PDB-6nqv: Crystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nqv

タイトル

Crystal structure of fast switching M159T mutant of fluorescent protein Dronpa (Dronpa2), Y63(3-CH3Y)

要素

Fluorescent protein Dronpa

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Dronpa2

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Lin, C.-Y. / Romei, M.G. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	27738	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	118044	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Electrostatic control of photoisomerization pathways in proteins.
著者: Romei, M.G. / Lin, C.Y. / Mathews, I.I. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.4	2020年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.5	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nqv.cif.gz	686.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nqv.ent.gz	574.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nqv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nqv_validation.pdf.gz	529.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nqv_full_validation.pdf.gz	607.1 KB	表示
XML形式データ	6nqv_validation.xml.gz	75.6 KB	表示
CIF形式データ	6nqv_validation.cif.gz	95 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/6nqv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nqjC 6nqkC 6nqlC 6nqnC 6nqoC 6nqpC 6nqqC 6nqrC 6nqsC 4utsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nqr-1 6nqr-2 6nqp-2 6nql-1 4dxn-1 2btj-d 2z6x-1 4izn-1 2z6y-d 2h8q-2 2h8q-1 4dxp-1 1zgq-2 2gx0-d 6nqk-2 4izn-2 2z6x-2 3cgl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (4) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

F: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa

H: Fluorescent protein Dronpa

232 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluorescent protein Dronpa

G: Fluorescent protein Dronpa

C: Fluorescent protein Dronpa

E: Fluorescent protein Dronpa

登録者が定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Fluorescent protein Dronpa

D: Fluorescent protein Dronpa

B: Fluorescent protein Dronpa

H: Fluorescent protein Dronpa

登録者が定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.988, 85.729, 143.006
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fluorescent protein Dronpa 分子量: 28975.604 Da / 分子数: 8 / 変異: M159T, E218G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物) 遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl at pH 7.4, 0.1 M MgCl2, 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.195 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.195 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→39.344 Å / Num. obs: 51870 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 42.7 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.2 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 3833 / CC_1/2: 0.842 / R_rim(I) all: 1.38 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13rc2_2986: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4UTS

4uts

解像度: 2.7→39.344 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 39.71

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2953	1962	3.8 %
R_work	0.2552	-	-
obs	0.2567	51632	97.02 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.344 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13764	0	0	171	13935

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	14268
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.236	19304
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.168	10363
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1974
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2523

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7675	0.3874	134	0.3601	3593	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7675-2.8423	0.3785	113	0.3398	3576	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8423-2.9259	0.3903	168	0.3425	3548	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9259-3.0203	0.3605	136	0.3297	3527	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0203-3.1282	0.3447	141	0.3076	3541	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1282-3.2534	0.398	142	0.3005	3595	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2534-3.4014	0.3072	143	0.2669	3539	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4014-3.5806	0.2873	140	0.2492	3557	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5806-3.8048	0.2808	139	0.2432	3303	X-RAY DIFFRACTION	90
3.8048-4.0983	0.2829	135	0.2264	3577	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0983-4.5102	0.2586	153	0.2084	3592	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5102-5.1616	0.2421	134	0.2013	3586	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1616-6.4983	0.2677	150	0.2325	3614	X-RAY DIFFRACTION	98
6.4983-39.3481	0.2404	134	0.239	3522	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3406	-0.4394	0.3887	0.8164	-0.301	1.0783	-0.0588	0.2157	0.1069	-0.0724	0.0304	-0.0899	-0.1909	0.2611	0.0577	1.2863	-0.0174	0.0642	0.3398	0.0136	0.3357	26.8325	17.653	57.4538
2	1.485	-0.0772	0.2875	0.9774	-0.0296	0.7098	-0.1388	-0.2792	0.0798	-0.038	0.1419	0.0521	-0.277	-0.3571	0.0764	0.8897	0.0407	0.0702	0.0629	-0.0588	0.2872	47.0491	-22.1643	13.6685
3	1.4924	0.0525	0.1174	1.5902	0.2803	1.4458	0.1589	0.253	-0.0369	-0.1176	-0.1889	-0.1951	0.046	0.2367	0.0305	1.1989	0.0582	0.0842	0.4569	0.0423	0.3474	68.0129	-39.6098	53.9254
4	1.6428	0.1432	0.2505	1.3679	0.2111	1.3231	0.0675	-0.2266	0.0766	0.073	-0.0832	0.0945	0.0173	-0.1856	-0.0365	0.6107	-0.0745	0.0645	0.2248	-0.0318	0.2536	85.9523	5.9227	17.4439
5	1.0262	-0.1478	-0.2799	0.704	0.1002	1.469	0.0536	0.1498	-0.0022	0.0489	-0.0802	0.1095	-0.0027	-0.1112	0.0452	1.1931	0.0258	0.0309	0.4556	-0.07	0.2972	39.7873	-26.9351	53.6947
6	1.0553	0.3053	-0.0839	1.6236	0.3558	1.5076	0.119	-0.1655	0.076	0.0126	-0.0938	-0.1321	-0.1729	0.2318	-0.0655	0.5721	-0.0696	0.0405	0.2295	0.0104	0.2188	34.044	19.0317	17.5164
7	1.5358	-0.1978	-0.1044	1.1382	-0.0498	1.3135	-0.1929	0.0643	-0.0993	0.0508	0.1732	0.311	0.3717	-0.166	0.0469	1.2393	-0.0164	-0.0079	0.3102	-0.0296	0.3342	80.8138	1.2702	57.5271
8	1.4935	0.4212	-0.4871	1.3554	-0.1242	0.9598	-0.0454	-0.2486	-0.1638	0.221	0.0118	-0.2461	0.1075	0.3115	-0.023	0.8757	0.067	-0.003	0.2229	0.0267	0.2912	72.9055	-38.8549	13.7729

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 2 through 220)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 4 through 220)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 3 through 220)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 3 through 220)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 2 through 220)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 2 through 220)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain 'G' and resid 2 through 220)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain 'H' and resid 2 through 220)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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