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万見
- PDB-6nov: A Fab derived from ixekizumab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nov
タイトルA Fab derived from ixekizumab
要素
  • Fab Heavy Chain
  • Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL17 / IL-17 / Ixekizumab / Fab / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Durbin, J.D. / Clawson, D.K. / Lu, F. / Tian, Y. / Lu, J. / Schmitt, M. / Atwell, S.
引用
ジャーナル: Mabs / 年: 2019
タイトル: Development of tibulizumab, a tetravalent bispecific antibody targeting BAFF and IL-17A for the treatment of autoimmune disease.
著者: Benschop, R.J. / Chow, C.K. / Tian, Y. / Nelson, J. / Barmettler, B. / Atwell, S. / Clawson, D. / Chai, Q. / Jones, B. / Fitchett, J. / Torgerson, S. / Ji, Y. / Bina, H. / Hu, N. / Ghanem, M. ...著者: Benschop, R.J. / Chow, C.K. / Tian, Y. / Nelson, J. / Barmettler, B. / Atwell, S. / Clawson, D. / Chai, Q. / Jones, B. / Fitchett, J. / Torgerson, S. / Ji, Y. / Bina, H. / Hu, N. / Ghanem, M. / Manetta, J. / Wroblewski, V.J. / Lu, J. / Allan, B.W.
#1: ジャーナル: Mol. Pharm. / 年: 2016
タイトル: Therapeutic Antibody Engineering To Improve Viscosity and Phase Separation Guided by Crystal Structure.
著者: Chow, C.K. / Allan, B.W. / Chai, Q. / Atwell, S. / Lu, J.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
C: Fab Heavy Chain
D: Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,3435
ポリマ－96,7964
非ポリマー5471
水5,837324
1
A: Fab Heavy Chain
B: Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9453
ポリマ－48,3982
非ポリマー5471
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
2
C: Fab Heavy Chain
D: Fab Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3982
ポリマ－48,3982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.404, 197.497, 44.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 Fab Heavy Chain


分子量: 24269.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab Light Chain


分子量: 24129.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 % / 解説: 150um plate
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 5000 MME/100 mM MES (pH 6.5)/200 mM ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→41.688 Å / Num. obs: 66339 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 35.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.146 / Rsym value: 0.127 / Net I/av σ(I): 3.7 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 467195
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.05-2.147.30.7930.85836780340.340.9210.7932.199.9
2.14-2.257.20.5791.25541776690.2490.6740.5792.799.7
2.25-2.377.20.4441.45229072940.1930.5210.4443.499.6
2.37-2.517.10.3232.34946669200.140.3780.3234.299.4
2.51-2.687.10.2362.94576764650.1040.2780.2365.599.3
2.68-2.970.1594.34242060600.0710.1880.1597.499.1
2.9-3.186.90.1125.83866755910.0490.1310.1129.998.5
3.18-3.556.90.1015.63496350810.0440.1150.10113.399.6
3.55-4.16.80.1065.13121545680.0440.1190.1061699.8
4.1-5.026.90.09362676338850.0390.1040.09319.499.9
5.02-7.170.058102150130720.0240.0650.05820100
7.1-41.6886.10.0415.11035917000.0190.0460.0418.194.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
SCALA3.3.16データスケーリング
Cootモデル構築
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU R Cruickshank DPI: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.245 / SU Rfree Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.204
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2822 4.85 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.24 58224 99.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 136.81 Å2 / Biso mean: 44.77 Å2 / Biso min: 14.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.1763 Å20 Å20 Å2
2--14.7165 Å20 Å2
3----26.8928 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.14→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6427 0 30 324 6781
Biso mean--45.31 44.03 -
残基数----861
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2143SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1111HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6657HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion887SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7558SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6657HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9084HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.28
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.38
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3779 52 4.46 %
Rwork0.2919 1113 -
all0.2953 1165 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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