+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nov | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A Fab derived from ixekizumab | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / IL17 / IL-17 / Ixekizumab / Fab / antibody | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å | ||||||
データ登録者 | Durbin, J.D. / Clawson, D.K. / Lu, F. / Tian, Y. / Lu, J. / Schmitt, M. / Atwell, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mabs / 年: 2019 タイトル: Development of tibulizumab, a tetravalent bispecific antibody targeting BAFF and IL-17A for the treatment of autoimmune disease. 著者: Benschop, R.J. / Chow, C.K. / Tian, Y. / Nelson, J. / Barmettler, B. / Atwell, S. / Clawson, D. / Chai, Q. / Jones, B. / Fitchett, J. / Torgerson, S. / Ji, Y. / Bina, H. / Hu, N. / Ghanem, M. ...著者: Benschop, R.J. / Chow, C.K. / Tian, Y. / Nelson, J. / Barmettler, B. / Atwell, S. / Clawson, D. / Chai, Q. / Jones, B. / Fitchett, J. / Torgerson, S. / Ji, Y. / Bina, H. / Hu, N. / Ghanem, M. / Manetta, J. / Wroblewski, V.J. / Lu, J. / Allan, B.W. #1: ジャーナル: Mol. Pharm. / 年: 2016 タイトル: Therapeutic Antibody Engineering To Improve Viscosity and Phase Separation Guided by Crystal Structure. 著者: Chow, C.K. / Allan, B.W. / Chai, Q. / Atwell, S. / Lu, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6nov.cif.gz | 177.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6nov.ent.gz | 144.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6nov.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6nov_validation.pdf.gz | 624 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6nov_full_validation.pdf.gz | 634.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6nov_validation.xml.gz | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6nov_validation.cif.gz | 49.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6nov ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6nov | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24269.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 24129.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: 化合物 | ChemComp-12P / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 % / 解説: 150um plate |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28% PEG 5000 MME/100 mM MES (pH 6.5)/200 mM ammonium phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月29日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.05→41.688 Å / Num. obs: 66339 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 35.6 Å2 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.146 / Rsym value: 0.127 / Net I/av σ(I): 3.7 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 467195 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.14→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.872 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.842 / SU R Cruickshank DPI: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.245 / SU Rfree Blow DPI: 0.204 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.204
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 136.81 Å2 / Biso mean: 44.77 Å2 / Biso min: 14.19 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.14→19.87 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.14→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
|