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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6nob | ||||||||||||
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タイトル | Structure of Glycoside Hydrolase family 32 from Bifidobacterium adolescentis | ||||||||||||
![]() | Beta-fructofuranosidase | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / GH32 / glycoside hydrolase | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Mera, A.M. / Lima, M.Z.T. / Muniz, J.R.C. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of GH32 from Bifidobacterium adolescentis 著者: Mera, A. / Lima, M.Z.T. / Bernardes, A. / Garcia, W. / Muniz, J.R.C. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 317.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 215.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1uypS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70221.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 15703 / DSM 20083 / NCTC 11814 / E194a / 遺伝子: BAD_1325 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.85 % / 解説: hexagonal crystals |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8K 25% (w/v), MES 0.1M pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.45866 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.44→57.34 Å / Num. obs: 49401 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 42.84 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.282 / Rrim(I) all: 0.298 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.44→2.5 Å / 冗長度: 15.1 % / Rmerge(I) obs: 3.425 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 54042 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.926 / Rrim(I) all: 3.67 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1UYP 解像度: 2.44→52.14 Å / SU ML: 0.2749 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.4693
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.44→52.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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