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万見
- PDB-4ofz: Structure of unliganded trehalose-6-phosphate phosphatase from Br... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ofz
タイトルStructure of unliganded trehalose-6-phosphate phosphatase from Brugia malayi
要素Trehalose-phosphatase
キーワードHYDROLASE / HAD superfamily/Rossmann fold / trehalose-6-phosphate phosphohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose-phosphatase / carbohydrate derivative catabolic process / trehalose-phosphatase activity / trehalose biosynthetic process / dephosphorylation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1800 / Alpha-Beta Plaits - #3080 / Trehalose-6-phosphate phosphatase, helical bundle domain / : / Trehalose-6-phosphate phosphatase N-terminal helical bundle domain / Trehalose-6-phosphate phosphatase, C-terminal / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1800 / Alpha-Beta Plaits - #3080 / Trehalose-6-phosphate phosphatase, helical bundle domain / : / Trehalose-6-phosphate phosphatase N-terminal helical bundle domain / Trehalose-6-phosphate phosphatase, C-terminal / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trehalose-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Brugia malayi (マレー糸状虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Farelli, J.D. / Allen, K.N. / Carlow, C.K.S. / Dunaway-Mariano, D.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Structure of the Trehalose-6-phosphate Phosphatase from Brugia malayi Reveals Key Design Principles for Anthelmintic Drugs.
著者: Farelli, J.D. / Galvin, B.D. / Li, Z. / Liu, C. / Aono, M. / Garland, M. / Hallett, O.E. / Causey, T.B. / Ali-Reynolds, A. / Saltzberg, D.J. / Carlow, C.K. / Dunaway-Mariano, D. / Allen, K.N.
履歴
登録2014年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6822
ポリマ－57,6571
非ポリマー241
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Trehalose-phosphatase
ヘテロ分子

A: Trehalose-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,3634
ポリマ－115,3152
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/31
Buried area2340 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area35800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.940, 166.940, 99.562
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Trehalose-phosphatase / Trehalose-6-phosphate phosphatase / TPP


分子量: 57657.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brugia malayi (マレー糸状虫) / 遺伝子: Bm1_08695 / プラスミド: pET-15(TEV) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A8NS89, trehalose-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.58 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 15 mg/ml, crystallization buffer: 33% PEG 300, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 13% ethylene glycol (EG) and 10 mM CoCl2. For cryoprotection, the concentration of EG was slowly increased to 25% ...詳細: 15 mg/ml, crystallization buffer: 33% PEG 300, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 13% ethylene glycol (EG) and 10 mM CoCl2. For cryoprotection, the concentration of EG was slowly increased to 25% by adding a concentrated solution directly to the crystal drop. Crystals were harvested using CryoLoops (Hampton Research), looped through LV CryoOil (MiTeGen), frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. obs: 16791

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→19.908 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 1679 10 %
Rwork0.2157 --
obs0.2213 16791 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→19.908 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3296 0 1 87 3384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7224525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7581258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.0880.32121360.28451228X-RAY DIFFRACTION100
3.088-3.18730.36751360.24971224X-RAY DIFFRACTION100
3.1873-3.30070.34441370.25141230X-RAY DIFFRACTION100
3.3007-3.43220.33661370.25651243X-RAY DIFFRACTION100
3.4322-3.58750.33441370.23171233X-RAY DIFFRACTION100
3.5875-3.77550.25821390.23051244X-RAY DIFFRACTION100
3.7755-4.01020.25791390.21181254X-RAY DIFFRACTION100
4.0102-4.31690.24721400.21261X-RAY DIFFRACTION100
4.3169-4.7460.23461390.18051258X-RAY DIFFRACTION100
4.746-5.42070.26751420.20541269X-RAY DIFFRACTION100
5.4207-6.78430.34011440.25411294X-RAY DIFFRACTION100
6.7843-19.90860.2191530.19121374X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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