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- PDB-6noi: Crystal structure of Tsn15 in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6noi
タイトルCrystal structure of Tsn15 in apo form
要素Tsn15
キーワードLYASE / cyclase / tetronasin
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種Streptomyces longisporoflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Little, R. / Paiva, F.C.R. / Dias, M.V.B. / Leadlay, P.
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2019
タイトル: Unexpected enzyme-catalysed [4+2] cycloaddition and rearrangement in polyether antibiotic biosynthesis
著者: Little, R. / Paiva, F.C.R. / Jenkins, R. / Hong, H. / Sun, Y. / Demydchuk, Y. / Samborskyy, M. / Tosin, M. / Leeper, F.J. / Dias, M.V.B. / Leadlay, P.F.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tsn15
B: Tsn15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2086
ポリマ－45,7622
非ポリマー4464
水7,332407
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.838, 36.938, 91.815
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.540, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Tsn15


分子量: 22880.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces longisporoflavus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M PCTP pH 6, 25% PEG 1500 buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.7 Å / Num. obs: 38365 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 15.47 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 22.7 / Num. measured all: 239481
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.843.90.218786220140.9490.1250.2536.488.7
9-29.75.80.05219823410.9980.0220.05640.696.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.699 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1864 1836 4.79 %
Rwork0.1556 36527 -
obs0.1571 38363 98.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.41 Å2 / Biso mean: 22.7645 Å2 / Biso min: 7.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→29.699 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3146 0 34 407 3587
Biso mean--38.3 35.54 -
残基数----412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8854583
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6892055
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.84870.22941360.18572518265489
1.8487-1.90310.22461170.16612737285498
1.9031-1.96450.16481180.153628322950100
1.9645-2.03470.20221590.151228152974100
2.0347-2.11610.2081490.153427722921100
2.1161-2.21240.20381520.15628252977100
2.2124-2.3290.21181510.160728072958100
2.329-2.47490.19751210.163328893010100
2.4749-2.66590.20531410.16728212962100
2.6659-2.93390.20131430.164828292972100
2.9339-3.3580.17781490.156228623011100
3.358-4.22870.15521600.137628543014100
4.2287-29.70310.16541400.152629663106100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.9135 Å / Origin y: 20.1143 Å / Origin z: 65.6429 Å
111213212223313233
T0.0805 Å2-0.0013 Å2-0.0219 Å2-0.0898 Å2-0.0031 Å2--0.1058 Å2
L0.645 °2-0.0798 °2-0.4746 °2-0.3129 °20.1825 °2--1.4864 °2
S-0.0179 Å °0.0566 Å °-0.0328 Å °-0.0146 Å °0.0066 Å °-0.0166 Å °0.0473 Å °-0 Å °0.0122 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 206
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 206
3X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
4X-RAY DIFFRACTION1allE1
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 407
6X-RAY DIFFRACTION1allC1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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