ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.10.1_2155精密化 | Aimless | 0.5.27データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.24 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | AutoSol | | 位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.699 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.56 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1864 | 1836 | 4.79 % |
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Rwork | 0.1556 | 36527 | - |
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obs | 0.1571 | 38363 | 98.98 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 84.41 Å2 / Biso mean: 22.7645 Å2 / Biso min: 7.14 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→29.699 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3146 | 0 | 34 | 407 | 3587 |
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Biso mean | - | - | 38.3 | 35.54 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 412 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 3338 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.885 | 4583 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.058 | 539 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 596 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d18.689 | 2055 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.8-1.8487 | 0.2294 | 136 | 0.1857 | 2518 | 2654 | 89 | 1.8487-1.9031 | 0.2246 | 117 | 0.1661 | 2737 | 2854 | 98 | 1.9031-1.9645 | 0.1648 | 118 | 0.1536 | 2832 | 2950 | 100 | 1.9645-2.0347 | 0.2022 | 159 | 0.1512 | 2815 | 2974 | 100 | 2.0347-2.1161 | 0.208 | 149 | 0.1534 | 2772 | 2921 | 100 | 2.1161-2.2124 | 0.2038 | 152 | 0.156 | 2825 | 2977 | 100 | 2.2124-2.329 | 0.2118 | 151 | 0.1607 | 2807 | 2958 | 100 | 2.329-2.4749 | 0.1975 | 121 | 0.1633 | 2889 | 3010 | 100 | 2.4749-2.6659 | 0.2053 | 141 | 0.167 | 2821 | 2962 | 100 | 2.6659-2.9339 | 0.2013 | 143 | 0.1648 | 2829 | 2972 | 100 | 2.9339-3.358 | 0.1778 | 149 | 0.1562 | 2862 | 3011 | 100 | 3.358-4.2287 | 0.1552 | 160 | 0.1376 | 2854 | 3014 | 100 | 4.2287-29.7031 | 0.1654 | 140 | 0.1526 | 2966 | 3106 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 24.9135 Å / Origin y: 20.1143 Å / Origin z: 65.6429 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0805 Å2 | -0.0013 Å2 | -0.0219 Å2 | - | 0.0898 Å2 | -0.0031 Å2 | - | - | 0.1058 Å2 |
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L | 0.645 °2 | -0.0798 °2 | -0.4746 °2 | - | 0.3129 °2 | 0.1825 °2 | - | - | 1.4864 °2 |
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S | -0.0179 Å ° | 0.0566 Å ° | -0.0328 Å ° | -0.0146 Å ° | 0.0066 Å ° | -0.0166 Å ° | 0.0473 Å ° | -0 Å ° | 0.0122 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allA-1 - 206 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allB3 - 206 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allD1 - 2 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allE1 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allS1 - 407 | 6 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | allC1 | | | | | | | | | | | | |
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