PDB-6npm: Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6npm

タイトル

Crystal structure of Epstein-Barr Virus Nuclear Antigen-1, EBNA1, bound to fragments

要素

Epstein-Barr nuclear antigen 1

キーワード

viral protein/inhibitor / EBNA1 / DNA binding protein / Epstein-Barr Virus / viral protein / viral protein-inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell PML body / viral latency / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / enzyme-substrate adaptor activity / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / regulation of DNA replication / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / endonuclease activity / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.603 Å

データ登録者

Messick, T.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2019
タイトル: Structure-based design of small-molecule inhibitors of EBNA1 DNA binding blocks Epstein-Barr virus latent infection and tumor growth.
著者: Messick, T.E. / Smith, G.R. / Soldan, S.S. / McDonnell, M.E. / Deakyne, J.S. / Malecka, K.A. / Tolvinski, L. / van den Heuvel, A.P.J. / Gu, B.W. / Cassel, J.A. / Tran, D.H. / Wassermann, B.R. ...

履歴

登録	2019年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6npm.ent.gz	144.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6npm_validation.pdf.gz	450 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6npm_full_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示
XML形式データ	6npm_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	6npm_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6npm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/6npm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6npiC 6nppC 1vhiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6npp-d 2e9v-1 4ygd-1 4ygc-1 2ywp-d 5opv-d 3jvr-d 6npi-d 5svv-2 6vh6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Epstein-Barr nuclear antigen 1

B: Epstein-Barr nuclear antigen 1

ヘテロ分子

30.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, EBNA1 is a dimer in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.458, 67.951, 69.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Epstein-Barr nuclear antigen 1 / EBV nuclear antigen 1 分子量: 15306.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 / 遺伝子: EBNA1, BKRF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03211
#2: 化合物	ChemComp-KVD / 5-(phenylethynyl)pyridine-3-carboxylic acid 分子量: 223.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₉NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 % / 解説: Rectangular rods
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 50 mM MES pH 6.5, 0-100 mM NaCl, 10 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→30.955 Å / Num. obs: 37306 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 13.44 Å² / Net I/σ(I): 41.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2574 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VHI

1vhi

解像度: 1.603→30.955 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1696	2003	5.37 %
R_work	0.1432	-	-
obs	0.1446	37305	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.603→30.955 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2101	0	17	447	2565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2238
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.02	3051
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.37	1831
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	341
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	403

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6033-1.6434	0.1772	142	0.1476	2432	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6434-1.6879	0.1816	142	0.1439	2496	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6879-1.7375	0.1833	145	0.1436	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7375-1.7936	0.1667	135	0.1437	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7936-1.8577	0.1834	150	0.1469	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8577-1.9321	0.1861	139	0.1547	2523	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9321-2.02	0.1683	142	0.1425	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.1265	0.17	139	0.1362	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1265-2.2596	0.1682	144	0.1381	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2596-2.434	0.1763	145	0.1334	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.434-2.6789	0.1508	149	0.1373	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6789-3.0662	0.1706	141	0.1419	2554	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0662-3.8619	0.1701	144	0.1416	2547	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8619-30.961	0.1631	146	0.1534	2584	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0416	0.9559	-3.1989	0.3245	-1.0097	3.3646	-0.1476	-0.3553	0.3706	0.3768	0.0359	0.0602	0.2035	0.5743	0.2649	0.2717	0.0322	0.0038	0.2523	-0.04	0.2307	-17.3435	5.3738	21.7741
2	4.6941	0.3512	-0.5576	0.8066	0.0716	1.3229	0.066	-0.005	0.0665	-0.0107	-0.1402	0.0359	-0.1117	-0.037	-0.0164	0.1465	0.0039	-0.0001	0.1151	-0.0341	0.1331	-5.1492	-1.1375	15.526
3	2.0374	0.1157	0.7834	1.5913	2.0381	8.2244	0.0493	0.2569	0.2172	-0.3746	0.2057	-0.0279	-0.6959	0.4415	-0.3389	0.2287	-0.0433	0.0145	0.1629	0.0177	0.1787	7.0852	-1.4644	-1.0217
4	0.9563	0.0352	0.1581	0.872	0.108	1.0964	-0.0385	0.0043	-0.0211	-0.0217	0.0039	-0.0138	0.1327	0.0258	0.0117	0.101	0.002	-0.0132	0.0735	-0.0081	0.0975	-3.9665	-15.181	6.9927
5	0.6526	-0.0525	-0.0616	0.8751	0.0914	1.5539	0.0467	-0.0372	0.0549	0.0422	-0.0593	0.0274	-0.1529	-0.0803	-0.0249	0.1181	0.0075	0.0019	0.084	-0.0096	0.1083	-8.7419	-8.3156	6.6871
6	0.8766	0.2908	-0.38	2.5384	-0.4529	1.5153	0.0078	-0.0517	-0.2163	0.2563	0.1158	0.4334	0.2008	-0.2141	-0.0376	0.1672	-0.0236	-0.0075	0.1181	0.018	0.1845	-9.1634	-33.6369	8.9153
7	0.9008	-1.0359	-0.5677	3.7301	2.5678	2.7951	0.0311	-0.0308	-0.1212	0.1692	-0.2961	0.4845	0.2645	-0.2139	0.354	0.1315	-0.0252	0.0169	0.1133	0.0092	0.1757	-11.3528	-31.6346	6.2028
8	0.7028	0.3777	-0.0487	0.4312	-0.312	0.6069	0.0061	-0.0082	0.0459	0.0137	-0.0201	0.0141	-0.0093	0.0871	-0.0016	0.0998	-0.0007	0.0051	0.0859	-0.0073	0.1084	2.0084	-10.7085	4.5808
9	0.942	-0.0549	-0.6695	1.0213	0.0046	1.6277	0.0086	-0.1439	0.079	0.1341	0.0187	0.01	0.1155	0.1174	-0.0026	0.1234	0.0003	-0.0068	0.1199	-0.0135	0.1084	-1.3038	-13.6345	17.0876
10	3.6151	-1.044	-0.7769	1.3283	0.9315	1.0488	0.0314	0.4919	0.0261	-0.1553	-0.1286	-0.0498	0.0851	0.0654	0.0002	0.1351	-0.0057	0.0137	0.1587	0.0026	0.1306	0.8794	-14.8926	-7.4225
11	6.9069	-0.0679	-0.8054	2.2211	1.0484	3.6667	-0.0577	-0.0051	-0.6849	-0.1418	-0.2097	0.6123	0.4513	-0.4358	0.1433	0.1939	-0.0277	-0.024	0.1567	-0.0493	0.2631	-11.1015	-40.0008	-11.6982
12	1.8107	-0.1511	1.3188	4.2461	-1.2173	1.304	0.2293	0.1979	-0.285	0.0903	-0.0567	-0.3489	0.2139	0.7167	-0.2317	0.1918	0.0433	-0.0248	0.2419	-0.0551	0.1875	3.1242	-38.9763	-12.7769
13	3.9094	0.8069	-0.6648	1.7728	1.4304	5.649	0.0651	0.1572	-0.6504	-0.1775	0.1901	-0.2617	0.9895	0.4769	-0.296	0.2649	0.0727	-0.027	0.1979	-0.0389	0.2155	8.9413	-38.715	-2.8696
14	0.1142	-0.023	-0.1121	0.7511	-0.0737	0.7185	-0.0429	-0.039	0.0157	0.0589	-0.0078	-0.0137	-0.0656	0.0204	0.0451	0.1068	0.0032	0.0029	0.0951	0.0086	0.1128	0.269	-26.9681	-0.1491
15	0.4227	0.0151	0.1034	0.7638	0.2949	1.0236	0.0242	0.0157	-0.0847	0.0217	-0.0143	0.0517	0.1105	-0.0797	0.0138	0.1179	-0.0005	-0.0013	0.089	-0.0034	0.1358	-8.1576	-31.6314	-3.9611
16	1.8623	1.2147	-0.5989	4.476	-2.2771	3.0018	0.03	0.2746	0.2042	0.1985	0.2608	0.2077	-0.2262	-0.1398	-0.224	0.1368	0.0208	0.0119	0.1171	0.0387	0.1222	-8.5394	-6.8354	-7.218
17	2.83	1.3203	0.3399	2.7325	1.092	2.3789	0.1703	0.1457	0.1367	0.0282	-0.1191	0.0729	-0.1135	-0.2049	0.0336	0.1051	0.0376	0.0006	0.1258	0.0188	0.1405	-11.4809	-5.9912	-3.8438
18	0.4798	-0.2298	0.3408	0.6784	-0.4381	0.822	0.0002	0.1029	-0.0644	-0.0234	-0.0242	0.013	0.0003	0.0758	0.0239	0.1019	0.0059	-0.0007	0.0868	-0.0056	0.1133	1.3679	-27.7653	-5.4352
19	2.3968	0.1552	1.2485	1.5337	0.1091	2.0852	-0.0289	0.2799	-0.1136	-0.2239	0.0267	-0.0053	-0.2162	0.0807	0.0251	0.1465	0.022	-0.0023	0.1695	-0.0076	0.1149	-3.7312	-24.9301	-15.4169
20	4.4758	2.071	0.0302	2.3664	0.3535	1.2715	0.0128	-0.3028	0.1238	0.0333	-0.0806	-0.026	0.0319	0.071	0.0752	0.1367	0.024	-0.0078	0.1154	-0.0015	0.1158	2.6605	-23.9821	9.0078

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 468:474)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 475:492)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 493:501)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 502:516)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 517:537)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 538:549)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 550:560)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 561:576)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 577:599)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 600:607)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 474:483)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 484:491)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 492:497)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 498:514)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 515:537)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 538:548)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 549:558)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 559:582)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 583:598)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 599:607)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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