PDB-6not: Crystal structure of a full length elongation factor G (EF-G) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6not

タイトル

Crystal structure of a full length elongation factor G (EF-G) from Rickettsia prowazekii

要素

Elongation factor G

キーワード

TRANSLATION / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / structural genomics / GTPase / multi-domain protein / RNA-binding protein / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Rickettsia prowazekii (発疹チフスリケッチア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a full length elongation factor G (EF-G) from Rickettsia prowazekii
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

履歴

登録	2019年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6not.cif.gz	492.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6not.ent.gz	401.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6not.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6not_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6not_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	6not_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	6not_validation.cif.gz	58.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6not ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6not	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4juw PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5h7l-1 2bm1-d 6pa1-1 6v7y-d 2p2c-1 6efn-1 4h3v-d 2iir-4 3scl-1 3slc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-RiprA.18013.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (19) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (19) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (12) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (5) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Elongation factor G

B: Elongation factor G

158 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Elongation factor G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
78.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Elongation factor G

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.670, 79.560, 95.470
Angle α, β, γ (deg.)	103.850, 95.320, 92.170
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Elongation factor G / EF-G 分子量: 78877.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii (strain Madrid E) (発疹チフスリケッチア) 株: Madrid E / 遺伝子: fusA, RP132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41084
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: RiprA.18013.a.B1.PW38427 at 10.98 mg/mL against MCSG1 screen condition H6: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 3.5 M sodium formate with direct cryo, crystal tracking ID 299862h6, unique puck ID pxh5-7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→32.597 Å / Num. obs: 62945 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.284 % / B_iso Wilson estimate: 70.926 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04 / R_rim(I) all: 0.047 / Χ²: 1.015 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 206687 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.4-2.46	3.343	0.596	2.05	15550	4768	4651	0.773	0.712	97.5
2.46-2.53	3.334	0.452	2.6	15062	4616	4518	0.868	0.54	97.9
2.53-2.6	3.334	0.355	3.34	14645	4496	4392	0.907	0.424	97.7
2.6-2.68	3.335	0.267	4.37	14234	4355	4268	0.943	0.318	98
2.68-2.77	3.329	0.199	5.59	13822	4236	4152	0.966	0.238	98
2.77-2.87	3.327	0.151	7.33	13442	4116	4040	0.98	0.18	98.2
2.87-2.98	3.332	0.108	9.77	12818	3920	3847	0.99	0.129	98.1
2.98-3.1	3.306	0.081	12.58	12344	3800	3734	0.994	0.096	98.3
3.1-3.24	3.297	0.063	15.83	11823	3647	3586	0.996	0.075	98.3
3.24-3.39	3.277	0.05	19.31	11332	3512	3458	0.997	0.06	98.5
3.39-3.58	3.259	0.042	23.32	10568	3297	3243	0.997	0.05	98.4
3.58-3.79	3.24	0.037	25.96	10052	3140	3102	0.998	0.044	98.8
3.79-4.06	3.237	0.034	29.06	9277	2910	2866	0.998	0.04	98.5
4.06-4.38	3.215	0.03	31.96	8803	2768	2738	0.998	0.035	98.9
4.38-4.8	3.235	0.028	34.14	8062	2510	2492	0.998	0.033	99.3
4.8-5.37	3.222	0.028	34.24	7289	2296	2262	0.998	0.033	98.5
5.37-6.2	3.177	0.029	33.88	6266	1991	1972	0.998	0.035	99
6.2-7.59	3.163	0.028	34.97	5285	1696	1671	0.998	0.034	98.5
7.59-10.73	3.161	0.027	36.55	4112	1324	1301	0.998	0.032	98.3
10.73-32.597	2.916	0.028	34.97	1901	709	652	0.998	0.034	92

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	(dev_3374)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4juw

4juw
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.4→32.597 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 30.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.244	3132	4.98 %
R_work	0.1972	59759	-
obs	0.1995	62891	98.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 196.27 Å² / B_iso mean: 88.4532 Å² / B_iso min: 37.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→32.597 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9309	0	0	38	9347
B_iso mean	-	-	-	73.51	-
残基数	-	-	-	-	1266

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3999-2.4374	0.3596	119	0.3072	2721	2840	98
2.4374-2.4773	0.391	145	0.2954	2689	2834	97
2.4773-2.52	0.3412	151	0.2868	2719	2870	98
2.52-2.5658	0.3545	166	0.2757	2679	2845	98
2.5658-2.6152	0.3184	146	0.2646	2713	2859	98
2.6152-2.6685	0.3055	138	0.2685	2675	2813	98
2.6685-2.7265	0.354	145	0.2485	2726	2871	98
2.7265-2.7899	0.3201	144	0.2512	2705	2849	98
2.7899-2.8597	0.2736	119	0.2553	2745	2864	98
2.8597-2.9369	0.3407	147	0.2492	2714	2861	98
2.9369-3.0233	0.3498	137	0.26	2712	2849	98
3.0233-3.1208	0.2816	140	0.2536	2705	2845	98
3.1208-3.2322	0.2772	142	0.24	2736	2878	98
3.2322-3.3615	0.2746	142	0.2297	2707	2849	99
3.3615-3.5143	0.278	141	0.2251	2717	2858	99
3.5143-3.6994	0.2922	117	0.2064	2757	2874	98
3.6994-3.9308	0.2094	133	0.1944	2735	2868	99
3.9308-4.2337	0.2027	164	0.1611	2708	2872	99
4.2337-4.6587	0.1922	141	0.1454	2747	2888	99
4.6587-5.3303	0.1873	153	0.1493	2764	2917	99
5.3303-6.7059	0.2275	161	0.1932	2692	2853	99
6.7059-32.6001	0.2182	141	0.171	2693	2834	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.4002	3.9914	-5.1434	6.8001	-1.9948	3.2306	-0.0357	-0.0952	0.2229	-0.6059	0.0335	0.3696	-0.6545	0.2688	0.0408	0.6554	0.052	-0.036	0.3862	-0.0154	0.4209	-9.0123	4.7451	8.5611
2	3.5742	0.8888	-0.7478	2.1986	-0.1481	2.1568	-0.2201	0.2467	0.1288	-0.7144	0.1385	-0.0268	0.0895	0.302	0.072	0.6408	0.0532	-0.0294	0.3479	0.0147	0.4011	-9.0835	-1.3556	8.3214
3	3.0298	-0.4731	-1.1304	2.4611	-0.4184	2.7062	0.2411	-0.4188	1.1575	0.8735	-0.285	1.0259	-0.3413	-1.0327	-0.6961	-0.0595	0.047	0.2018	0.835	-0.0219	2.1527	-10.1687	12.0697	39.4055
4	3.1344	0.6235	-3.6444	1.4413	-0.3409	6.0165	-0.1128	-0.6219	0.1311	0.405	0.086	0.1747	0.6609	-0.079	0.0227	0.5721	0.0526	-0.0145	0.884	0.0183	0.4268	-4.3489	-9.4841	48.3929
5	2.5133	0.3414	1.2822	3.1844	2.623	5.2231	0.3027	-0.0271	0.001	0.1955	-0.233	-0.3912	-0.407	-0.1755	-0.1035	0.6112	0.0098	0.1027	0.5545	0.0713	0.439	27.9849	-22.8265	-49.5813
6	2.132	0.5467	0.2374	3.9937	0.7459	4.185	0.2882	-0.589	0.1696	0.8982	-0.2642	0.4649	-0.4113	-0.8683	-0.0928	0.6296	0.0054	0.1517	0.6358	0.0126	0.4976	20.0722	-24.0631	-46.6915
7	2.7339	1.1402	-0.5194	4.4067	-0.7089	3.4664	-0.0171	0.2411	0.1436	-0.759	0.0467	-0.6592	-0.1745	0.3073	-0.1246	0.6919	0.0702	0.1018	0.4291	-0.0306	0.6387	37.3198	-27.0149	-71.744
8	1.6833	0.324	-0.0397	2.4523	-0.292	3.9928	-0.1277	0.3772	-0.1366	-0.944	0.238	-0.1019	0.3404	-0.2745	-0.1207	1.1124	-0.0152	0.1175	0.4962	0.0407	0.487	31.4117	-5.6985	-85.5214

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 113 )	A	5 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 419 )	A	114 - 419
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 420 through 475 )	A	420 - 475
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 476 through 698 )	A	476 - 698
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -1 through 143 )	B	-1 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 144 through 351 )	B	144 - 351
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 352 through 469 )	B	352 - 469
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 470 through 698 )	B	470 - 698

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)