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- PDB-6nrq: Crystal structure of Dpr10 IG1 bound to DIP-alpha IG1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nrq
タイトルCrystal structure of Dpr10 IG1 bound to DIP-alpha IG1
要素
  • Defective proboscis extension response 10, isoform A
  • Dpr-interacting protein alpha, isoform A
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily / Glycoprotein / Neuronal / Cell surface receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Degradation of the extracellular matrix / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Integrin cell surface interactions / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / neuron projection membrane / sensory perception of chemical stimulus / synapse organization ...Degradation of the extracellular matrix / Non-integrin membrane-ECM interactions / ECM proteoglycans / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / Integrin cell surface interactions / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / neuron projection membrane / sensory perception of chemical stimulus / synapse organization / neuron projection / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Zwei Ig domain protein zig-8 / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Zwei Ig domain protein zig-8 / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Defective proboscis extension response 10, isoform A / Dpr-interacting protein alpha, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cheng, S. / Park, Y.J. / Kurleto, J.D. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS097161 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Molecular basis of synaptic specificity by immunoglobulin superfamily receptors in Drosophila.
著者: Cheng, S. / Ashley, J. / Kurleto, J.D. / Lobb-Rabe, M. / Park, Y.J. / Carrillo, R.A. / Ozkan, E.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defective proboscis extension response 10, isoform A
B: Dpr-interacting protein alpha, isoform A
C: Defective proboscis extension response 10, isoform A
D: Dpr-interacting protein alpha, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,60313
ポリマ－52,3694
非ポリマー4,2349
水5,332296
1
A: Defective proboscis extension response 10, isoform A
B: Dpr-interacting protein alpha, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1677
ポリマ－26,1842
非ポリマー2,9835
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint45 kcal/mol
Surface area11860 Å2
手法PISA
2
C: Defective proboscis extension response 10, isoform A
D: Dpr-interacting protein alpha, isoform A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4366
ポリマ－26,1842
非ポリマー1,2514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area11160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.011, 53.551, 56.685
Angle α, β, γ (deg.)119.68, 103.77, 92.88
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Defective proboscis extension response 10, isoform A / Defective proboscis extension response 10 / isoform B / isoform C


分子量: 13367.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: dpr10, BcDNA:RE37920, CG14158, CG14159, CT33762, Dmel\CG32057, Dpr-10, Dpr10, CG32057, Dmel_CG32057
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VT83
#2: タンパク質 Dpr-interacting protein alpha, isoform A / Dpr-interacting protein alpha / isoform C / RE16159p


分子量: 12816.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: DIP-alpha, 32791, CG13019, CG13020, Dmel\CG32791, CG32791, Dmel_CG32791
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9W4R3

-
糖 , 3種, 6分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1040.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-f1_c4-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 299分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 M lithium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.0, 20% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月6日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 40135 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.82 % / Biso Wilson estimate: 30.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 11.77
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 1.67 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 4014 / CC1/2: 0.67 / Rrim(I) all: 0.721 / % possible all: 53.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3112精密化
XDSNov 11, 2017データ削減
XDSNov 11, 2017データスケーリング
PHASER2.8.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EO9

5eo9


解像度: 1.8→48.551 Å / SU ML: 0.23 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.24
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2054 2002 4.99 %Random
Rwork0.1743 ---
obs0.1759 40105 87.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.551 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3421 0 282 296 3999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083811
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9385225
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7552231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7997-1.84470.5317750.39511416X-RAY DIFFRACTION46
1.8447-1.89460.31671040.31621819X-RAY DIFFRACTION58
1.8946-1.95030.30921090.25962442X-RAY DIFFRACTION78
1.9503-2.01330.30251550.22762782X-RAY DIFFRACTION90
2.0133-2.08520.23261490.20182879X-RAY DIFFRACTION92
2.0852-2.16870.24181550.19032911X-RAY DIFFRACTION93
2.1687-2.26740.2381520.18652946X-RAY DIFFRACTION94
2.2674-2.3870.22671580.18862953X-RAY DIFFRACTION95
2.387-2.53650.21931600.18143010X-RAY DIFFRACTION96
2.5365-2.73230.2531530.18322963X-RAY DIFFRACTION95
2.7323-3.00730.21541590.18113015X-RAY DIFFRACTION96
3.0073-3.44230.17331590.1562984X-RAY DIFFRACTION96
3.4423-4.33650.15471530.14312992X-RAY DIFFRACTION96
4.3365-48.56850.19141610.16472991X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9908-4.16051.94047.2534-2.15474.73880.1257-0.1982-0.58410.1412-0.15720.4159-0.5426-0.06580.09370.3218-0.0786-0.02190.28720.040.245523.2194-24.448331.328
22.721-0.4880.35812.2566-1.49422.87960.0039-0.1563-0.02680.3014-0.0195-0.0775-0.23450.07060.02030.2632-0.00470.00610.30260.03460.212521.9494-33.414438.2399
35.0966-0.3441.26062.4866-1.17154.21030.0215-0.20.06360.2445-0.0685-0.2079-0.24590.2630.0290.2624-0.0259-0.01630.32640.05490.201126.3759-30.784635.234
42.20712.47072.14783.14582.87422.70640.0559-0.1307-1.20370.19140.2553-0.38280.61150.0364-0.5660.40640.0023-0.00270.54210.08970.581217.9433-57.27841.7009
54.0128-3.93655.41285.8551-3.62868.78310.0938-0.5459-0.9899-0.11670.43710.6460.3757-0.863-0.44520.3071-0.0724-0.01050.41560.03510.37181.8122-52.008133.337
64.2072-3.1385.47358.6151-4.48037.37820.09190.1898-0.14070.171-0.4338-0.42780.15120.47440.45590.1909-0.0065-0.00190.40340.09650.288916.2978-48.752244.0069
74.18620.7018-0.72744.477-0.38910.31320.05740.1548-0.01860.1822-0.04720.0958-0.0306-0.01550.02250.19760.00310.0060.33020.05190.15088.0611-43.981940.27
80.96641.49161.24347.6602-3.59347.31591.00972.2962-0.1887-1.3052-0.30810.3441-0.8878-1.727-0.77080.44810.0821-0.05160.75360.05320.34740.831-44.261126.5465
92.8420.76394.98492.85181.21649.0843-0.0494-0.0205-0.21480.0286-0.0512-0.12660.1464-0.27980.07420.23290.01570.01570.31720.02590.225819.4749-47.8438.021
108.64111.89168.75135.23991.82728.8944-0.0902-0.1187-0.62-0.60550.2108-0.1099-0.1204-0.6873-0.00750.3437-0.02190.04990.5375-0.03810.29159.3726-51.84529.0271
119.5294-5.70922.62077.8663-1.20487.9523-0.4556-0.9598-0.21040.78570.409-0.29210.40760.33150.03180.35430.0393-0.02530.39730.05510.255716.2101-25.8120.7571
124.7851.3281-2.09455.8832-0.63836.8463-0.12950.01630.53720.20640.0639-0.0594-0.5952-0.62070.06680.37290.0781-0.0240.35-0.00260.2952-0.9668-11.972111.2376
137.78470.71142.63871.24060.41016.18070.11260.063-0.01660.0412-0.02190.01640.0062-0.0256-0.06650.2278-0.022-0.00520.13060.03580.212410.417-25.17299.5735
147.3398-1.9321-2.78672.79583.18824.06640.37190.85020.2128-0.4274-0.38470.0788-0.272-0.11380.02980.28-0.0029-0.02420.33460.08070.19327.2205-20.7449-1.4758
153.92024.60213.51187.50024.09193.1245-0.32280.89780.92860.2248-0.1291-0.3155-0.80190.64790.47470.3362-0.0372-0.01810.35820.11180.323312.2355-15.61216.0882
163.9841-0.44684.6566.5030.07695.5364-0.79750.49740.34740.27370.3723-0.7894-0.79190.67920.48250.3824-0.0273-0.06280.35570.02680.359513.9865-15.098510.9376
179.07416.8216-5.30236.0679-6.27778.7337-0.0874-0.0145-0.13620.4388-0.1354-0.2107-0.6922-0.11830.08650.27550.0434-0.04170.30860.0430.2515-4.2848-15.2993.9589
185.0209-5.95212.61987.5627-2.26223.0021-0.1567-0.29-0.43980.19520.230.09640.1787-0.0321-0.08260.2951-0.0116-0.01430.26240.04180.23389.5926-29.671912.7227
195.0461-5.88750.02757.3516-1.02547.0076-0.5874-1.1206-0.14070.68360.7630.479-0.2841-0.6952-0.14250.2548-0.058-0.00230.3080.02720.30660.3776-20.418814.9338
205.80992.5648-2.1992.5988-3.10878.1683-0.35021.4995-1.4888-1.59740.13231.05260.0826-1.0743-0.03540.52650.0115-0.16420.9462-0.28310.72940.3648-35.7677-12.5201
214.911.641.45624.2191-1.42226.81690.31691.0146-1.8065-0.68970.25560.77171.06370.6531-0.68220.5035-0.08530.02390.4629-0.25920.67284.4318-50.37190.6269
225.2784-3.94633.83478.7131-5.81394.36570.1890.4432-0.6314-0.9338-0.4894-0.0670.9026-0.18010.26770.44340.0682-0.07120.4418-0.23660.71649.8866-47.2004-2.2556
233.5914-0.77520.1794.28880.20753.60290.26380.7506-0.4793-0.4132-0.1525-0.11930.2431-0.034-0.17580.27090.0138-0.0390.2916-0.0940.27512.2199-37.0721-1.9218
247.5498-4.1277-4.38585.02253.81194.9866-0.7169-1.2944-1.3821.03050.5175-0.08591.59380.46660.34010.57780.0461-0.09490.34750.04580.76711.8869-48.697910.9164
253.919-1.66282.61319.9022-6.33648.48780.03630.4023-0.2991-0.4456-0.2655-0.0470.4426-0.28520.15690.2672-0.0382-0.04870.2879-0.07990.26242.734-33.0669-1.7125
267.4619-5.82734.88719.4109-6.57747.42520.8509-0.3556-1.38-0.52970.37472.07781.0545-0.1255-1.33060.4567-0.095-0.1310.3485-0.0470.64084.5662-48.66865.5603
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 70 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 71 through 108 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 156 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 39 through 50 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 51 through 64 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 65 through 77 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 78 through 111 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 112 through 119 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 120 through 131 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 132 through 142 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 48 through 61 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 62 through 73 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 74 through 98 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 99 through 108 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 109 through 114 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 115 through 124 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 125 through 132 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 133 through 144 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 145 through 155 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 40 through 46 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 47 through 54 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 55 through 66 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 67 through 111 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 112 through 119 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 120 through 131 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 132 through 144 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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