PDB-4iiu: Crystal structure of a putative 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4iiu

タイトル

Crystal structure of a putative 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]reductase from Escherichia coli strain CFT073 complexed with NADP+ at 2.1 A resolution

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / short chain dehydrogenase / FabG / beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hou, J. / Osinski, T. / Zheng, H. / Shumilin, I. / Shabalin, I. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein]reductase from Escherichia coli strain CFT073 complexed with NADP+ at 2.1 A resolution
著者: Hou, J. / Osinski, T. / Zheng, H. / Shumilin, I. / Shabalin, I. / Shatsman, S. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4iiu.cif.gz	379.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4iiu.ent.gz	311.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4iiu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4iiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4iiu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3osuS 4iin 4iiv 4ij8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4iiv-d 3u8a-d 6vsp-1 4cql-2 3u8c-d 4cqm-3 6nrp-d 7krm-d 4cql-4 3tsc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91235

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.541, 128.541, 125.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	A	A	2 - 242	26 - 266
2	1	MET	MET	B	B	2 - 242	26 - 266
1	2	LEU	LEU	A	A	2 - 243	26 - 267
2	2	LEU	LEU	C	C	2 - 243	26 - 267
1	3	MET	MET	A	A	2 - 242	26 - 266
2	3	MET	MET	D	D	2 - 242	26 - 266
1	4	LEU	LEU	B	B	2 - 243	26 - 267
2	4	LEU	LEU	C	C	2 - 243	26 - 267
1	5	LEU	LEU	B	B	2 - 243	26 - 267
2	5	LEU	LEU	D	D	2 - 243	26 - 267
1	6	LEU	LEU	C	C	2 - 243	26 - 267
2	6	LEU	LEU	D	D	2 - 243	26 - 267

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase / beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / FabG 分子量: 28461.430 Da / 分子数: 4 / 変異: C20R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: c1187, NT04EC1225 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL 参照: UniProt: Q8FJ14, UniProt: A0A0H2V833*PLUS, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 8.5, 25% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月8日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 68701 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 45.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3403 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3OSU

3osu

解像度: 2.1→39.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 6.852 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1925	3427	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1679	-	-	-
obs	0.1692	67856	98.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.95 Å² / B_iso mean: 34.3943 Å² / B_iso min: 10.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	-0.43 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.43 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7016	0	192	495	7703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	7384
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	7073
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.978	10031
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.03	3	16109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.396	5	974
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.52	23.544	285
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.193	15	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.55	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8548
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	1718

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13742	0.08
1	2	B	13742	0.08
2	1	A	13790	0.08
2	2	C	13790	0.08
3	1	A	14020	0.08
3	2	D	14020	0.08
4	1	B	13982	0.07
4	2	C	13982	0.07
5	1	B	13968	0.08
5	2	D	13968	0.08
6	1	C	13833	0.08
6	2	D	13833	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	224	-
R_work	0.21	3993	-
all	-	4217	-
obs	-	-	83.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9802	-0.022	-0.3228	2.5417	0.2776	1.8533	0.1833	0.3992	0.3469	-0.2337	-0.2307	-0.2362	-0.2421	0.0581	0.0474	0.1019	0.0753	0.0598	0.1976	0.1144	0.0886	43.786	68.762	-7.866
2	1.7815	0.2446	-0.4616	0.8346	-0.0233	0.7888	-0.0423	0.2982	-0.1115	-0.0929	-0.0751	-0.0785	0.1071	-0.0038	0.1174	0.1162	0.0543	0.0458	0.1994	-0.0185	0.0379	38.159	52.909	-5.169
3	3.2523	-1.2714	0.6047	1.4194	0.0678	2.049	0.205	0.3887	0.0525	-0.2008	-0.2765	0.0281	-0.117	-0.2001	0.0715	0.1168	0.093	0.0293	0.2038	0.0068	0.02	26.257	65.017	-0.773
4	1.6083	-0.0171	-0.6826	1.9423	-0.1283	1.2424	-0.1856	-0.0337	-0.3102	0.3867	-0.199	0.3582	0.3298	-0.5493	0.3846	0.3243	-0.2274	0.2586	0.4587	-0.1574	0.2757	-1.433	45.763	24.826
5	2.0415	-0.0537	-0.8468	1.9522	0.8675	0.8323	-0.1968	0.1606	-0.3294	0.2881	-0.1441	0.2217	0.2628	-0.309	0.3409	0.2183	-0.1089	0.1622	0.3386	-0.1737	0.2147	10.057	48.217	17.925
6	1.6098	-0.9625	0.3691	2.876	-0.5537	3.5384	-0.159	0.3602	-0.1856	0.0464	-0.2122	0.1991	0.0729	-0.7103	0.3712	0.1567	-0.1167	0.1356	0.4256	-0.2046	0.1636	5.196	47.24	6.462
7	7.3354	7.9252	-0.0929	14.2741	-1.8448	6.1858	-0.4158	0.3805	0.3718	-0.4215	0.074	0.4451	0.3203	-0.3476	0.3419	0.467	-0.2763	0.1271	0.468	-0.3506	0.3504	9.915	28.295	-7.81
8	3.1524	-0.506	-1.2705	2.8325	-0.0924	3.1394	-0.3675	0.1901	-0.9503	0.0975	-0.1479	0.1958	0.8438	-0.1446	0.5154	0.6432	-0.3006	0.2746	0.4526	-0.3662	0.5365	19.252	23.114	-6.209
9	1.3893	-0.1384	-0.3135	1.3162	0.4712	1.2791	-0.1686	0.3121	-0.4073	0.0233	-0.1239	0.0239	0.4414	-0.2364	0.2925	0.2352	-0.0858	0.1373	0.22	-0.1586	0.1757	21.675	37.644	-1.293
10	1.86	0.0125	-0.0417	2.1505	-0.0844	2.6593	-0.0566	-0.2085	0.227	0.2172	0.0234	-0.2487	-0.1101	0.2163	0.0331	0.132	0.0242	-0.0216	0.0988	-0.0391	0.0631	29.726	77.363	26.277
11	0.8135	-0.0109	-0.2317	1.5567	0.1572	0.8324	-0.0164	-0.0546	0.0596	0.1811	-0.048	0.0136	-0.0461	-0.1454	0.0644	0.1442	0.0376	0.0272	0.1386	-0.0229	0.024	17.101	68.785	23.607
12	2.2226	-1.2601	-0.1614	2.3084	-0.0616	1.8705	-0.1348	-0.1891	-0.0334	0.2345	0.0742	-0.0394	0.0908	-0.0497	0.0606	0.1256	0.0294	0.0235	0.1029	0.0097	0.0104	29.633	62.163	16.895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 176
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	177 - 243
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 129
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	130 - 189
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	190 - 243
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 7
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	8 - 68
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	69 - 243
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 49
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	50 - 171
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	172 - 243

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)