[日本語] English
万見
- PDB-6nnw: Tsn15 in complex with substrate intermediate -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nnw
タイトルTsn15 in complex with substrate intermediate
要素Tetronasin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Complex / cyclase
機能・相同性Chem-KUJ / PHOSPHATE ION / PROPANOIC ACID
機能・相同性情報
生物種Streptomyces longisporoflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Paiva, F.C.R. / Little, R. / Leadlay, P. / Dias, M.V.B.
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2019
タイトル: Unexpected enzyme-catalysed [4+2] cycloaddition and rearrangement in polyether antibiotic biosynthesis
著者: Little, R. / Paiva, F.C.R. / Jenkins, R. / Hong, H. / Sun, Y. / Demydchuk, Y. / Samborskyy, M. / Tosin, M. / Leeper, F.J. / Dias, M.V.B. / Leadlay, P.F.
履歴
登録2019年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tetronasin
B: Tetronasin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7616
ポリマ－45,3872
非ポリマー1,3754
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.671, 36.950, 92.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-498-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tetronasin


分子量: 22693.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces longisporoflavus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-KUJ / (3E)-3-{(1S,4S,4aS,5R,8aS)-1-[(2E,4R,7S,8E,10S)-1,7-dihydroxy-10-{(2R,3S,5R)-5-[(1S)-1-methoxyethyl]-3-methyloxolan-2-yl}-4-methylundeca-2,8-dien-2-yl]-4,5-dimethyloctahydro-3H-2-benzopyran-3-ylidene}oxolane-2,4-dione


分子量: 602.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H54O8
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-PPI / PROPANOIC ACID / プロピオン酸


分子量: 74.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 27 % PEG 1500 and 0,1 M PCPT pH 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976247 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976247 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→44.46 Å / Num. obs: 45895 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 21.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.7-1.735.90.86920080.7740.3790.95283.1
8.98-44.466.10.0513570.9980.0220.05699.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NOI

6noi


解像度: 1.7→44.456 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2043 2318 5.05 %
Rwork0.17 --
obs0.1718 45885 98.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.16 Å2 / Biso mean: 29.0717 Å2 / Biso min: 9.78 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→44.456 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3152 0 82 269 3503
Biso mean--39.71 39.2 -
残基数----411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9054632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9572029
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.698-1.73260.32291130.32282171228484
1.7326-1.77030.36141150.267926002715100
1.7703-1.81150.30351460.237725222668100
1.8115-1.85680.28151120.220826242736100
1.8568-1.9070.25031350.19925362671100
1.907-1.96310.2081610.177225432704100
1.9631-2.02650.23451370.176425612698100
2.0265-2.09890.2051520.161625732725100
2.0989-2.18290.18751550.16122563271899
2.1829-2.28230.22491410.164125392680100
2.2823-2.40260.26481320.172326082740100
2.4026-2.55310.20171440.17525762720100
2.5531-2.75020.23431190.17126162735100
2.7502-3.02690.20461440.175125972741100
3.0269-3.46480.18271460.16012572271899
3.4648-4.36460.15151270.13922643277099
4.3646-44.47170.18251390.16362723286299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -26.0305 Å / Origin y: -1.5022 Å / Origin z: 21.7549 Å
111213212223313233
T0.1091 Å2-0.0096 Å2-0.0119 Å2-0.0743 Å2-0.0093 Å2--0.1185 Å2
L0.7599 °2-0.1903 °2-0.5435 °2-0.2596 °20.2192 °2--1.0569 °2
S-0.0344 Å °0.0343 Å °-0.0376 Å °-0.0077 Å °0.0073 Å °-0.0044 Å °0.0366 Å °-0.0091 Å °-0.0022 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA-1 - 206
2X-RAY DIFFRACTION1allA301
3X-RAY DIFFRACTION1allB4 - 206
4X-RAY DIFFRACTION1allB301
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 310
6X-RAY DIFFRACTION1allS311 - 332
7X-RAY DIFFRACTION1allC1
8X-RAY DIFFRACTION1allD1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る