PDB-6nos: PD-L1 IgV domain V76T with fragment

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nos

タイトル

PD-L1 IgV domain V76T with fragment

要素

Programmed cell death 1 ligand 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fragment-based screening / Structure-based design / PD-L1 inhibitor / Cancer drug discovery / Immunotherapy

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of tumor necrosis factor superfamily cytokine production / positive regulation of activated CD8-positive, alpha-beta T cell apoptotic process / negative regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.701 Å

データ登録者

Zhao, B. / Perry, E.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	5T32GM065086	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	0922862	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	S10 RR025677	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	S10 RR026915	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国

引用

ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2019
タイトル: Fragment-based screening of programmed death ligand 1 (PD-L1).
著者: Perry, E. / Mills, J.J. / Zhao, B. / Wang, F. / Sun, Q. / Christov, P.P. / Tarr, J.C. / Rietz, T.A. / Olejniczak, E.T. / Lee, T. / Fesik, S.

履歴

登録	2019年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6nos.ent.gz	87.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nos.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6nos_validation.pdf.gz	699.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nos_full_validation.pdf.gz	702.1 KB	表示
XML形式データ	6nos_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	6nos_validation.cif.gz	14.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6nos ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/6nos	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6nm7C 6nm8C 6nnvC 6nojC 6np9C 1i8lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6noj-d 6nm7-d 5niu-2 5j8o-d 5n2f-d 6r3k-1 5niu-1 6nm8-d 5j89-1 6r3k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#204 - 2016年12月 PD-1 (PD-1) 類似性 (4) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (3) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (2) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#204 - 2016年12月
PD-1 (PD-1)
類似性 (4)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (3)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (2)
#231 - 2019年3月
麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Programmed cell death 1 ligand 1

B: Programmed cell death 1 ligand 1

ヘテロ分子

29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.014, 97.401, 33.182
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Programmed cell death 1 ligand 1 / Programmed death ligand 1 / B7 homolog 1 / B7-H1 分子量: 14551.618 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 18-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD274, B7H1, PDCD1L1, PDCD1LG1, PDL1 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NZQ7
#2: 化合物	ChemComp-KWA / 1-[5-(3,5-dichlorophenyl)furan-2-yl]-N-methylmethanamine 分子量: 256.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₁Cl₂NO

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.056 M sodium phosphate monobasic, 1.344 M potassium phosphate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月28日
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 7548 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.079 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.146 / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.469 / Num. unique obs: 354 / R_pim(I) all: 0.309 / R_rim(I) all: 0.566 / R_sym value: 0.649 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1I8L

1i8l

解像度: 2.701→29.421 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 23.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2754	601	9.99 %
R_work	0.1853	-	-
obs	0.1944	6015	75.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.701→29.421 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1925	0	16	0	1941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.415	2782
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.528	1220
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	311
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	353

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7008-2.9723	0.2827	57	0.2371	511	X-RAY DIFFRACTION	30
2.9723-3.4019	0.3345	151	0.223	1357	X-RAY DIFFRACTION	77
3.4019-4.2839	0.3207	190	0.1919	1719	X-RAY DIFFRACTION	95
4.2839-29.4223	0.2255	203	0.1594	1827	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3613	-0.6722	-0.936	1.3698	1.2634	1.2648	-0.2661	-0.4512	-0.0311	0.3875	0.2036	-0.0923	-0.0501	0.1407	-0.2487	0.4654	0.1359	-0.2264	0.3691	0.0246	-0.1341	24.2965	104.317	18.5511
2	0.185	0.3832	-0.2847	1.2273	-0.0031	1.1663	0.1979	0.3691	0.3639	0.1171	-0.1238	-0.5404	0.1156	0.4427	0.0165	-0.0108	0.0083	-0.0167	0.5606	-0.1383	0.4669	23.4939	110.5082	10.3854
3	2.1362	-0.6653	1.1267	2.1048	-0.3436	2.6515	-0.2718	0.2656	-0.7453	0.0613	-0.2808	0.2655	0.1471	0.0048	-0.0534	-0.0235	0.062	0.0775	0.3916	0.0633	0.4225	23.1028	99.63	4.0273
4	3.8935	0.3724	3.3651	1.1889	-0.0646	3.0361	0.1348	0.5717	-0.2898	-0.3978	0.0842	-0.0427	-0.1097	0.473	0.0075	0.497	0.2927	-0.1677	0.7235	-0.0201	0.4598	25.1885	100.0684	-3.7167
5	8.7788	2.5942	-0.1191	7.9171	-3.9724	2.1704	0.6146	0.9232	-0.5128	-0.8337	-0.1707	0.2857	-0.0238	0.0462	0.038	0.5266	-0.039	-0.1315	0.3115	-0.0255	0.3962	16.0011	107.4117	-4.8261
6	8.7892	0.1585	4.7669	4.6914	0.563	2.9553	-0.7418	1.1101	1.2867	-0.0239	-0.0317	-1.0517	-1.1226	0.9304	0.5395	0.2772	-0.1274	0.0526	0.3665	0.0468	0.7445	30.5496	110.2962	4.6714
7	3.2623	-0.0067	-0.1034	2.7003	-0.4257	0.9915	0.0173	0.3189	0.4335	-0.2738	-0.0437	-0.4674	-0.0498	0.2295	0.4756	0.1588	-0.1179	0.1414	0.2397	0.1305	0.1896	19.3226	106.2319	6.8162
8	2.9288	-2.2837	0.8964	2.6624	-0.8901	1.3367	-0.1986	-0.4749	-0.1068	0.3957	0.1161	0.3357	0.1394	-0.3707	0.12	0.1284	-0.1056	0.025	0.0873	-0.0283	0.3733	15.3383	104.6838	13.7048
9	4.8315	1.0779	0.4945	1.7106	-0.468	0.8536	-0.2832	0.7128	-0.5871	-0.4617	0.4555	0.0262	0.2826	-0.3196	-0.1847	0.3625	-0.3937	-0.2593	0.6526	0.1983	0.438	-1.9018	114.8391	0.1012
10	4.0048	0.9825	1.2039	0.6927	0.7355	1.0363	-0.2097	0.4734	0.2944	-0.1198	0.0561	-0.0307	-0.1807	0.0785	-0.1283	0.4548	-0.0396	-0.2997	0.4393	0.0683	0.0334	20.751	82.1892	2.3904
11	2.0614	-0.1082	-0.2479	1.9417	-1.0079	1.5079	0.1211	0.1829	-0.0299	0.2365	-0.0889	-0.1344	0.1431	0.1981	-0.0523	0.3606	0.0164	-0.1537	0.2417	0.0111	0.4939	7.0809	75.4255	12.9235
12	7.2262	0.3807	-1.0687	2.3954	0.9314	3.6561	-0.058	0.5425	0.0937	-0.1318	-0.3272	-0.051	-0.2638	0.6132	0.158	0.1445	0.0588	-0.0074	0.1256	0.1346	0.1535	24.261	84.0384	13.689
13	3.9506	0.8139	-2.4364	2.3556	0.0878	3.8107	0.4829	0.1469	-0.2443	0.7324	-0.2969	-0.368	0.6912	1.2013	0.0942	0.6945	0.1708	-0.103	0.6926	0.1427	0.2968	23.5028	86.4697	24.361
14	0.6287	-1.073	0.9474	3.03	-1.5563	1.8399	0.2116	-0.9162	0.1093	0.3203	-0.1105	0.2561	-0.3684	-0.1453	0.1461	0.3105	0.1536	0.2185	0.6966	0.1244	0.5661	11.8195	82.5759	25.7475
15	8.4283	-0.6982	-3.1642	3.3035	0.7962	3.2342	-0.5081	-0.643	-1.3356	0.2239	0.4541	-0.1764	0.3553	-0.0569	-0.1789	0.2667	0.0451	-0.0918	0.342	0.064	0.3677	19.3369	75.6438	16.4987
16	3.261	-0.6232	-0.7445	2.6757	-0.9724	2.1354	-0.2902	0.0627	0.2141	-0.109	-0.213	-0.1867	0.0343	0.3073	-0.7699	0.3922	0.1729	-0.0286	-0.0352	-0.03	0.0883	16.4133	86.1076	12.0136
17	4.1755	0.9087	-0.3393	3.0031	-0.8434	2.2134	-0.1124	0.2898	0.4708	0.092	-0.2237	0.0883	-0.2231	-0.257	-0.2214	0.1158	0.1874	0.0161	0.126	-0.0301	0.4204	12.0215	85.021	7.2355
18	8.2273	1.2735	0.061	3.4904	3.6246	4.4755	0.3093	-0.945	1.0182	0.6466	-0.229	-0.5851	-0.5946	0.3525	0.0499	0.3541	-0.0581	0.0539	0.4625	0.0108	0.383	-7.2429	81.7518	21.1317

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 18 through 26 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 49 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 50 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 78 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 79 through 84 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 85 through 94 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 95 through 120 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 121 through 131 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 132 through 142 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 18 through 26 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 27 through 38 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 39 through 68 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 69 through 78 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 79 through 84 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 85 through 105 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 106 through 120 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 121 through 131 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 132 through 143 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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