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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nqe | ||||||
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タイトル | Xanthomonas citri PGM Apo-Dephospho at room temperature | ||||||
![]() | Phosphoglucomutase | ||||||
![]() | ISOMERASE / phosphoglucomutase | ||||||
機能・相同性 | ![]() intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stiers, K.M. / Beamer, L.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and dynamical description of the enzymatic reaction of a phosphohexomutase. 著者: Stiers, K.M. / Graham, A.C. / Zhu, J.S. / Jakeman, D.L. / Nix, J.C. / Beamer, L.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6nn1C ![]() 6nn2C ![]() 6nnnC ![]() 6nnoC ![]() 6nnpC ![]() 6nnsC ![]() 6nntC ![]() 6nnuC ![]() 6nolC ![]() 6noqC ![]() 6np8C ![]() 6npxC ![]() 6nqfC ![]() 6nqgC ![]() 5bmnS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51351.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.44 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2M MgCl, 0.1M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→53.003 Å / Num. obs: 37952 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 2.081 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 2257 / CC1/2: 0.375 / Rpim(I) all: 0.852 / Rrim(I) all: 2.254 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5BMN 解像度: 1.85→53.003 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.64
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→53.003 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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