PDB-6nn2: Xanthomonas citri PGM Apo-Phospho

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nn2

タイトル

Xanthomonas citri PGM Apo-Phospho

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / phosphoglucomutase

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular phosphotransferase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Stiers, K.M. / Beamer, L.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Struct Dyn. / 年: 2019
タイトル: Structural and dynamical description of the enzymatic reaction of a phosphohexomutase.
著者: Stiers, K.M. / Graham, A.C. / Zhu, J.S. / Jakeman, D.L. / Nix, J.C. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2019年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nn2.cif.gz	209.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nn2.ent.gz	164 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nn2_validation.pdf.gz	667.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nn2_full_validation.pdf.gz	669.9 KB	表示
XML形式データ	6nn2_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	6nn2_validation.cif.gz	39.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/6nn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nn1C 6nnnC 6nnoC 6nnpC 6nnsC 6nntC 6nnuC 6nolC 6noqC 6np8C 6npxC 6nqeC 6nqfC 6nqgC 5bmnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nqg-d 6nnn-d 6nn1-d 4ofz-d 1ufa-d 5e0o-d 6mlf-d 6np8-d 5bmp-d 6mlw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

51.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.789, 54.734, 174.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase 分子量: 51431.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306) (バクテリア) 株: 306 / 遺伝子: xanA, XAC3579 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PGN7
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 22% PEG 8000, 0.2M MgCl, 0.1M HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2018年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→46.35 Å / Num. obs: 76942 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 1.358 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3750 / CC_1/2: 0.313 / R_pim(I) all: 0.755 / R_rim(I) all: 1.564 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5BMN

5bmn

解像度: 1.44→46.35 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 19.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	3713	4.83 %
R_work	0.1708	-	-
obs	0.1725	76879	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→46.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3450	0	20	658	4128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3768
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.874	5130
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.892	2148
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	552
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	693

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.44-1.4582	0.3567	142	0.3533	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4582-1.4774	0.3288	125	0.31	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4774-1.4977	0.3041	133	0.2857	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4977-1.5191	0.2848	127	0.2707	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5191-1.5417	0.2959	140	0.2563	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5417-1.5658	0.2662	145	0.2263	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5658-1.5915	0.2485	149	0.215	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5915-1.6189	0.2084	129	0.207	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6189-1.6484	0.2382	119	0.205	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6484-1.6801	0.2578	137	0.1995	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6801-1.7144	0.2106	129	0.2001	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7144-1.7517	0.2487	135	0.1998	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7517-1.7924	0.2154	118	0.2096	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7924-1.8372	0.2179	148	0.1965	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8372-1.8869	0.2539	152	0.1827	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8869-1.9424	0.2026	135	0.1733	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9424-2.0051	0.2169	152	0.173	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0051-2.0768	0.2007	163	0.1656	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0768-2.16	0.1994	127	0.1608	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.2583	0.2184	153	0.1602	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2583-2.3773	0.1759	141	0.1598	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3773-2.5263	0.1679	152	0.153	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5263-2.7213	0.1932	137	0.1544	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7213-2.9952	0.2029	143	0.158	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9952-3.4285	0.1811	132	0.1498	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4285-4.3192	0.184	122	0.1287	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3192-52.253	0.1772	128	0.1446	2972	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3117	-0.0967	-0.1619	0.68	0.6041	0.9967	-0.041	0.0013	-0.0517	-0.0116	-0.0222	0.0621	0.1371	0.0312	-0.0055	0.1027	0.0131	0.0107	0.086	-0.0221	0.0977	40.2228	38.0963	17.2008
2	0.2123	-0.0851	-0.0929	0.4052	-0.2008	0.6248	-0.0092	0.0043	0.0013	-0.0013	0.0041	-0.0198	-0.0264	0.009	-0.0005	0.0961	-0.0029	0.0011	0.1217	-0.0154	0.1174	28.0825	55.6768	31.6674
3	0.7459	-0.0104	-0.0028	0.5418	0.108	0.9887	0.0245	0.1154	-0.0518	-0.0944	0.0209	-0.003	0.0336	0.0078	0.0022	0.1191	0.0074	-0.0067	0.0973	-0.0168	0.109	13.883	62.3702	10.6153

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 23:181 )	A	23 - 181
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 182:386 )	A	182 - 386
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 387:448 )	A	387 - 448

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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