PDB-6nrp: Putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) from Acinetoba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nrp

タイトル

Putative short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) from Acinetobacter baumannii

要素

3-oxoacyl-ACP reductase FabG

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Short-chain dehydrogenase/reductase / SDR / Rossmann fold / apo

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Cross, E.M. / Smith, K.M. / Shaw, K.I. / Aragao, D. / Forwood, J.K.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Insights into Acinetobacter baumannii fatty acid synthesis 3-oxoacyl-ACP reductases.
著者: Cross, E.M. / Adams, F.G. / Waters, J.K. / Aragao, D. / Eijkelkamp, B.A. / Forwood, J.K.

履歴

登録	2019年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年3月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / database_2 Item: _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nrp.cif.gz	195.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nrp.ent.gz	154.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nrp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nrp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/6nrp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6udsC 6uutC 6uuvC 6wprC 4iiuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oz7-1 6oz7-2 4bnf-2 6tq3-d 1mfp-1 3guy-1 4ali-1 4bnh-1 6won-1 4ali-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-ACP reductase FabG

B: 3-oxoacyl-ACP reductase FabG

C: 3-oxoacyl-ACP reductase FabG

D: 3-oxoacyl-ACP reductase FabG

115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.479, 89.479, 239.469
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-422- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-ACP reductase FabG / 3-oxoacyl-ACPreductase / Beta-ketoacyl-ACP reductase 分子量: 28718.814 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: fabG_5, fabG_1, fabG_18, fabG_23, fabG_3, fabG_4, Aba10042_16075, B9X91_04165, CEJ63_07105, SAMEA104305229_00942, SAMEA104305242_02267, SAMEA104305268_00730, SAMEA104305271_00024, ...遺伝子: fabG_5, fabG_1, fabG_18, fabG_23, fabG_3, fabG_4, Aba10042_16075, B9X91_04165, CEJ63_07105, SAMEA104305229_00942, SAMEA104305242_02267, SAMEA104305268_00730, SAMEA104305271_00024, SAMEA104305315_07776, SAMEA104305320_01205, SAMEA104305325_01875, SAMEA104305337_07930 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1K1L6W4, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-oxoacyl-ACP reductase FabG / 3-oxoacyl-ACPreductase / Beta-ketoacyl-ACP reductase

分子量: 28718.814 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: fabG_5, fabG_1, fabG_18, fabG_23, fabG_3, fabG_4, Aba10042_16075, B9X91_04165, CEJ63_07105, SAMEA104305229_00942, SAMEA104305242_02267, SAMEA104305268_00730, SAMEA104305271_00024, ...
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1K1L6W4, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.96 % / 解説: Cubic
結晶化	温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M magnesium acetate, 0.1M sodium acetate pH 4.5, 8% PEG8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→24.99 Å / Num. obs: 88460 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.161 Å² / R_merge(I) obs: 0.139 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.148 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.9 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4426 / R_pim(I) all: 0.236 / R_rim(I) all: 0.652 / Χ²: 0.92 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4IIU

4iiu

解像度: 1.9→24.987 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1917	4504	5.1 %
R_work	0.1702	-	-
obs	0.1713	88293	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.987 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7132	0	0	484	7616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7220
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.843	9755
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.368	2661
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1262

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2643	171	0.2154	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9216-1.9442	0.2554	140	0.2116	2791	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9442-1.9679	0.223	152	0.1946	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.1955	135	0.176	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.019	0.1873	133	0.174	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.0467	0.2088	183	0.1749	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.0759	0.2275	153	0.1811	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0759-2.1069	0.2149	145	0.1784	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1398	0.1956	147	0.1741	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1398-2.1749	0.2263	142	0.1727	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2123	0.2025	177	0.1699	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2123-2.2525	0.2545	139	0.1746	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2958	0.2126	147	0.1687	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2958-2.3427	0.1915	162	0.1661	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3427-2.3936	0.2082	171	0.1705	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3936-2.4492	0.2244	128	0.1629	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4492-2.5104	0.1886	147	0.1728	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5104-2.5782	0.2192	139	0.1778	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5782-2.654	0.212	141	0.1736	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.654-2.7395	0.2101	150	0.1709	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7395-2.8373	0.195	163	0.1757	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8373-2.9508	0.1772	133	0.1761	2814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9508-3.0848	0.1794	135	0.1744	2850	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0848-3.2471	0.2056	132	0.1804	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2471-3.4501	0.2082	139	0.1723	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4501-3.7157	0.173	123	0.1635	2861	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7157-4.0881	0.1731	177	0.1576	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0881-4.6763	0.1349	162	0.1441	2852	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6763-5.879	0.1769	170	0.1666	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
5.879-24.9891	0.167	168	0.1693	3028	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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