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- PDB-6nqw: Flagellar protein FcpA from Leptospira biflexa - hexagonal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nqw
タイトルFlagellar protein FcpA from Leptospira biflexa - hexagonal form
要素Flagellar coiling protein A
キーワードPROTEIN FIBRIL / flagellar filament
機能・相同性PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Leptospira biflexa serovar Patoc (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9 Å
データ登録者San Martin, F. / Trajtenberg, F. / Larrieux, N. / Buschiazzo, A.
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: An asymmetric sheath controls flagellar supercoiling and motility in the Leptospira spirochete
著者: Gibson, K. / Trajtenberg, F. / Brady, M. / San Martin, F. / Mechaly, A. / Wunder, E. / Picardeau, M. / Ko, A. / Buschiazzo, A. / Sindelar, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystallization of FcpA from Leptospira, a novel flagellar protein that is essential for pathogenesis.
著者: Fabiana San Martin / Ariel E Mechaly / Nicole Larrieux / Elsio A Wunder / Albert I Ko / Mathieu Picardeau / Felipe Trajtenberg / Alejandro Buschiazzo /
要旨: The protein FcpA is a unique component of the flagellar filament of spirochete bacteria belonging to the genus Leptospira. Although it plays an essential role in translational motility and ...The protein FcpA is a unique component of the flagellar filament of spirochete bacteria belonging to the genus Leptospira. Although it plays an essential role in translational motility and pathogenicity, no structures of FcpA homologues are currently available in the PDB. Its three-dimensional structure will unveil the novel motility mechanisms that render pathogenic Leptospira particularly efficient at invading and disseminating within their hosts, causing leptospirosis in humans and animals. FcpA from L. interrogans was purified and crystallized, but despite laborious attempts no useful X ray diffraction data could be obtained. This challenge was solved by expressing a close orthologue from the related saprophytic species L. biflexa. Three different crystal forms were obtained: a primitive and a centred monoclinic form, as well as a hexagonal variant. All forms diffracted X-rays to suitable resolutions for crystallographic analyses, with the hexagonal type typically reaching the highest limits of 2.0 Å and better. A variation of the quick-soaking procedure resulted in an iodide derivative that was instrumental for single-wavelength anomalous diffraction methods.
履歴
登録2019年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar coiling protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,83015
ポリマ－32,3861
非ポリマー1,44414
水4,288238
1
A: Flagellar coiling protein A
ヘテロ分子

A: Flagellar coiling protein A
ヘテロ分子

A: Flagellar coiling protein A
ヘテロ分子

A: Flagellar coiling protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,31960
ポリマ－129,5434
非ポリマー5,77756
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+11
Buried area19950 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area51240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.360, 132.360, 67.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-669-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Flagellar coiling protein A


分子量: 32385.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira biflexa serovar Patoc (strain Patoc 1 / ATCC 23582 / Paris) (バクテリア)
株: Patoc 1 / ATCC 23582 / Paris / 遺伝子: LEPBI_I0267 / プラスミド: pQE80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami 2 (DE3) / 参照: UniProt: B0STJ8
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: PEG 8000, Na/K phosphate, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→67.36 Å / Num. obs: 27914 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 31.67 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.946.82.12817420.2180.882.30999.3
9.1-67.364.40.0473200.9770.0250.05398.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
TRUNCATEデータ削減
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.9→58.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.144 / SU Rfree Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.121
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1494 5.36 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.195 27881 99.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 141.18 Å2 / Biso mean: 40.76 Å2 / Biso min: 14.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1875 Å20 Å20 Å2
2---1.1875 Å20 Å2
3---2.375 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→58.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1979 0 90 240 2309
Biso mean--61.17 50.51 -
残基数----237
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d796SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes363HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2161HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion259SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2690SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2161HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2907HARMONIC20.86
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.71
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 35 6.27 %
Rwork0.2795 523 -
all0.2788 558 -
obs--99.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.56191.5220.21370.9035-1.41064.6867-0.0525-0.52120.11010.30150.01470.1238-0.7999-0.22010.03770.05120.04330.01230.0298-0.0477-0.151242.478222.894928.0681
22.2368-1.0811.55311.7895-0.41582.6176-0.0905-0.44290.19520.253-0.11520.0904-0.1482-0.18250.2057-0.0687-0.00090.0301-0.0347-0.01130.037229.75637.305330.8527
38.3866-3.04762.76642.2047-1.08761.0836-0.01810.0321-0.35910.1294-0.07680.0207-0.00710.20520.0949-0.09260.0063-0.0027-0.02780.05390.024442.2375-2.565925.493
41.50510.0161-3.3771-0.4831-0.2672.4750.0444-0.0365-0.2281-0.04780.0569-0.21110.2411-0.1309-0.1013-0.02980.0203-0.02220.12420.02210.206972.7116-12.29925.7458
58.1628-1.83920.89140.77590.227500.06510.6246-0.42390.0038-0.04640.0280.03720.1685-0.0187-0.04490.0587-0.00860.0463-0.01230.081249.9521-3.462116.7384
65.5993-0.9707-0.10591.2314-0.11260.10370.09760.07810.1602-0.0445-0.14080.111-0.05140.04090.0432-0.07620.0397-0.0186-0.0661-0.01620.015931.680410.749817.7174
74.62661.2673-0.21232.6235-2.14.86740.09370.14350.1613-0.0156-0.1380.2394-0.3419-0.00430.0443-0.14430.0157-0.0347-0.14520.0247-0.128539.80915.599812.9317
82.5418-0.3239-1.97923.4163-1.68757.53010.11340.12570.04060.0679-0.4789-0.3713-0.31280.87330.3655-0.168-0.0329-0.0598-0.00280.1315-0.057849.986120.52086.4383
95.23031.39360.09211.84853.24592.9588-0.1531-0.06910.09650.21130.0752-0.0523-0.28170.12920.07790.4053-0.4754-0.1051-0.05140.0288-0.035951.287635.37815.0935
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|56 - A|77 }A56 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|78 - A|97 }A78 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|98 - A|129 }A98 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|130 - A|138 }A130 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|139 - A|177 }A139 - 177
6X-RAY DIFFRACTION6{ A|178 - A|207 }A178 - 207
7X-RAY DIFFRACTION7{ A|208 - A|229 }A208 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8{ A|230 - A|275 }A230 - 275
9X-RAY DIFFRACTION9{ A|276 - A|289 }A276 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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