723
ポリマ－29,0471
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.360, 69.240, 83.239
Angle α, β, γ (deg.)90.09, 90.02, 78.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
ATP/GTP-binding site-containing protein A / DUF1849


分子量: 29047.471 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 29-280 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 遺伝子: BAUG_2423 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: A0A0M1WBA0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: MCSG2 F10: 24% w/v PEG1500, 20% w/v glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 57342 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 19.96
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / % possible all: 68.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.101→35.234 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.66 / 位相誤差: 32.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 2916 5.09 %
Rwork0.1945 --
obs0.2018 57339 94.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→35.234 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7678 0 48 129 7855
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47410609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.4643002
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081388
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1018-2.1380.33671230.32711935X-RAY DIFFRACTION64
2.138-2.17690.30351260.31172317X-RAY DIFFRACTION76
2.1769-2.21870.35091230.29852511X-RAY DIFFRACTION85
2.2187-2.2640.33451420.31832711X-RAY DIFFRACTION90
2.264-2.31320.40331380.31412820X-RAY DIFFRACTION93
2.3132-2.3670.36081430.32392829X-RAY DIFFRACTION93
2.367-2.42610.32291320.31432759X-RAY DIFFRACTION93
2.4261-2.49170.35971560.31722826X-RAY DIFFRACTION93
2.4917-2.5650.33111610.31262773X-RAY DIFFRACTION93
2.565-2.64770.33261460.32142850X-RAY DIFFRACTION93
2.6477-2.74220.31531440.31122840X-RAY DIFFRACTION94
2.7422-2.85190.34341530.29532768X-RAY DIFFRACTION93
2.8519-2.98160.28651500.27322864X-RAY DIFFRACTION94
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3.1386-3.33490.271490.22572822X-RAY DIFFRACTION94
3.3349-3.59190.22271140.19322864X-RAY DIFFRACTION95
3.5919-3.95250.22451560.17222841X-RAY DIFFRACTION94
3.9525-4.52230.18671270.13782836X-RAY DIFFRACTION95
4.5223-5.68950.18081420.12112868X-RAY DIFFRACTION95
5.6895-27.74870.23711340.15792664X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53440.0055-1.0583.9382-2.3352.4824-0.29020.0314-0.07930.1905-0.1716-0.1622-0.1285-0.07350.50870.6106-0.0577-0.10660.2513-0.00420.516791.4108-18.796439.3559
22.649-1.82822.68755.0897-3.11053.17380.3181-0.0338-0.40430.11680.0230.32380.32710.0666-0.07840.6019-0.0973-0.07640.30250.06790.566194.1156-25.380640.5988
31.96980.45610.81863.72490.65092.05960.1047-0.0608-0.3419-0.02810.0268-0.76480.29520.437-0.14480.7666-0.0091-0.07620.2476-0.00960.6888105.6159-29.050842.6882
45.4886-6.5153-4.23078.88653.40855.5420.0987-0.1861-0.6679-0.5562-0.07520.56050.3643-0.12550.00410.6968-0.11560.00950.3378-0.04490.408199.1601-13.927155.6907
54.74081.71690.7423.90810.44052.2525-0.0230.2094-0.1820.00330.14330.0597-0.12190.0605-0.15020.5753-0.0619-0.06580.2163-0.03950.444495.7185-12.150544.6413
65.90571.749-4.00875.3568-2.92453.33630.06060.5571-0.00910.21750.48841.0008-0.3574-0.9203-0.13270.58440.09030.03410.27740.25950.704258.268821.793142.9233
73.10321.2971-2.07471.6377-0.22612.19960.37640.24640.4090.6915-0.16770.2638-0.9865-0.2332-0.29110.7531-0.0873-0.03940.31130.11840.644558.790917.679555.0846
84.59731.7484-3.2833.5886-2.68466.66010.06920.18410.57970.69420.2436-0.0455-0.3994-0.2879-0.18940.8916-0.00720.05180.37630.08060.469566.065622.3347.6513
94.34270.4007-2.79083.7828-0.15382.76320.0854-0.7099-0.1510.8993-0.3073-0.614-0.25440.88870.03360.7804-0.1263-0.10940.3603-0.02630.687968.224319.537254.8005
105.53060.91831.60524.0734-0.89464.1955-0.3976-0.09290.1640.36920.0963-0.3844-0.0090.58750.18480.4874-0.0722-0.07550.3245-0.03750.528779.234214.213349.0961
114.60615.09564.1137.60222.31846.1983-0.58920.78070.1641-0.57270.48320.12460.1854-0.75710.10510.6003-0.20970.00160.57020.06890.449763.38478.994634.8231
126.21761.39191.25343.1602-0.93913.97280.3807-0.1646-0.24730.2499-0.1863-0.41830.807-0.3875-0.13420.5359-0.0657-0.05520.2716-0.06670.521167.20144.802944.5142
130.0408-0.1-0.2663.54670.0321.4618-0.2437-0.19090.2179-0.26510.28180.5830.288-0.79840.03080.6691-0.1512-0.06230.55260.02510.626850.454215.08739.9397
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154.76984.1234-5.31115.0471-6.4568.42430.35360.96661.26250.63890.73180.7014-0.4994-0.6621-0.8140.8554-0.01430.07480.63720.18010.814756.40518.813648.5604
160.47970.51570.1840.624-0.00510.97490.17930.183-0.68750.0394-0.3057-0.26160.1364-0.0271-0.1741.02950.0338-0.41780.1977-0.22831.004480.4318-34.12390.7692
173.33850.49863.88530.7551-0.04346.040.2774-0.2379-0.29320.4223-0.00030.13270.473-0.1498-0.30010.9787-0.1327-0.16460.3049-0.0180.782970.1004-35.827992.9897
186.40291.5387-1.08973.12560.77045.1615-0.01540.09260.07870.1305-0.06080.5867-0.2145-0.16130.12160.5838-0.0387-0.05550.3087-0.0530.498765.278-23.927585.1694
193.4701-0.1170.65424.62311.16213.5269-0.1220.9257-0.51570.16450.3314-0.29860.05040.5293-0.07760.5374-0.1163-0.12730.5053-0.2110.651582.2389-26.864683.4864
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211.92650.3658-0.09222.0004-0.48935.2335-0.2830.05960.0690.0138-0.2203-0.34870.0727-0.12390.49240.5592-0.0491-0.01870.2565-0.04930.537794.87543.758780.6879
222.4259-0.5094-0.99474.1649-1.04483.97580.06320.1635-0.01760.0104-0.14740.2033-0.1773-0.03190.11440.66070.0072-0.06820.1776-0.06550.626886.886513.172480.9933
232.4356-2.98851.44948.4586-1.49123.805-0.2672-0.431-0.0240.86510.24230.9924-0.4854-0.49580.07340.5927-0.02180.13130.2837-0.02330.584178.22424.893191.9332
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15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 250 through 271 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 30 through 67 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 68 through 117 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 118 through 176 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 177 through 223 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 224 through 271 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 30 through 67 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 68 through 128 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 129 through 186 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 187 through 270 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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