PDB-6nlx: Crystal Structure of Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nlx

タイトル

Crystal Structure of Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase from Naegleria fowleri with bound NAD

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / NAD / Glyceraldehyde-3-phosphate / Dehydrogenase / GAPDH / glycolysis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase from Naegleria fowleri with bound NAD
著者: Higgins, T.W. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2019年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1u8fS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1vsv-3 3l0d-d 3sth-2 3doc-2 1vsu-3 3gnq-4 3dmt-2 6xkr-d 1gad-d 1obf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NafoA.00855.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase

C: Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase

ヘテロ分子

153 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
76.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase

D: Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.010, 119.940, 162.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate Dehydrogenase 分子量: 37671.980 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア) 株: ATCC 30863 / 遺伝子: NF0055660 / プラスミド: NafoA.00855.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A4V8H039*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MCSG1 F2 (293453f2): 200mM Ammonium Acetate, 100mM Bis-Tris:HCl pH 6.5, 25% (w/v) PEG 3350: NafoA.00855.a.B1.PS38303 @ 21.4mg/mL: 15%EG: zzl0-7: aps_20170818_21idf

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月18日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→49.467 Å / Num. obs: 129448 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 5.877 % / B_iso Wilson estimate: 27.543 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_rim(I) all: 0.084 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 13.9 / Num. measured all: 760791 / Scaling rejects: 2334

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.8-1.85	6.268	0.548	2.88	60276	9750	9616	0.835	0.6	98.6
1.85-1.9	6.208	0.412	3.88	58053	9459	9351	0.907	0.451	98.9
1.9-1.95	6.158	0.35	4.74	56182	9229	9123	0.924	0.384	98.9
1.95-2.01	6.07	0.278	6.07	53791	8976	8862	0.941	0.306	98.7
2.01-2.08	5.978	0.226	7.42	51337	8712	8587	0.962	0.249	98.6
2.08-2.15	5.875	0.19	8.74	48743	8454	8297	0.973	0.21	98.1
2.15-2.23	5.751	0.154	10.61	45805	8101	7965	0.98	0.171	98.3
2.23-2.32	5.694	0.133	12.01	43393	7804	7621	0.985	0.148	97.7
2.32-2.43	5.654	0.116	13.58	41706	7556	7377	0.987	0.128	97.6
2.43-2.55	5.633	0.103	15.05	39375	7193	6990	0.989	0.114	97.2
2.55-2.68	5.607	0.089	17.1	37076	6853	6613	0.991	0.099	96.5
2.68-2.85	5.604	0.078	19.01	35138	6506	6270	0.993	0.087	96.4
2.85-3.04	5.627	0.067	21.47	32976	6136	5860	0.994	0.074	95.5
3.04-3.29	5.698	0.058	24.48	30827	5704	5410	0.995	0.064	94.8
3.29-3.6	5.737	0.052	26.86	28660	5275	4996	0.996	0.057	94.7
3.6-4.02	5.768	0.047	28.51	26500	4805	4594	0.997	0.051	95.6
4.02-4.65	5.854	0.04	30.25	24084	4246	4114	0.998	0.044	96.9
4.65-5.69	6.012	0.037	30.73	21258	3635	3536	0.999	0.04	97.3
5.69-8.05	6.058	0.035	30.37	16708	2866	2758	0.999	0.038	96.2
8.05-49.467	5.904	0.026	31.9	8903	1654	1508	0.999	0.029	91.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U8F

1u8f

解像度: 1.8→49.467 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.66

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2039	2019	1.56 %	0
R_work	0.1685	-	-	-
obs	0.1691	129402	97.36 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.9 Å² / B_iso mean: 29.4725 Å² / B_iso min: 7.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→49.467 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10175	0	192	1037	11404
B_iso mean	-	-	31.07	34.86	-
残基数	-	-	-	-	1337

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7999-1.845	0.3098	150	0.2364	9113	9263	99
1.845-1.8948	0.2829	138	0.2339	9122	9260	99
1.8948-1.9506	0.2523	144	0.2216	9156	9300	99
1.9506-2.0136	0.2613	139	0.2078	9140	9279	99
2.0136-2.0855	0.2302	154	0.1992	9112	9266	98
2.0855-2.169	0.2044	165	0.1902	9094	9259	98
2.169-2.2677	0.2043	122	0.1848	9131	9253	98
2.2677-2.3873	0.2412	144	0.1836	9046	9190	97
2.3873-2.5369	0.2178	143	0.1829	9073	9216	97
2.5369-2.7327	0.2274	134	0.1779	9026	9160	97
2.7327-3.0077	0.2139	149	0.1744	8971	9120	96
3.0077-3.4428	0.2132	130	0.1591	8928	9058	95
3.4428-4.3372	0.1508	131	0.1327	9099	9230	96
4.3372-49.4854	0.16	176	0.1314	9372	9548	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8798	-0.9099	-0.4222	1.3802	0.577	3.3144	-0.094	-0.2606	0.4377	0.0459	-0.0741	0.1917	-0.6374	-0.4004	0.1015	0.3115	0.1252	-0.0682	0.3365	-0.1324	0.3438	6.2177	14.2923	28.4066
2	0.6301	0.1128	-0.0451	0.4361	0.4719	1.732	0.0032	-0.2286	0.104	0.1407	-0.0992	0.0862	-0.0436	-0.179	0.0375	0.1785	0.0242	0.0114	0.2442	-0.0638	0.1451	23.9186	2.2709	42.5536
3	1.6137	-0.6384	0.0441	0.7224	-0.194	1.1884	-0.0097	0.0708	-0.0572	-0.1533	0.0694	-0.3192	-0.0251	0.1794	-0.0288	0.0961	-0.0215	0.0358	0.181	-0.0682	0.2441	59.0033	-12.0364	12.0826
4	2.2621	-0.6118	-0.4838	1.933	0.37	0.9767	-0.0695	-0.1293	-0.3404	0.2979	0.1611	-0.2555	0.3026	0.3104	-0.0668	0.1313	0.0637	-0.0415	0.2758	-0.0031	0.2801	61.214	-19.8109	29.1002
5	2.1248	0.6966	1.4359	0.5774	0.6342	2.456	0.0038	-0.1898	-0.0776	0.1397	0.087	-0.1537	0.0757	0.2631	-0.0927	0.1312	0.0455	-0.0299	0.2177	-0.0265	0.1438	43.1583	-8.5166	35.6331
6	2.3064	0.9396	1.6718	0.5547	0.7855	1.4801	0.1852	-0.1665	-0.482	0.2396	0.0052	-0.1526	0.3082	0.2811	-0.2015	0.2056	0.0628	-0.0361	0.3225	0.0151	0.1705	43.2456	-10.9881	38.4498
7	0.59	0.5666	0.6923	1.1735	0.3013	1.4337	0.0885	-0.344	0.0015	0.3105	0.0174	-0.1074	0.149	0.1798	-0.1181	0.1736	0.0474	-0.0276	0.3233	-0.0525	0.1357	43.2699	-2.2427	41.1212
8	0.057	0.0775	0.1822	0.5783	0.1966	1.4662	-0.0903	-0.374	0.4176	0.1159	0.0505	-0.2869	-0.286	0.3559	0.0037	0.2231	-0.0531	-0.0491	0.3836	-0.1405	0.2572	54.6222	7.8532	38.3913
9	0.4406	0.4701	0.0786	0.5169	-0.071	1.2716	0.03	-0.2489	0.0494	0.1188	0.0754	-0.1953	-0.1235	0.1124	-0.0914	0.1316	-0.0099	-0.037	0.2796	-0.0763	0.1727	53.4251	-0.7951	34.9702
10	1.0556	0.3441	0.4699	1.9326	0.8187	2.1597	0.145	-0.1623	-0.2999	0.231	-0.0567	0.0539	0.3864	-0.1642	-0.0694	0.1616	-0.0411	-0.0209	0.1315	0.0292	0.1998	19.8521	-27.4884	16.7986
11	0.6809	0.2297	0.3031	0.5289	0.2241	0.8945	-0.0319	0.1256	-0.0414	-0.1244	0.0085	0.0507	-0.1106	-0.0714	0.024	0.1143	0.0143	-0.0133	0.1222	-0.019	0.1045	19.9367	-8.8822	-0.5352
12	0.2196	0.3855	-0.0275	1.7504	-0.5416	1.2695	-0.2986	-0.1252	0.397	-0.0139	-0.0683	-0.0179	-1.1471	0.2005	0.2169	0.8252	-0.159	-0.2189	0.1944	-0.0527	0.4834	45.6433	28.6629	16.6476
13	1.1532	0.3256	0.5178	0.7695	-0.0604	1.4577	-0.1723	0.2604	0.325	-0.2206	0.0707	-0.04	-0.5248	0.1683	0.0076	0.3586	-0.0816	-0.0333	0.1589	0.056	0.2089	37.4333	13.1956	-2.0051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 112 )	A	-3 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 113 through 333 )	A	113 - 333
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 84 )	B	1 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 85 through 148 )	B	85 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 149 through 196 )	B	149 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 197 through 224 )	B	197 - 224
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 225 through 251 )	B	225 - 251
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 252 through 284 )	B	252 - 284
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 285 through 333 )	B	285 - 333
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid -1 through 110 )	C	-1 - 110
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 111 through 333 )	C	111 - 333
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 112 )	D	1 - 112
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 113 through 332 )	D	113 - 333

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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