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- PDB-6npa: X-ray crystal structure of TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6npa
タイトルX-ray crystal structure of TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase, with (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate
要素TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / organophosphonate / iron oxygenase / HD-domain / gene annotation / enzyme
機能・相同性HD domain / 酸化還元酵素 / HD domain / HD/PDEase domain / : / : / Chem-KVP / TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase
機能・相同性情報
生物種Leisingera caerulea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Rajakovich, L.J. / Mitchell, A.J. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1330784 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: A New Microbial Pathway for Organophosphonate Degradation Catalyzed by Two Previously Misannotated Non-Heme-Iron Oxygenases.
著者: Rajakovich, L.J. / Pandelia, M.E. / Mitchell, A.J. / Chang, W.C. / Zhang, B. / Boal, A.K. / Krebs, C. / Bollinger Jr., J.M.
履歴
登録2019年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase
B: TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase
C: TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase
D: TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,15816
ポリマ－92,2324
非ポリマー92712
水4,702261
1
A: TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1703
ポリマ－23,0581
非ポリマー1122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2815
ポリマ－23,0581
非ポリマー2234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3544
ポリマ－23,0581
非ポリマー2963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3544
ポリマ－23,0581
非ポリマー2963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.110, 151.322, 135.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
TmpB, (R)-1-hydroxy-2-trimethylaminoethylphosphonate oxygenase


分子量: 23057.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leisingera caerulea (バクテリア)
プラスミド: pET-28a(+) / 詳細 (発現宿主): NdeI/XhoI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8H040*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-KVP / (2R)-2-hydroxy-N,N,N-trimethyl-2-phosphonoethan-1-aminium


分子量: 184.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mg/mL TmpB, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 27-33% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月6日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 76571 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.902 / Net I/σ(I): 7.6 / Num. measured all: 568175
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.73-1.767.40.9570.8740.381.030.719100
1.76-1.797.40.8230.9010.3260.8860.755100
1.79-1.837.40.6770.9280.2670.7280.785100
1.83-1.867.40.5220.9580.2060.5620.796100
1.86-1.97.50.4480.970.1760.4820.848100
1.9-1.957.50.3750.9780.1470.4030.861100
1.95-27.50.3130.9830.1230.3360.912100
2-2.057.50.2630.9870.1030.2830.942100
2.05-2.117.50.2210.9890.0870.2381.003100
2.11-2.187.50.1810.9920.0710.1941.035100
2.18-2.267.50.1510.9940.0590.1621.047100
2.26-2.357.50.1310.9940.0520.1411.05999.9
2.35-2.457.50.1070.9960.0420.1151.023100
2.45-2.587.50.0910.9960.0360.0980.967100
2.58-2.757.50.0790.9970.0310.0850.98599.9
2.75-2.967.40.0730.9970.0290.0781.04499.9
2.96-3.267.40.0650.9970.0250.071.07799.9
3.26-3.737.40.0520.9980.020.0560.93599.8
3.73-4.697.20.0360.9990.0140.0390.7399.6
4.69-506.90.0320.9990.0130.0350.48899.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4MLM

4mlm


解像度: 1.73→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.853 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.129
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 3773 5 %RANDOM
Rwork0.2224 ---
obs0.2238 71844 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.85 Å2 / Biso mean: 23.865 Å2 / Biso min: 8.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5882 0 32 261 6175
Biso mean--20.99 26.72 -
残基数----737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0196036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0671.9518143
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.774312887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4985731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.08624.41322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.794151028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1051538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021419
LS精密化 シェル解像度: 1.718→1.763 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 242 -
Rwork0.295 4372 -
all-4614 -
obs--81.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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