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- PDB-6nsm: TetR family transcriptional regulator CifR C99T-C107S-C181R Cyste... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nsm
タイトルTetR family transcriptional regulator CifR C99T-C107S-C181R Cysteines mutant complexed with 26bp double-strand operator DNA
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • TetR family transcriptional regulator CifR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / repressor / DNA-binding complex / epoxide sensing protein / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of biosynthetic process / regulation of primary metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Putative transcriptional regulator / CifR
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者He, S. / Simard, A.R. / Madden, D.R.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI091699 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20-GM113132 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)P30-DK117469 米国
Cystic Fibrosis FoundationSTANTO19R0 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Molecular basis for the transcriptional regulation of an epoxide-based virulence circuit in Pseudomonas aeruginosa
著者: He, S. / Taher, N.M. / Simard, A.R. / Hvorecny, K.L. / Ragusa, M.J. / Bahl, C.D. / Hickman, A.B. / Dyda, F. / Madden, D.R.
履歴
登録2019年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32024年2月14日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 2.02024年7月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / audit_author / cell / citation_author / entity / entity_src_gen / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_audit_support / pdbx_contact_author / pdbx_database_related / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_related_exp_data_set / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_conf / struct_conn / symmetry
Item: _cell.volume / _entity.pdbx_number_of_molecules ..._cell.volume / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _entity_src_gen.plasmid_name / _pdbx_contact_author.address_2 / _pdbx_contact_author.id / _pdbx_contact_author.phone / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_CC_star / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_star / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Real space R-factor
詳細: Incorporated TLS and nucleic acid secondary structure restraints into refinement and made manual corrections to improve overall model geometry and clash resolution.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator CifR
B: TetR family transcriptional regulator CifR
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9154
ポリマ－59,9154
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration indicates the protein alone is a dimer., native gel electrophoresis, EMSA indicates the protein dimer could form complex with 26bp double-strand operator DNA at ...根拠: gel filtration, Gel filtration indicates the protein alone is a dimer., native gel electrophoresis, EMSA indicates the protein dimer could form complex with 26bp double-strand operator DNA at the following condition: 25mM HEPES pH7.5 150mM NaCl 0.5mM DTT (optional)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area22710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.329, 167.897, 82.538
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab

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要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator CifR


分子量: 21973.900 Da / 分子数: 2 / 変異: C99T,C107S,C181R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 (緑膿菌)
株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26140 / プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: A0A0H2ZCS5, UniProt: Q9HZR6*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7941.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8026.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.1 M Tris, pH 7.9, 0.2 M magnesium chloride, 18% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979303 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月5日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979303 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→27.98 Å / Num. obs: 22709 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 70.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1588 / Rpim(I) all: 0.04456 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 15.16
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 1.623 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique obs: 2226 / CC1/2: 0.654 / CC star: 0.889 / Rpim(I) all: 0.4435 / Rrim(I) all: 1.683 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6NSN

6nsn


解像度: 2.8→27.98 Å / SU ML: 0.3638 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.5013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 1158 5.11 %
Rwork0.2277 21520 -
obs0.2288 22678 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 79.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→27.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3019 1060 0 7 4086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00424285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56956014
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0399657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045614
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.63331684
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.930.35451160.30792666X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.080.34581740.31492629X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.270.28721140.24322647X-RAY DIFFRACTION99.17
3.27-3.530.25941740.23282621X-RAY DIFFRACTION99.79
3.53-3.880.22911160.21262710X-RAY DIFFRACTION99.96
3.88-4.440.22731740.20442649X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.590.24261160.21512763X-RAY DIFFRACTION100
5.59-27.980.23111740.22542835X-RAY DIFFRACTION99.77
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.94651435354-1.046919564892.979351302472.27524946552-0.9412564337813.59768829125-0.2745551716190.2452907670770.492559873803-0.1723220533040.0418574771943-0.0109996033024-0.5168481965340.292357548740.2230832615330.462688877654-0.04599618628890.01280790370040.378574354851-0.0003319648870750.37785358259443.017494712452.958494257766.9253161022
23.188993291760.6956393448332.035480693261.926400874920.4761026659813.011766803890.1941673226440.258553555919-0.537842923596-0.2552420018880.05502347734980.1056927604730.5321251241390.200211521293-0.2233081119660.4752839421340.0497554200895-0.0006283755045720.385996695734-0.0501508546550.53887301100441.86774498229.049239335468.1002604177
31.897061239050.04765259313820.008966538673651.998689183311.221219271071.30175520040.3988910627730.693801143705-0.296326108965-1.70031469734-0.3477269965031.561043966010.256094249079-0.1986224635470.02573315112871.25074217853-0.0460899948791-0.5504773066490.770003416566-0.1004469431411.1441705759417.96066765340.912927453244.1211519576
41.47263818203-0.3201960709560.06131332233421.312767661680.670885856421.706203440830.2311130277360.398862009398-0.0183311876929-1.45662356475-0.5752013031151.591287874590.0553521256134-0.2833742533380.3408205417641.080331865620.0600601947423-0.4638219017330.776416561967-0.0834166393581.1111768683417.096869525841.162189710645.0016941888
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11Chain AAA4 - 1961 - 193
22Chain BBB5 - 1961 - 192
33Chain CCC1 - 26
44Chain DDD1 - 26

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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