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- PDB-6not: Crystal structure of a full length elongation factor G (EF-G) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6not
タイトルCrystal structure of a full length elongation factor G (EF-G) from Rickettsia prowazekii
要素Elongation factor G
キーワードTRANSLATION / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / NIAID / structural genomics / GTPase / multi-domain protein / RNA-binding protein / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Alpha-Beta Plaits - #240 / : / Elongation factor G domain 2 / Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Elongation Factor G, domain II ...Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Alpha-Beta Plaits - #240 / : / Elongation factor G domain 2 / Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation factors / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor G
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia prowazekii (発疹チフスリケッチア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a full length elongation factor G (EF-G) from Rickettsia prowazekii
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor G
B: Elongation factor G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,7552
ポリマ－157,7552
非ポリマー00
水68538
1
A: Elongation factor G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8771
ポリマ－78,8771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Elongation factor G


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8771
ポリマ－78,8771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.670, 79.560, 95.470
Angle α, β, γ (deg.)103.850, 95.320, 92.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Elongation factor G / EF-G


分子量: 78877.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii (strain Madrid E) (発疹チフスリケッチア)
株: Madrid E / 遺伝子: fusA, RP132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41084
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: RiprA.18013.a.B1.PW38427 at 10.98 mg/mL against MCSG1 screen condition H6: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 3.5 M sodium formate with direct cryo, crystal tracking ID 299862h6, unique puck ID pxh5-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→32.597 Å / Num. obs: 62945 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.284 % / Biso Wilson estimate: 70.926 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 206687 / Scaling rejects: 4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.463.3430.5962.0515550476846510.7730.71297.5
2.46-2.533.3340.4522.615062461645180.8680.5497.9
2.53-2.63.3340.3553.3414645449643920.9070.42497.7
2.6-2.683.3350.2674.3714234435542680.9430.31898
2.68-2.773.3290.1995.5913822423641520.9660.23898
2.77-2.873.3270.1517.3313442411640400.980.1898.2
2.87-2.983.3320.1089.7712818392038470.990.12998.1
2.98-3.13.3060.08112.5812344380037340.9940.09698.3
3.1-3.243.2970.06315.8311823364735860.9960.07598.3
3.24-3.393.2770.0519.3111332351234580.9970.0698.5
3.39-3.583.2590.04223.3210568329732430.9970.0598.4
3.58-3.793.240.03725.9610052314031020.9980.04498.8
3.79-4.063.2370.03429.069277291028660.9980.0498.5
4.06-4.383.2150.0331.968803276827380.9980.03598.9
4.38-4.83.2350.02834.148062251024920.9980.03399.3
4.8-5.373.2220.02834.247289229622620.9980.03398.5
5.37-6.23.1770.02933.886266199119720.9980.03599
6.2-7.593.1630.02834.975285169616710.9980.03498.5
7.59-10.733.1610.02736.554112132413010.9980.03298.3
10.73-32.5972.9160.02834.9719017096520.9980.03492

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX(dev_3374)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4juw

4juw
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→32.597 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 30.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 3132 4.98 %
Rwork0.1972 59759 -
obs0.1995 62891 98.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 196.27 Å2 / Biso mean: 88.4532 Å2 / Biso min: 37.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→32.597 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9309 0 0 38 9347
Biso mean---73.51 -
残基数----1266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3999-2.43740.35961190.30722721284098
2.4374-2.47730.3911450.29542689283497
2.4773-2.520.34121510.28682719287098
2.52-2.56580.35451660.27572679284598
2.5658-2.61520.31841460.26462713285998
2.6152-2.66850.30551380.26852675281398
2.6685-2.72650.3541450.24852726287198
2.7265-2.78990.32011440.25122705284998
2.7899-2.85970.27361190.25532745286498
2.8597-2.93690.34071470.24922714286198
2.9369-3.02330.34981370.262712284998
3.0233-3.12080.28161400.25362705284598
3.1208-3.23220.27721420.242736287898
3.2322-3.36150.27461420.22972707284999
3.3615-3.51430.2781410.22512717285899
3.5143-3.69940.29221170.20642757287498
3.6994-3.93080.20941330.19442735286899
3.9308-4.23370.20271640.16112708287299
4.2337-4.65870.19221410.14542747288899
4.6587-5.33030.18731530.14932764291799
5.3303-6.70590.22751610.19322692285399
6.7059-32.60010.21821410.1712693283497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.40023.9914-5.14346.8001-1.99483.2306-0.0357-0.09520.2229-0.60590.03350.3696-0.65450.26880.04080.65540.052-0.0360.3862-0.01540.4209-9.01234.74518.5611
23.57420.8888-0.74782.1986-0.14812.1568-0.22010.24670.1288-0.71440.1385-0.02680.08950.3020.0720.64080.0532-0.02940.34790.01470.4011-9.0835-1.35568.3214
33.0298-0.4731-1.13042.4611-0.41842.70620.2411-0.41881.15750.8735-0.2851.0259-0.3413-1.0327-0.6961-0.05950.0470.20180.835-0.02192.1527-10.168712.069739.4055
43.13440.6235-3.64441.4413-0.34096.0165-0.1128-0.62190.13110.4050.0860.17470.6609-0.0790.02270.57210.0526-0.01450.8840.01830.4268-4.3489-9.484148.3929
52.51330.34141.28223.18442.6235.22310.3027-0.02710.0010.1955-0.233-0.3912-0.407-0.1755-0.10350.61120.00980.10270.55450.07130.43927.9849-22.8265-49.5813
62.1320.54670.23743.99370.74594.1850.2882-0.5890.16960.8982-0.26420.4649-0.4113-0.8683-0.09280.62960.00540.15170.63580.01260.497620.0722-24.0631-46.6915
72.73391.1402-0.51944.4067-0.70893.4664-0.01710.24110.1436-0.7590.0467-0.6592-0.17450.3073-0.12460.69190.07020.10180.4291-0.03060.638737.3198-27.0149-71.744
81.68330.324-0.03972.4523-0.2923.9928-0.12770.3772-0.1366-0.9440.238-0.10190.3404-0.2745-0.12071.1124-0.01520.11750.49620.04070.48731.4117-5.6985-85.5214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 113 )A5 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 419 )A114 - 419
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 420 through 475 )A420 - 475
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 476 through 698 )A476 - 698
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -1 through 143 )B-1 - 143
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 144 through 351 )B144 - 351
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 352 through 469 )B352 - 469
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 470 through 698 )B470 - 698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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