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Yorodumi- PDB-5bmn: Crystal Structure of APO form of Phosphoglucomutase from Xanthomo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5bmn | ||||||
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Title | Crystal Structure of APO form of Phosphoglucomutase from Xanthomonas citri | ||||||
Components | Phosphoglucomutase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / Phosphoglucomutase citrus canker | ||||||
Function / homology | Function and homology information intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xanthomonas axonopodis pv. citri (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.27 Å | ||||||
Authors | Goto, L.S. / Pereira, H.M. / Novo Mansur, M.T.M. / Brandao-Neto, J. | ||||||
Citation | Journal: Biochim.Biophys.Acta / Year: 2016 Title: Structural and functional characterization of the phosphoglucomutase from Xanthomonas citri subsp. citri. Authors: Goto, L.S. / Vessoni Alexandrino, A. / Malvessi Pereira, C. / Silva Martins, C. / D'Muniz Pereira, H. / Brandao-Neto, J. / Marques Novo-Mansur, M.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5bmn.cif.gz | 198.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5bmn.ent.gz | 155.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5bmn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5bmn_validation.pdf.gz | 429.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5bmn_full_validation.pdf.gz | 431.1 KB | Display | |
Data in XML | 5bmn_validation.xml.gz | 23.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5bmn_validation.cif.gz | 37 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/5bmn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5bmpC 5kl0C 2k2yS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 51217.473 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (bacteria) Strain: 306 / Gene: xanA, XAC3579 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 (DE3) References: UniProt: Q8PGN7, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) |
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#2: Chemical | ChemComp-MG / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 12.5 % PEG 1000, 12.5 % PEG 3350, 12.5 % MPD, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MOPS/HEPES pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.96861 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 14, 2013 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.96861 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.27→52.62 Å / Num. obs: 112663 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 20 | ||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2K2Y Resolution: 1.27→35.096 Å / SU ML: 0.1 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 16.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.1 Å2 / Biso mean: 20.7957 Å2 / Biso min: 9.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.27→35.096 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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