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万見
- PDB-6ns1: Crystal structure of DIP-gamma IG1+IG2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ns1
タイトルCrystal structure of DIP-gamma IG1+IG2
要素Dpr-interacting protein gamma
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Glycoprotein / Neuronal / Cell surface receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neuromuscular junction development / Degradation of the extracellular matrix / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Integrin cell surface interactions / neuron projection membrane / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / photoreceptor cell axon guidance ...regulation of neuromuscular junction development / Degradation of the extracellular matrix / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Integrin cell surface interactions / neuron projection membrane / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / photoreceptor cell axon guidance / establishment of synaptic specificity at neuromuscular junction / synapse organization / neuron projection / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dpr-interacting protein gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Cheng, S. / Park, Y.J. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS097161 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of synaptic specificity by immunoglobulin superfamily receptors in Drosophila.
著者: Cheng, S. / Ashley, J. / Kurleto, J.D. / Lobb-Rabe, M. / Park, Y.J. / Carrillo, R.A. / Ozkan, E.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dpr-interacting protein gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5772
ポリマ－24,0071
非ポリマー5711
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.330, 43.440, 86.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.46, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Dpr-interacting protein gamma / GH08175p


分子量: 24006.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DIP-gamma, 14521, anon-WO0140519.196, CT34248, Dmel\CG14521, CG14521, Dmel_CG14521
細胞株 (発現宿主): High Five cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VAR6
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 5.5, 25% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月24日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 18742 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.32 % / Biso Wilson estimate: 26.72 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rrim(I) all: 0.158 / Net I/σ(I): 8.81
反射 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.79 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1366 / CC1/2: 0.828 / Rrim(I) all: 0.833 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2932精密化
XDSOct 15, 2015データ削減
XDSOct 15, 2015データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EO9

5eo9


解像度: 1.85→43.069 Å / SU ML: 0.21 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.8
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2346 933 4.99 %Random selection
Rwork0.2045 ---
obs0.2059 18695 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.069 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1605 0 38 179 1822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9562305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8261064
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006297
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.94760.30551320.25712518X-RAY DIFFRACTION99
1.9476-2.06960.33821280.24682504X-RAY DIFFRACTION100
2.0696-2.22940.24181350.22312525X-RAY DIFFRACTION100
2.2294-2.45370.24471370.2152533X-RAY DIFFRACTION100
2.4537-2.80870.22541320.21652518X-RAY DIFFRACTION100
2.8087-3.53840.23961310.20062548X-RAY DIFFRACTION100
3.5384-43.08030.20661380.18292616X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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